Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "[{\"given_name\": \"Camille\", \"name\": \"Albouy\", 
2
  "author": "[{\"given_name\": \"Camille\", \"name\": \"Albouy\", 
            
3
\"email\": \"albouycamille@gmail.com\", \"data_credit\": [], 
3
\"email\": \"albouycamille@gmail.com\", \"data_credit\": [], 
            
4
\"identifier\": \"0000-0003-1629-2389\", \"affiliation\": \"ETH\"}]",
4
\"identifier\": \"0000-0003-1629-2389\", \"affiliation\": \"ETH\"}]",
            
5
  "author_email": null,
5
  "author_email": null,
            
6
  "creator_user_id": "382d8fab-f378-477d-88f6-26f77aee50d8",
6
  "creator_user_id": "382d8fab-f378-477d-88f6-26f77aee50d8",
            
7
  "date": 
7
  "date": 
            
8
\":\"created\",\"date\":\"2019-11-19\",\"end_date\":\"2019-11-19\"}]",
8
\":\"created\",\"date\":\"2019-11-19\",\"end_date\":\"2019-11-19\"}]",
            
9
  "doi": "10.16904/envidat.442",
9
  "doi": "10.16904/envidat.442",
            
10
  "extras": [
10
  "extras": [
            
11
    {
11
    {
            
12
      "key": "edna_type",
12
      "key": "edna_type",
            
13
      "value": "marine"
13
      "value": "marine"
            
14
    },
14
    },
            
15
    {
15
    {
            
16
      "key": "metadata",
16
      "key": "metadata",
            
17
      "value": 
17
      "value": 
            
18
a/ma_fr/ma_fr_evhoe_2019/metadata/metadata_field_ma_fr_evhoe_2019.csv"
18
a/ma_fr/ma_fr_evhoe_2019/metadata/metadata_field_ma_fr_evhoe_2019.csv"
            
19
    }
19
    }
            
20
  ],
20
  ],
            
21
  "funding": 
21
  "funding": 
            
22
r\":\"FisheDNA\",\"institution_url\":\"https://www.ifremer.fr/fr\"}]",
22
r\":\"FisheDNA\",\"institution_url\":\"https://www.ifremer.fr/fr\"}]",
            
23
  "groups": [
23
  "groups": [
            
24
    {
24
    {
            
25
      "description": "",
25
      "description": "",
            
26
      "display_name": "eDNA",
26
      "display_name": "eDNA",
            
27
      "id": "c2176351-3002-4d7a-b2aa-d8509f7dbfbe",
27
      "id": "c2176351-3002-4d7a-b2aa-d8509f7dbfbe",
            
28
      "image_display_url": "",
28
      "image_display_url": "",
            
29
      "name": "edna",
29
      "name": "edna",
            
30
      "title": "eDNA"
30
      "title": "eDNA"
            
31
    }
31
    }
            
32
  ],
32
  ],
            
33
  "id": "1ba72bae-5014-4cbe-837a-cd9795de244a",
33
  "id": "1ba72bae-5014-4cbe-837a-cd9795de244a",
            
34
  "isopen": true,
34
  "isopen": true,
            
35
  "license_id": "cc-by",
35
  "license_id": "cc-by",
            
36
  "license_title": "Creative Commons Attribution",
36
  "license_title": "Creative Commons Attribution",
            
37
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/",
37
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/",
            
38
  "maintainer": 
38
  "maintainer": 
            
39
e.marques@wsl.ch\",\"given_name\":\"Virginie\",\"name\":\"Marques\"}",
39
e.marques@wsl.ch\",\"given_name\":\"Virginie\",\"name\":\"Marques\"}",
            
40
  "maintainer_email": null,
40
  "maintainer_email": null,
            
41
  "metadata_created": "2024-08-26T12:15:08.330453",
41
  "metadata_created": "2024-08-26T12:15:08.330453",
            
n
42
  "metadata_modified": "2024-09-10T13:42:38.734965",
n
42
  "metadata_modified": "2025-03-04T10:59:28.329166",
            
43
  "name": "environmental-dna-marine-france-evhoe-2019",
43
  "name": "environmental-dna-marine-france-evhoe-2019",
            
44
  "notes": "Environmental DNA complements scientific trawling in 
44
  "notes": "Environmental DNA complements scientific trawling in 
            
45
surveys of marine fish biodiversity (Dataset 2019)\n\nIn October 2019 
45
surveys of marine fish biodiversity (Dataset 2019)\n\nIn October 2019 
            
46
we chose 15 sites from the 2019 EVHOE survey for eDNA sampling. The 
46
we chose 15 sites from the 2019 EVHOE survey for eDNA sampling. The 
            
47
French international EVHOE bottom trawl survey is carried out annually 
47
French international EVHOE bottom trawl survey is carried out annually 
            
48
during autumn in the BoB to monitor demersal fish resources. At each 
48
during autumn in the BoB to monitor demersal fish resources. At each 
            
49
site, we sampled seawater using Niskin bottles deployed with a 
49
site, we sampled seawater using Niskin bottles deployed with a 
            
50
circular rosette. There were nine bottles on the rosette, each of them 
50
circular rosette. There were nine bottles on the rosette, each of them 
            
51
able to hold \u223c5 l of water. At each site, we first cleaned the 
51
able to hold \u223c5 l of water. At each site, we first cleaned the 
            
52
circular rosette and bottles with freshwater, then lowered the rosette 
52
circular rosette and bottles with freshwater, then lowered the rosette 
            
53
(with bottles open) to 5 m above the sea bottom, and finally closed 
53
(with bottles open) to 5 m above the sea bottom, and finally closed 
            
54
the bottles remotely from the boat. The 45 l of sampled water was 
54
the bottles remotely from the boat. The 45 l of sampled water was 
            
55
transferred to four disposable and sterilized plastic bags of 11.25 l 
55
transferred to four disposable and sterilized plastic bags of 11.25 l 
            
56
each to perform the filtration on-board in a laboratory dedicated to 
56
each to perform the filtration on-board in a laboratory dedicated to 
            
57
the processing of eDNA samples. To speed up the filtration process, we 
57
the processing of eDNA samples. To speed up the filtration process, we 
            
58
used two identical filtration devices, each composed of an 
58
used two identical filtration devices, each composed of an 
            
59
Athena\u00ae peristaltic pump (Proactive Environmental Products LLC, 
59
Athena\u00ae peristaltic pump (Proactive Environmental Products LLC, 
            
60
Bradenton, Florida, USA; nominal flow of 1.0 l min\u20131 ), a VigiDNA 
60
Bradenton, Florida, USA; nominal flow of 1.0 l min\u20131 ), a VigiDNA 
            
61
0.20 \u03bcm filtration capsule (SPYGEN, le Bourget du Lac, France), 
61
0.20 \u03bcm filtration capsule (SPYGEN, le Bourget du Lac, France), 
            
62
and disposable sterile tubing. Each filtration device filtered the 
62
and disposable sterile tubing. Each filtration device filtered the 
            
63
water contained in two plastic bags (22.5 l), which represent two 
63
water contained in two plastic bags (22.5 l), which represent two 
            
64
replicates per sampling site. We followed a rigorous protocol to avoid 
64
replicates per sampling site. We followed a rigorous protocol to avoid 
            
65
contamination during fieldwork, using disposable gloves and single-use 
65
contamination during fieldwork, using disposable gloves and single-use 
            
66
filtration equipment and plastic bags to process each water sample. At 
66
filtration equipment and plastic bags to process each water sample. At 
            
67
the end of each filtration, we emptied the water inside the capsule 
67
the end of each filtration, we emptied the water inside the capsule 
            
68
that we replaced by 80 ml of CL1 conservation buffer and stored the 
68
that we replaced by 80 ml of CL1 conservation buffer and stored the 
            
69
samples at room temperature following the specifications of the 
69
samples at room temperature following the specifications of the 
            
70
manufacturer (SPYGEN, Le Bourget du Lac, France). We processed the 
70
manufacturer (SPYGEN, Le Bourget du Lac, France). We processed the 
            
71
eDNA capsules at SPYGEN, following the protocol proposed by 
71
eDNA capsules at SPYGEN, following the protocol proposed by 
            
72
Polanco-Fern\u00e1ndez et al., (2020). We performed library 
72
Polanco-Fern\u00e1ndez et al., (2020). We performed library 
            
73
preparation and sequencing at Fasteris (Geneva, Switzerland). 
73
preparation and sequencing at Fasteris (Geneva, Switzerland). 
            
74
Specifically, we prepared four libraries using the MetaFast protocol 
74
Specifically, we prepared four libraries using the MetaFast protocol 
            
75
(a ligation-based method) and sequenced them separately. We carried 
75
(a ligation-based method) and sequenced them separately. We carried 
            
76
out paired-end sequencing using a MiSeq sequencer (2 \u00d7 125 bp, 
76
out paired-end sequencing using a MiSeq sequencer (2 \u00d7 125 bp, 
            
77
Illumina, San Diego, CA, USA) on two MiSeq Flow Cell Kits (v3; 
77
Illumina, San Diego, CA, USA) on two MiSeq Flow Cell Kits (v3; 
            
78
Illumina), following the manufacturer\u2019s instructions. We analysed 
78
Illumina), following the manufacturer\u2019s instructions. We analysed 
            
79
the sequence reads using the OBITools package 
79
the sequence reads using the OBITools package 
            
80
(http://metabarcoding.org/obitools; Boyer et al., 2016), following the 
80
(http://metabarcoding.org/obitools; Boyer et al., 2016), following the 
            
81
protocol described by Valentini et al. (2016).\n\nData content: \n\t* 
81
protocol described by Valentini et al. (2016).\n\nData content: \n\t* 
            
82
rawdata/: contains the raw reads for each individual sample. One 
82
rawdata/: contains the raw reads for each individual sample. One 
            
83
archive contains the paired-end reads specified by the _R1 or _R2 
83
archive contains the paired-end reads specified by the _R1 or _R2 
            
84
suffix as well as individually tagged PCR replicates (if available) 
84
suffix as well as individually tagged PCR replicates (if available) 
            
85
together with an archive containing all extraction and PCR blank 
85
together with an archive containing all extraction and PCR blank 
            
86
samples of the library. Reads have been demultiplexed using cutadapt 
86
samples of the library. Reads have been demultiplexed using cutadapt 
            
87
but not trimmed, individual demultiplexing tags and primers remain 
87
but not trimmed, individual demultiplexing tags and primers remain 
            
88
present in the sequences.  \n\t* taxadata/: contains the table with 
88
present in the sequences.  \n\t* taxadata/: contains the table with 
            
89
all detected taxonomy for each sample after bioinformatic processing 
89
all detected taxonomy for each sample after bioinformatic processing 
            
90
(see Polanco et al. 2020 for details; 
90
(see Polanco et al. 2020 for details; 
            
91
https://doi.org/10.1002/edn3.140) and associated field metadata. \n\t* 
91
https://doi.org/10.1002/edn3.140) and associated field metadata. \n\t* 
            
92
metadata/: contains two metadata files, one related to the data 
92
metadata/: contains two metadata files, one related to the data 
            
93
collected in the field for each filter, and the second related to the 
93
collected in the field for each filter, and the second related to the 
            
94
sequencing process in the lab (including the tag sequence, library 
94
sequencing process in the lab (including the tag sequence, library 
            
95
name, and marker information for each sample)\n",
95
name, and marker information for each sample)\n",
            
96
  "num_resources": 1,
96
  "num_resources": 1,
            
97
  "num_tags": 8,
97
  "num_tags": 8,
            
98
  "organization": {
98
  "organization": {
            
99
    "approval_status": "approved",
99
    "approval_status": "approved",
            
100
    "created": "2018-12-01T11:59:01.791513",
100
    "created": "2018-12-01T11:59:01.791513",
            
101
    "description": "We are an international research team with diverse 
101
    "description": "We are an international research team with diverse 
            
102
scientific expertise and backgrounds, connected by the goal to 
102
scientific expertise and backgrounds, connected by the goal to 
            
103
understand biodiversity. We study the mechanisms that shape 
103
understand biodiversity. We study the mechanisms that shape 
            
104
biodiversity patterns across spatial and temporal scales - in both 
104
biodiversity patterns across spatial and temporal scales - in both 
            
105
terrestrial and aquatic ecosystems -\u200bsuch as mountain ranges and 
105
terrestrial and aquatic ecosystems -\u200bsuch as mountain ranges and 
            
106
tropical reefs. We use an interdisciplinary approach, whereby we 
106
tropical reefs. We use an interdisciplinary approach, whereby we 
            
107
bridge ecology, evolution, Earth history and global change.\r\nTo make 
107
bridge ecology, evolution, Earth history and global change.\r\nTo make 
            
108
these connections, we collect data through biological monitoring, 
108
these connections, we collect data through biological monitoring, 
            
109
environmental DNA methods, remote sensing, and field sampling, and use 
109
environmental DNA methods, remote sensing, and field sampling, and use 
            
110
these data to answer questions with statistical and 
110
these data to answer questions with statistical and 
            
111
process-\u200bbased models of biological diversity.\r\nOur group is 
111
process-\u200bbased models of biological diversity.\r\nOur group is 
            
112
affiliated with ETH and WSL, but is also associated with Agroscope, 
112
affiliated with ETH and WSL, but is also associated with Agroscope, 
            
113
EAWAG, the European Joint Research Centre and Vogelwarte.",
113
EAWAG, the European Joint Research Centre and Vogelwarte.",
            
114
    "id": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
114
    "id": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
            
115
    "image_url": 
115
    "image_url": 
            
116
le.ethz.ch/_jcr_content/orgbox/image.imageformat.logo.1254626489.png",
116
le.ethz.ch/_jcr_content/orgbox/image.imageformat.logo.1254626489.png",
            
117
    "is_organization": true,
117
    "is_organization": true,
            
118
    "name": "ele-group",
118
    "name": "ele-group",
            
119
    "state": "active",
119
    "state": "active",
            
120
    "title": "Ecosystems and Landscape Evolution",
120
    "title": "Ecosystems and Landscape Evolution",
            
121
    "type": "organization"
121
    "type": "organization"
            
122
  },
122
  },
            
123
  "owner_org": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
123
  "owner_org": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
            
124
  "private": false,
124
  "private": false,
            
125
  "publication": 
125
  "publication": 
            
126
"{\"publisher\":\"EnviDat\",\"publication_year\":\"2024\"}",
126
"{\"publisher\":\"EnviDat\",\"publication_year\":\"2024\"}",
            
127
  "publication_state": "published",
127
  "publication_state": "published",
            
128
  "related_datasets": "ma_fr_evhoe_2020\nma_fr_evhoe_2021",
128
  "related_datasets": "ma_fr_evhoe_2020\nma_fr_evhoe_2021",
            
129
  "related_publications": "Related publication: Veron, P., Rozanski, 
129
  "related_publications": "Related publication: Veron, P., Rozanski, 
            
130
R., Marques, V., Joost, S., Deschez, M.E., Trenkel, V.M, Lorance, P., 
130
R., Marques, V., Joost, S., Deschez, M.E., Trenkel, V.M, Lorance, P., 
            
131
Alice Valentini, A., Polanco F. A., Pellissier, L., Eme, D., & Albouy, 
131
Alice Valentini, A., Polanco F. A., Pellissier, L., Eme, D., & Albouy, 
            
132
C. (2023). Environmental DNA complements scientific trawling in 
132
C. (2023). Environmental DNA complements scientific trawling in 
            
133
surveys of marine fish biodiversity. ICES Journal of Marine Science, 
133
surveys of marine fish biodiversity. ICES Journal of Marine Science, 
            
134
80,8,2150\u20132165, https://doi.org/10.1093/icesjms/fsad139.",
134
80,8,2150\u20132165, https://doi.org/10.1093/icesjms/fsad139.",
            
135
  "relationships_as_object": [],
135
  "relationships_as_object": [],
            
136
  "relationships_as_subject": [],
136
  "relationships_as_subject": [],
            
137
  "resource_type": "dataset",
137
  "resource_type": "dataset",
            
138
  "resource_type_general": "dataset",
138
  "resource_type_general": "dataset",
            
139
  "resources": [
139
  "resources": [
            
140
    {
140
    {
            
141
      "cache_last_updated": null,
141
      "cache_last_updated": null,
            
142
      "cache_url": null,
142
      "cache_url": null,
            
143
      "created": "2024-09-10T08:24:19.605919",
143
      "created": "2024-09-10T08:24:19.605919",
            
144
      "description": "",
144
      "description": "",
            
145
      "doi": "",
145
      "doi": "",
            
146
      "format": "csv + fastq",
146
      "format": "csv + fastq",
            
147
      "hash": "",
147
      "hash": "",
            
148
      "id": "19e3fb55-3992-4817-aa5d-1a16658a873a",
148
      "id": "19e3fb55-3992-4817-aa5d-1a16658a873a",
            
149
      "last_modified": "2024-09-10T10:26:29.516000",
149
      "last_modified": "2024-09-10T10:26:29.516000",
            
150
      "metadata_modified": "2024-09-10T12:01:23.127538",
150
      "metadata_modified": "2024-09-10T12:01:23.127538",
            
151
      "mimetype": null,
151
      "mimetype": null,
            
152
      "mimetype_inner": null,
152
      "mimetype_inner": null,
            
153
      "name": "Data access",
153
      "name": "Data access",
            
154
      "package_id": "1ba72bae-5014-4cbe-837a-cd9795de244a",
154
      "package_id": "1ba72bae-5014-4cbe-837a-cd9795de244a",
            
155
      "position": 0,
155
      "position": 0,
            
156
      "publication_state": "",
156
      "publication_state": "",
            
157
      "resource_size": "{\"size_units\": \"gb\", \"size_value\": 
157
      "resource_size": "{\"size_units\": \"gb\", \"size_value\": 
            
158
\"2.2\"}",
158
\"2.2\"}",
            
159
      "resource_type": null,
159
      "resource_type": null,
            
160
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
160
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
            
161
\"shared_secret\": \"\"}",
161
\"shared_secret\": \"\"}",
            
162
      "size": null,
162
      "size": null,
            
163
      "state": "active",
163
      "state": "active",
            
164
      "url": 
164
      "url": 
            
165
bucket=https://envicloud.wsl.ch/edna&prefix=/ma_fr/ma_fr_evhoe_2019/",
165
bucket=https://envicloud.wsl.ch/edna&prefix=/ma_fr/ma_fr_evhoe_2019/",
            
166
      "url_type": null
166
      "url_type": null
            
167
    }
167
    }
            
168
  ],
168
  ],
            
169
  "spatial": 
169
  "spatial": 
            
170
perties\":{\"name\":\"environmental-dna-marine-france-evhoe-2019\"}}",
170
perties\":{\"name\":\"environmental-dna-marine-france-evhoe-2019\"}}",
            
171
  "state": "active",
171
  "state": "active",
            
172
  "subtitle": "",
172
  "subtitle": "",
            
173
  "tags": [
173
  "tags": [
            
174
    {
174
    {
            
175
      "display_name": "ACTINOPTERYGII",
175
      "display_name": "ACTINOPTERYGII",
            
176
      "id": "06c96c08-94fc-4fbd-9f28-6a48e2b0c5d7",
176
      "id": "06c96c08-94fc-4fbd-9f28-6a48e2b0c5d7",
            
177
      "name": "ACTINOPTERYGII",
177
      "name": "ACTINOPTERYGII",
            
178
      "state": "active",
178
      "state": "active",
            
179
      "vocabulary_id": null
179
      "vocabulary_id": null
            
180
    },
180
    },
            
181
    {
181
    {
            
182
      "display_name": "ATLANTIC REGION",
182
      "display_name": "ATLANTIC REGION",
            
183
      "id": "359d5c11-c602-4987-99e6-57d73efab5a7",
183
      "id": "359d5c11-c602-4987-99e6-57d73efab5a7",
            
184
      "name": "ATLANTIC REGION",
184
      "name": "ATLANTIC REGION",
            
185
      "state": "active",
185
      "state": "active",
            
186
      "vocabulary_id": null
186
      "vocabulary_id": null
            
187
    },
187
    },
            
188
    {
188
    {
            
189
      "display_name": "BAYOFBISCAY",
189
      "display_name": "BAYOFBISCAY",
            
190
      "id": "53be83be-332b-4e61-921b-dff79816e375",
190
      "id": "53be83be-332b-4e61-921b-dff79816e375",
            
191
      "name": "BAYOFBISCAY",
191
      "name": "BAYOFBISCAY",
            
192
      "state": "active",
192
      "state": "active",
            
193
      "vocabulary_id": null
193
      "vocabulary_id": null
            
194
    },
194
    },
            
195
    {
195
    {
            
196
      "display_name": "CHONDRICHTHYES",
196
      "display_name": "CHONDRICHTHYES",
            
197
      "id": "29a8b8f7-f655-46c7-81f4-109bf2131e5b",
197
      "id": "29a8b8f7-f655-46c7-81f4-109bf2131e5b",
            
198
      "name": "CHONDRICHTHYES",
198
      "name": "CHONDRICHTHYES",
            
199
      "state": "active",
199
      "state": "active",
            
200
      "vocabulary_id": null
200
      "vocabulary_id": null
            
201
    },
201
    },
            
202
    {
202
    {
            
203
      "display_name": "EDNA",
203
      "display_name": "EDNA",
            
204
      "id": "dab1a17e-9bf9-4e0a-9a60-c3ca8f8a9154",
204
      "id": "dab1a17e-9bf9-4e0a-9a60-c3ca8f8a9154",
            
205
      "name": "EDNA",
205
      "name": "EDNA",
            
206
      "state": "active",
206
      "state": "active",
            
207
      "vocabulary_id": null
207
      "vocabulary_id": null
            
208
    },
208
    },
            
209
    {
209
    {
            
210
      "display_name": "FISH COMPOSITION",
210
      "display_name": "FISH COMPOSITION",
            
211
      "id": "4c441df2-c810-49ad-81a3-483b6a9ff2bb",
211
      "id": "4c441df2-c810-49ad-81a3-483b6a9ff2bb",
            
212
      "name": "FISH COMPOSITION",
212
      "name": "FISH COMPOSITION",
            
213
      "state": "active",
213
      "state": "active",
            
214
      "vocabulary_id": null
214
      "vocabulary_id": null
            
215
    },
215
    },
            
216
    {
216
    {
            
217
      "display_name": "METABARCODING",
217
      "display_name": "METABARCODING",
            
218
      "id": "00af76c6-a1b0-407c-a7f3-898398363cfc",
218
      "id": "00af76c6-a1b0-407c-a7f3-898398363cfc",
            
219
      "name": "METABARCODING",
219
      "name": "METABARCODING",
            
220
      "state": "active",
220
      "state": "active",
            
221
      "vocabulary_id": null
221
      "vocabulary_id": null
            
222
    },
222
    },
            
223
    {
223
    {
            
224
      "display_name": "TELEO",
224
      "display_name": "TELEO",
            
225
      "id": "d67a8d9b-568f-45dc-ac71-fd05228faa6b",
225
      "id": "d67a8d9b-568f-45dc-ac71-fd05228faa6b",
            
226
      "name": "TELEO",
226
      "name": "TELEO",
            
227
      "state": "active",
227
      "state": "active",
            
228
      "vocabulary_id": null
228
      "vocabulary_id": null
            
229
    }
229
    }
            
230
  ],
230
  ],
            
231
  "title": "Environmental DNA Marine France Evhoe 2019",
231
  "title": "Environmental DNA Marine France Evhoe 2019",
            
232
  "type": "dataset",
232
  "type": "dataset",
            
t
233
  "url": null
t
233
  "url": null,
            
234
  "version": "1.0"
            
234
}
235
}