Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "[{\"given_name\": \"Marion\", \"name\": \"Muff\", 
2
  "author": "[{\"given_name\": \"Marion\", \"name\": \"Muff\", 
            
3
\"email\": \"muffm@student.ethz.ch\", \"data_credit\": [], 
3
\"email\": \"muffm@student.ethz.ch\", \"data_credit\": [], 
            
4
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"ETHZ\"}, {\"given_name\": 
4
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"ETHZ\"}, {\"given_name\": 
            
5
\"Melissa\", \"name\": \"Jaquier\", \"email\": 
5
\"Melissa\", \"name\": \"Jaquier\", \"email\": 
            
6
\"melissa@jaquier.blue\", \"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", 
6
\"melissa@jaquier.blue\", \"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", 
            
7
\"affiliation\": \"ETHZ\"}, {\"given_name\": \"Virginie\", \"name\": 
7
\"affiliation\": \"ETHZ\"}, {\"given_name\": \"Virginie\", \"name\": 
            
8
\"Marques\", \"email\": \"virginie.marques@wsl.ch\", \"data_credit\": 
8
\"Marques\", \"email\": \"virginie.marques@wsl.ch\", \"data_credit\": 
            
9
[]}, {\"given_name\": \"Laurent\", \"name\": \"Ballesta\", \"email\": 
9
[]}, {\"given_name\": \"Laurent\", \"name\": \"Ballesta\", \"email\": 
            
10
\"laurent.ballesta@andromede.fr\", \"data_credit\": [], 
10
\"laurent.ballesta@andromede.fr\", \"data_credit\": [], 
            
11
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
11
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
            
12
{\"given_name\": \"Julie\", \"name\": \"Deter\", \"email\": 
12
{\"given_name\": \"Julie\", \"name\": \"Deter\", \"email\": 
            
13
\"julie.deter@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
13
\"julie.deter@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
            
14
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
14
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
            
15
{\"given_name\": \"Thomas\", \"name\": \"Bockel\", \"email\": 
15
{\"given_name\": \"Thomas\", \"name\": \"Bockel\", \"email\": 
            
16
\"thomas.bockel@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
16
\"thomas.bockel@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
            
17
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
17
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
            
18
{\"given_name\": \"R\\u00e9gis\", \"name\": \"Hocd\\u00e9\", 
18
{\"given_name\": \"R\\u00e9gis\", \"name\": \"Hocd\\u00e9\", 
            
19
\"email\": \"regis.hocde@ird.fr\", \"data_credit\": [], 
19
\"email\": \"regis.hocde@ird.fr\", \"data_credit\": [], 
            
20
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"IRD\"}, {\"given_name\": 
20
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"IRD\"}, {\"given_name\": 
            
21
\"Jean-Baptiste\", \"name\": \"Juhel\", \"email\": 
21
\"Jean-Baptiste\", \"name\": \"Juhel\", \"email\": 
            
22
\"jeanbaptiste.juhel@gmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
22
\"jeanbaptiste.juhel@gmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
            
23
\"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
23
\"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
            
24
{\"given_name\": \"Emilie\", \"name\": \"Boulanger\", \"email\": 
24
{\"given_name\": \"Emilie\", \"name\": \"Boulanger\", \"email\": 
            
25
\"Emilie.boulanger@hotmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
25
\"Emilie.boulanger@hotmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
            
26
\"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
26
\"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
            
27
{\"given_name\": \"Nacim\", \"name\": \"Guellati\", \"email\": 
27
{\"given_name\": \"Nacim\", \"name\": \"Guellati\", \"email\": 
            
28
\"nacim.guellati.1997@gmail.com\", \"data_credit\": [], 
28
\"nacim.guellati.1997@gmail.com\", \"data_credit\": [], 
            
29
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
29
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
            
30
{\"given_name\": \"Andrea\", \"name\": \"Polanco\", \"email\": 
30
{\"given_name\": \"Andrea\", \"name\": \"Polanco\", \"email\": 
            
31
\"andrea.polanco@gmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
31
\"andrea.polanco@gmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
            
32
\"\", \"affiliation\": \"Biodiversa Colombia Foundation, Colombia\"}, 
32
\"\", \"affiliation\": \"Biodiversa Colombia Foundation, Colombia\"}, 
            
33
{\"given_name\": \"Alice\", \"name\": \"Valentini\", \"email\": 
33
{\"given_name\": \"Alice\", \"name\": \"Valentini\", \"email\": 
            
34
\"alice.valentini@spygen.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
34
\"alice.valentini@spygen.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
            
35
\"\", \"affiliation\": \"SPYGEN\"}, {\"given_name\": \"Tony\", 
35
\"\", \"affiliation\": \"SPYGEN\"}, {\"given_name\": \"Tony\", 
            
36
\"name\": \"Dejean\", \"email\": \"tony.dejean@spygen.com\", 
36
\"name\": \"Dejean\", \"email\": \"tony.dejean@spygen.com\", 
            
37
\"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", \"affiliation\": 
37
\"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", \"affiliation\": 
            
38
\"SPYGEN\"}, {\"given_name\": \"Stephanie\", \"name\": \"Manel\", 
38
\"SPYGEN\"}, {\"given_name\": \"Stephanie\", \"name\": \"Manel\", 
            
39
\"email\": \"stephanie.manel@cefe.cnrs.fr\", \"data_credit\": [], 
39
\"email\": \"stephanie.manel@cefe.cnrs.fr\", \"data_credit\": [], 
            
40
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"EPHE\"}, {\"given_name\": 
40
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"EPHE\"}, {\"given_name\": 
            
41
\"Camille\", \"name\": \"Albouy\", \"email\": 
41
\"Camille\", \"name\": \"Albouy\", \"email\": 
            
42
\"camille.albouy@wsl.ch\", \"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", 
42
\"camille.albouy@wsl.ch\", \"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", 
            
43
\"affiliation\": \"Unit of Land Change Science, 7u Federal Research 
43
\"affiliation\": \"Unit of Land Change Science, 7u Federal Research 
            
44
Institute WSL, Birmensdorf, Switzerland\"}, {\"given_name\": 
44
Institute WSL, Birmensdorf, Switzerland\"}, {\"given_name\": 
            
45
\"Patrick\", \"name\": \"Durville\", \"email\": 
45
\"Patrick\", \"name\": \"Durville\", \"email\": 
            
46
\"patrick.durville.galaxea@gmail.com\", \"data_credit\": [], 
46
\"patrick.durville.galaxea@gmail.com\", \"data_credit\": [], 
            
47
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"GALAXEA\"}, {\"given_name\": 
47
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"GALAXEA\"}, {\"given_name\": 
            
48
\"David\", \"name\": \"Mouillot\", \"email\": 
48
\"David\", \"name\": \"Mouillot\", \"email\": 
            
49
\"david.mouillot@umontpellier.fr\", \"data_credit\": [], 
49
\"david.mouillot@umontpellier.fr\", \"data_credit\": [], 
            
50
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
50
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
            
51
{\"given_name\": \"Florian\", \"name\": \"Holon\", \"email\": 
51
{\"given_name\": \"Florian\", \"name\": \"Holon\", \"email\": 
            
52
\"florian.holon@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
52
\"florian.holon@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
            
53
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
53
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
            
54
{\"given_name\": \"Loic\", \"name\": \"Pellissier\", \"email\": 
54
{\"given_name\": \"Loic\", \"name\": \"Pellissier\", \"email\": 
            
55
\"loic.pellissier@wsl.ch\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
55
\"loic.pellissier@wsl.ch\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
            
56
\"0000-0002-2289-8259\", \"affiliation\": \"Landscape Ecology, 
56
\"0000-0002-2289-8259\", \"affiliation\": \"Landscape Ecology, 
            
57
Institute of Terrestrial Ecosystems, ETH Z\\u00fcrich, 8049 
57
Institute of Terrestrial Ecosystems, ETH Z\\u00fcrich, 8049 
            
58
Z\\u00fcrich, Switzerland\"}]",
58
Z\\u00fcrich, Switzerland\"}]",
            
59
  "author_email": null,
59
  "author_email": null,
            
60
  "creator_user_id": "382d8fab-f378-477d-88f6-26f77aee50d8",
60
  "creator_user_id": "382d8fab-f378-477d-88f6-26f77aee50d8",
            
61
  "date": 
61
  "date": 
            
62
\":\"created\",\"date\":\"2019-10-27\",\"end_date\":\"2019-11-05\"}]",
62
\":\"created\",\"date\":\"2019-10-27\",\"end_date\":\"2019-11-05\"}]",
            
63
  "doi": "10.16904/envidat.567",
63
  "doi": "10.16904/envidat.567",
            
64
  "extras": [
64
  "extras": [
            
65
    {
65
    {
            
66
      "key": "edna_type",
66
      "key": "edna_type",
            
67
      "value": "marine"
67
      "value": "marine"
            
68
    },
68
    },
            
69
    {
69
    {
            
70
      "key": "metadata",
70
      "key": "metadata",
            
71
      "value": 
71
      "value": 
            
72
ma_fr/ma_fr_lapero_2019/metadata/metadata_field_ma_fr_lapero_2019.csv"
72
ma_fr/ma_fr_lapero_2019/metadata/metadata_field_ma_fr_lapero_2019.csv"
            
73
    }
73
    }
            
74
  ],
74
  ],
            
75
  "funding": "[{\"institution\":\"Internal Funding ELE group 
75
  "funding": "[{\"institution\":\"Internal Funding ELE group 
            
76
\",\"grant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\" 
76
\",\"grant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\" 
            
77
Andromede Oceanologie\",\"grant_number\":\"GOMBESSA 
77
Andromede Oceanologie\",\"grant_number\":\"GOMBESSA 
            
78
5\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"ANR labcom 
78
5\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"ANR labcom 
            
79
2\",\"grant_number\":\"InToSea (Innovative Tools under the Sea) joint 
79
2\",\"grant_number\":\"InToSea (Innovative Tools under the Sea) joint 
            
80
laboratory\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Manufacture 
80
laboratory\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Manufacture 
            
81
de Haute Horlogerie Suisse Blancpain and Blancpain Ocean 
81
de Haute Horlogerie Suisse Blancpain and Blancpain Ocean 
            
82
rant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Prince 
82
rant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Prince 
            
83
Albert II de Monaco 
83
Albert II de Monaco 
            
84
\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Soci\u00e9t\u00e9 
84
\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Soci\u00e9t\u00e9 
            
85
des explorations de 
85
des explorations de 
            
86
rant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"French 
86
rant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"French 
            
87
Water 
87
Water 
            
88
nt_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Ministry 
88
nt_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Ministry 
            
89
of Overseas France\",\"grant_number\":\"Convergence and Transformation 
89
of Overseas France\",\"grant_number\":\"Convergence and Transformation 
            
90
Contract 2019-2022, measure 3.5.1.1 of the \u201cResilient 
90
Contract 2019-2022, measure 3.5.1.1 of the \u201cResilient 
            
n
91
Territories\u201d section\",\"institution_url\":\"\"}]",
n
91
Territories\u201d 
            
92
section\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Vie 
            
93
Oc\u00e9ane, Aquarium de La R\u00e9union, Comit\u00e9 R\u00e9gional 
            
94
d'Etudes et de Sports sous-marins de La R\u00e9union, Inset, O Sea 
            
95
Bleu, Fondation du Cr\u00e9dit Agricole R\u00e9union Mayotte, 
            
96
Fondation d'Entreprises des Mers Australes, Air France, Odyss\u00e9e 
            
97
Cr\u00e9ateur de voyages, Entropie. The financial partners of 
            
98
Androm\u00e8de Oc\u00e9anologie and Gombessa Exp\u00e9ditions are: 
            
99
Blancpain, Ocean Commitment Blancpain, RGBlue, Keldan, Topstar, 
            
100
Bigblue, Ap Diving, Molecular, Subspace, Nikon, Aqualung, 
            
101
Seacam\",\"grant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"}]",
            
92
  "groups": [
102
  "groups": [
            
93
    {
103
    {
            
94
      "description": "",
104
      "description": "",
            
95
      "display_name": "eDNA",
105
      "display_name": "eDNA",
            
96
      "id": "c2176351-3002-4d7a-b2aa-d8509f7dbfbe",
106
      "id": "c2176351-3002-4d7a-b2aa-d8509f7dbfbe",
            
97
      "image_display_url": "",
107
      "image_display_url": "",
            
98
      "name": "edna",
108
      "name": "edna",
            
99
      "title": "eDNA"
109
      "title": "eDNA"
            
100
    }
110
    }
            
101
  ],
111
  ],
            
102
  "id": "27331019-15d4-41c5-b9e4-866c6bc0a96a",
112
  "id": "27331019-15d4-41c5-b9e4-866c6bc0a96a",
            
103
  "isopen": true,
113
  "isopen": true,
            
104
  "license_id": "cc-by",
114
  "license_id": "cc-by",
            
105
  "license_title": "Creative Commons Attribution",
115
  "license_title": "Creative Commons Attribution",
            
106
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/",
116
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/",
            
107
  "maintainer": 
117
  "maintainer": 
            
108
e.marques@wsl.ch\",\"given_name\":\"Virginie\",\"name\":\"Marques\"}",
118
e.marques@wsl.ch\",\"given_name\":\"Virginie\",\"name\":\"Marques\"}",
            
109
  "maintainer_email": null,
119
  "maintainer_email": null,
            
110
  "metadata_created": "2024-12-10T15:08:00.727653",
120
  "metadata_created": "2024-12-10T15:08:00.727653",
            
t
111
  "metadata_modified": "2024-12-12T13:51:45.659650",
t
121
  "metadata_modified": "2024-12-12T13:52:09.805308",
            
112
  "name": "environmental-dna-marine-france-laperouse-2019",
122
  "name": "environmental-dna-marine-france-laperouse-2019",
            
113
  "notes": "Fish environmental DNA data set collected in the shallow 
123
  "notes": "Fish environmental DNA data set collected in the shallow 
            
114
seamount of La P\u00e9rouse located between Madagascar and 
124
seamount of La P\u00e9rouse located between Madagascar and 
            
115
R\u00e9union Island \n\n\nIn 2019, we sampled the shallow seamount of 
125
R\u00e9union Island \n\n\nIn 2019, we sampled the shallow seamount of 
            
116
La P\u00e9rouse, located between Madagascar and R\u00e9union Island in 
126
La P\u00e9rouse, located between Madagascar and R\u00e9union Island in 
            
117
the WIO. La P\u00e9rouse is an extinct volcano with a summit depth at 
127
the WIO. La P\u00e9rouse is an extinct volcano with a summit depth at 
            
118
60\u2009m below the sea surface. The plateau of the summit has a 
128
60\u2009m below the sea surface. The plateau of the summit has a 
            
119
maximum length of 12\u2009km and a maximum width of 4 km. One side of 
129
maximum length of 12\u2009km and a maximum width of 4 km. One side of 
            
120
the seamount might have collapsed in the past, leading to a less 
130
the seamount might have collapsed in the past, leading to a less 
            
121
common crescent-shaped summit. The abyssal plains that surround this 
131
common crescent-shaped summit. The abyssal plains that surround this 
            
122
isolated pinnacle are at a depth of 5000\u2009m. Despite its proximity 
132
isolated pinnacle are at a depth of 5000\u2009m. Despite its proximity 
            
123
to R\u00e9union Island (160\u2009km northwest), La P\u00e9rouse and 
133
to R\u00e9union Island (160\u2009km northwest), La P\u00e9rouse and 
            
124
its surroundings are still poorly studied.\n\nTo sample eDNA in this 
134
its surroundings are still poorly studied.\n\nTo sample eDNA in this 
            
125
location we used a submersible pump (Subspace, Geneva, Switzerland; 
135
location we used a submersible pump (Subspace, Geneva, Switzerland; 
            
126
nominal flow of ~\u20091.0 L/min) to collect samples at various depths 
136
nominal flow of ~\u20091.0 L/min) to collect samples at various depths 
            
127
during close circuit rebreather dives. The pump has an internal 
137
during close circuit rebreather dives. The pump has an internal 
            
128
battery and can be activated underwater allowing in situ filtration 
138
battery and can be activated underwater allowing in situ filtration 
            
129
directly at the targeted habitat and depth. The filtration lasted for 
139
directly at the targeted habitat and depth. The filtration lasted for 
            
130
30\u2009min to collect a total water volume of ~\u200930\u2009L. 
140
30\u2009min to collect a total water volume of ~\u200930\u2009L. 
            
131
During close circuit rebreather dives, water samples from various 
141
During close circuit rebreather dives, water samples from various 
            
132
depths, ranging from 60 to 140\u2009m below the sea surface, were 
142
depths, ranging from 60 to 140\u2009m below the sea surface, were 
            
133
collected using only the Submersible method (eight stations: no 
143
collected using only the Submersible method (eight stations: no 
            
134
replicates). Out of the eight water samples, six were collected during 
144
replicates). Out of the eight water samples, six were collected during 
            
135
the day, while two were collected at night (IS2_1 at 62\u2009m and 
145
the day, while two were collected at night (IS2_1 at 62\u2009m and 
            
136
IS7_1 at 100\u2013125\u2009m). We applied this filtration protocols to 
146
IS7_1 at 100\u2013125\u2009m). We applied this filtration protocols to 
            
137
collect and filter water throughout a VigiDNA\u00ae 0.2 \u03bcM 
147
collect and filter water throughout a VigiDNA\u00ae 0.2 \u03bcM 
            
138
cross-flow filtration capsule (SPYGEN, le Bourget du Lac, France) 
148
cross-flow filtration capsule (SPYGEN, le Bourget du Lac, France) 
            
139
using disposable sterile tubing for each filtration capsule. After the 
149
using disposable sterile tubing for each filtration capsule. After the 
            
140
filtration process, the remaining water in the capsules was emptied. 
150
filtration process, the remaining water in the capsules was emptied. 
            
141
The capsules were then filled with 80\u2009ml of lysis conservation 
151
The capsules were then filled with 80\u2009ml of lysis conservation 
            
142
buffer (CL1 buffer SPYGEN, le Bourget du Lac, France) and stored at 
152
buffer (CL1 buffer SPYGEN, le Bourget du Lac, France) and stored at 
            
143
room temperature in the dark. At La P\u00e9rouse, a total of eight 
153
room temperature in the dark. At La P\u00e9rouse, a total of eight 
            
144
water samples were collected during the MONT LA P\u00c9ROUSE 
154
water samples were collected during the MONT LA P\u00c9ROUSE 
            
145
expedition (https://gombessa-expeditions.com/mont-la-perouse/) on 
155
expedition (https://gombessa-expeditions.com/mont-la-perouse/) on 
            
146
board the ship La Curieuse to the seamount La P\u00e9rouse from 
156
board the ship La Curieuse to the seamount La P\u00e9rouse from 
            
147
October 27th to November 5th 2019. We followed a strict contamination 
157
October 27th to November 5th 2019. We followed a strict contamination 
            
148
control protocol in both field and laboratory stages. Each water 
158
control protocol in both field and laboratory stages. Each water 
            
149
sample processing included the use of disposable gloves and single-use 
159
sample processing included the use of disposable gloves and single-use 
            
150
filtration equipment to avoid any risk of contamination. Libraries 
160
filtration equipment to avoid any risk of contamination. Libraries 
            
151
were prepared with ligation using the MetaFast protocol 
161
were prepared with ligation using the MetaFast protocol 
            
152
(Fasteris).\n\nData content: \n\t* rawdata/: contains the raw reads 
162
(Fasteris).\n\nData content: \n\t* rawdata/: contains the raw reads 
            
153
for each individual sample. One archive contains the paired-end reads 
163
for each individual sample. One archive contains the paired-end reads 
            
154
specified by the _R1 or _R2 suffix as well as individually tagged PCR 
164
specified by the _R1 or _R2 suffix as well as individually tagged PCR 
            
155
replicates (if available) together with an archive containing all 
165
replicates (if available) together with an archive containing all 
            
156
extraction and PCR blank samples of the library. Reads have been 
166
extraction and PCR blank samples of the library. Reads have been 
            
157
demultiplexed using cutadapt but not trimmed, individual 
167
demultiplexed using cutadapt but not trimmed, individual 
            
158
demultiplexing tags and primers remain present in the sequences.  
168
demultiplexing tags and primers remain present in the sequences.  
            
159
\n\t* taxadata/: contains the table with all detected taxonomy for 
169
\n\t* taxadata/: contains the table with all detected taxonomy for 
            
160
each sample after bioinformatic processing (see Polanco et al. 2020 
170
each sample after bioinformatic processing (see Polanco et al. 2020 
            
161
for details; https://doi.org/10.1002/edn3.140) and associated field 
171
for details; https://doi.org/10.1002/edn3.140) and associated field 
            
162
metadata. \n\t* metadata/: contains two metadata files, one related to 
172
metadata. \n\t* metadata/: contains two metadata files, one related to 
            
163
the data collected in the field for each filter, and the second 
173
the data collected in the field for each filter, and the second 
            
164
related to the sequencing process in the lab (including the tag 
174
related to the sequencing process in the lab (including the tag 
            
165
sequence, library name, and marker information for each sample)\n",
175
sequence, library name, and marker information for each sample)\n",
            
166
  "num_resources": 1,
176
  "num_resources": 1,
            
167
  "num_tags": 7,
177
  "num_tags": 7,
            
168
  "organization": {
178
  "organization": {
            
169
    "approval_status": "approved",
179
    "approval_status": "approved",
            
170
    "created": "2018-12-01T11:59:01.791513",
180
    "created": "2018-12-01T11:59:01.791513",
            
171
    "description": "We are an international research team with diverse 
181
    "description": "We are an international research team with diverse 
            
172
scientific expertise and backgrounds, connected by the goal to 
182
scientific expertise and backgrounds, connected by the goal to 
            
173
understand biodiversity. We study the mechanisms that shape 
183
understand biodiversity. We study the mechanisms that shape 
            
174
biodiversity patterns across spatial and temporal scales - in both 
184
biodiversity patterns across spatial and temporal scales - in both 
            
175
terrestrial and aquatic ecosystems -\u200bsuch as mountain ranges and 
185
terrestrial and aquatic ecosystems -\u200bsuch as mountain ranges and 
            
176
tropical reefs. We use an interdisciplinary approach, whereby we 
186
tropical reefs. We use an interdisciplinary approach, whereby we 
            
177
bridge ecology, evolution, Earth history and global change.\r\nTo make 
187
bridge ecology, evolution, Earth history and global change.\r\nTo make 
            
178
these connections, we collect data through biological monitoring, 
188
these connections, we collect data through biological monitoring, 
            
179
environmental DNA methods, remote sensing, and field sampling, and use 
189
environmental DNA methods, remote sensing, and field sampling, and use 
            
180
these data to answer questions with statistical and 
190
these data to answer questions with statistical and 
            
181
process-\u200bbased models of biological diversity.\r\nOur group is 
191
process-\u200bbased models of biological diversity.\r\nOur group is 
            
182
affiliated with ETH and WSL, but is also associated with Agroscope, 
192
affiliated with ETH and WSL, but is also associated with Agroscope, 
            
183
EAWAG, the European Joint Research Centre and Vogelwarte.",
193
EAWAG, the European Joint Research Centre and Vogelwarte.",
            
184
    "id": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
194
    "id": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
            
185
    "image_url": 
195
    "image_url": 
            
186
le.ethz.ch/_jcr_content/orgbox/image.imageformat.logo.1254626489.png",
196
le.ethz.ch/_jcr_content/orgbox/image.imageformat.logo.1254626489.png",
            
187
    "is_organization": true,
197
    "is_organization": true,
            
188
    "name": "ele-group",
198
    "name": "ele-group",
            
189
    "state": "active",
199
    "state": "active",
            
190
    "title": "Ecosystems and Landscape Evolution",
200
    "title": "Ecosystems and Landscape Evolution",
            
191
    "type": "organization"
201
    "type": "organization"
            
192
  },
202
  },
            
193
  "owner_org": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
203
  "owner_org": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
            
194
  "private": false,
204
  "private": false,
            
195
  "publication": 
205
  "publication": 
            
196
"{\"publisher\":\"EnviDat\",\"publication_year\":\"2024\"}",
206
"{\"publisher\":\"EnviDat\",\"publication_year\":\"2024\"}",
            
197
  "publication_state": "published",
207
  "publication_state": "published",
            
198
  "related_publications": "Muff, Marion, et al. \"Environmental DNA 
208
  "related_publications": "Muff, Marion, et al. \"Environmental DNA 
            
199
highlights fish biodiversity in mesophotic ecosystems.\" Environ. DNA, 
209
highlights fish biodiversity in mesophotic ecosystems.\" Environ. DNA, 
            
200
vol. 5, no. 1, 1 Jan. 2023, pp. 56-72, doi:10.1002/edn3.358.",
210
vol. 5, no. 1, 1 Jan. 2023, pp. 56-72, doi:10.1002/edn3.358.",
            
201
  "relationships_as_object": [],
211
  "relationships_as_object": [],
            
202
  "relationships_as_subject": [],
212
  "relationships_as_subject": [],
            
203
  "resource_type": "dataset",
213
  "resource_type": "dataset",
            
204
  "resource_type_general": "dataset",
214
  "resource_type_general": "dataset",
            
205
  "resources": [
215
  "resources": [
            
206
    {
216
    {
            
207
      "cache_last_updated": null,
217
      "cache_last_updated": null,
            
208
      "cache_url": null,
218
      "cache_url": null,
            
209
      "created": "2024-12-10T15:19:34.794121",
219
      "created": "2024-12-10T15:19:34.794121",
            
210
      "description": "Please use cyberduck to download for the 
220
      "description": "Please use cyberduck to download for the 
            
211
moment",
221
moment",
            
212
      "doi": "",
222
      "doi": "",
            
213
      "format": "csv + fasta",
223
      "format": "csv + fasta",
            
214
      "hash": "",
224
      "hash": "",
            
215
      "id": "add08aff-55fa-4e9d-a96f-014465c2436e",
225
      "id": "add08aff-55fa-4e9d-a96f-014465c2436e",
            
216
      "last_modified": "2024-12-10T16:20:42.072000",
226
      "last_modified": "2024-12-10T16:20:42.072000",
            
217
      "metadata_modified": "2024-12-11T12:00:15.003656",
227
      "metadata_modified": "2024-12-11T12:00:15.003656",
            
218
      "mimetype": null,
228
      "mimetype": null,
            
219
      "mimetype_inner": null,
229
      "mimetype_inner": null,
            
220
      "name": "Data access",
230
      "name": "Data access",
            
221
      "package_id": "27331019-15d4-41c5-b9e4-866c6bc0a96a",
231
      "package_id": "27331019-15d4-41c5-b9e4-866c6bc0a96a",
            
222
      "position": 0,
232
      "position": 0,
            
223
      "publication_state": "",
233
      "publication_state": "",
            
224
      "resource_size": "{\"size_units\": \"gb\", \"size_value\": 
234
      "resource_size": "{\"size_units\": \"gb\", \"size_value\": 
            
225
\"1.6\"}",
235
\"1.6\"}",
            
226
      "resource_type": null,
236
      "resource_type": null,
            
227
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
237
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
            
228
\"shared_secret\": \"\"}",
238
\"shared_secret\": \"\"}",
            
229
      "size": null,
239
      "size": null,
            
230
      "state": "active",
240
      "state": "active",
            
231
      "url": 
241
      "url": 
            
232
cket=https://envicloud.wsl.ch/edna/&prefix=/ma_fr/ma_fr_lapero_2019/",
242
cket=https://envicloud.wsl.ch/edna/&prefix=/ma_fr/ma_fr_lapero_2019/",
            
233
      "url_type": null
243
      "url_type": null
            
234
    }
244
    }
            
235
  ],
245
  ],
            
236
  "spatial": 
246
  "spatial": 
            
237
ies\":{\"name\":\"environmental-dna-marine-france-laperouse-2019\"}}",
247
ies\":{\"name\":\"environmental-dna-marine-france-laperouse-2019\"}}",
            
238
  "state": "active",
248
  "state": "active",
            
239
  "subtitle": "",
249
  "subtitle": "",
            
240
  "tags": [
250
  "tags": [
            
241
    {
251
    {
            
242
      "display_name": "CORAL REEF",
252
      "display_name": "CORAL REEF",
            
243
      "id": "63718352-c39f-4313-9ca3-bdb1d680dbef",
253
      "id": "63718352-c39f-4313-9ca3-bdb1d680dbef",
            
244
      "name": "CORAL REEF",
254
      "name": "CORAL REEF",
            
245
      "state": "active",
255
      "state": "active",
            
246
      "vocabulary_id": null
256
      "vocabulary_id": null
            
247
    },
257
    },
            
248
    {
258
    {
            
249
      "display_name": "ENVIRONMENTAL DNA",
259
      "display_name": "ENVIRONMENTAL DNA",
            
250
      "id": "db7d5622-d1fc-4d24-91f7-73842c6743b6",
260
      "id": "db7d5622-d1fc-4d24-91f7-73842c6743b6",
            
251
      "name": "ENVIRONMENTAL DNA",
261
      "name": "ENVIRONMENTAL DNA",
            
252
      "state": "active",
262
      "state": "active",
            
253
      "vocabulary_id": null
263
      "vocabulary_id": null
            
254
    },
264
    },
            
255
    {
265
    {
            
256
      "display_name": "FISH COMPOSITION",
266
      "display_name": "FISH COMPOSITION",
            
257
      "id": "4c441df2-c810-49ad-81a3-483b6a9ff2bb",
267
      "id": "4c441df2-c810-49ad-81a3-483b6a9ff2bb",
            
258
      "name": "FISH COMPOSITION",
268
      "name": "FISH COMPOSITION",
            
259
      "state": "active",
269
      "state": "active",
            
260
      "vocabulary_id": null
270
      "vocabulary_id": null
            
261
    },
271
    },
            
262
    {
272
    {
            
263
      "display_name": "INDIAN OCEAN",
273
      "display_name": "INDIAN OCEAN",
            
264
      "id": "064cc0db-d544-453d-98f9-54b9f46fba27",
274
      "id": "064cc0db-d544-453d-98f9-54b9f46fba27",
            
265
      "name": "INDIAN OCEAN",
275
      "name": "INDIAN OCEAN",
            
266
      "state": "active",
276
      "state": "active",
            
267
      "vocabulary_id": null
277
      "vocabulary_id": null
            
268
    },
278
    },
            
269
    {
279
    {
            
270
      "display_name": "LAPEROUSE",
280
      "display_name": "LAPEROUSE",
            
271
      "id": "b5062b96-2335-4fde-b7e5-0b615d947d89",
281
      "id": "b5062b96-2335-4fde-b7e5-0b615d947d89",
            
272
      "name": "LAPEROUSE",
282
      "name": "LAPEROUSE",
            
273
      "state": "active",
283
      "state": "active",
            
274
      "vocabulary_id": null
284
      "vocabulary_id": null
            
275
    },
285
    },
            
276
    {
286
    {
            
277
      "display_name": "MARINE",
287
      "display_name": "MARINE",
            
278
      "id": "1f05d702-5580-40ac-9c9a-47127e050fa7",
288
      "id": "1f05d702-5580-40ac-9c9a-47127e050fa7",
            
279
      "name": "MARINE",
289
      "name": "MARINE",
            
280
      "state": "active",
290
      "state": "active",
            
281
      "vocabulary_id": null
291
      "vocabulary_id": null
            
282
    },
292
    },
            
283
    {
293
    {
            
284
      "display_name": "TELEO",
294
      "display_name": "TELEO",
            
285
      "id": "d67a8d9b-568f-45dc-ac71-fd05228faa6b",
295
      "id": "d67a8d9b-568f-45dc-ac71-fd05228faa6b",
            
286
      "name": "TELEO",
296
      "name": "TELEO",
            
287
      "state": "active",
297
      "state": "active",
            
288
      "vocabulary_id": null
298
      "vocabulary_id": null
            
289
    }
299
    }
            
290
  ],
300
  ],
            
291
  "title": "Environmental DNA Marine France LaPerouse 2019",
301
  "title": "Environmental DNA Marine France LaPerouse 2019",
            
292
  "type": "dataset",
302
  "type": "dataset",
            
293
  "url": null
303
  "url": null
            
294
}
304
}