Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "[{\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
2
  "author": "[{\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
            
3
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
3
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
            
4
\"affiliation_02\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", 
4
\"affiliation_02\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", 
            
5
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"curation\", 
5
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"curation\", 
            
6
\"software\", \"publication\"], \"email\": \"oskar@hagen.bio\", 
6
\"software\", \"publication\"], \"email\": \"oskar@hagen.bio\", 
            
7
\"given_name\": \"Oskar\", \"identifier\": \"0000-0002-7931-6571\", 
7
\"given_name\": \"Oskar\", \"identifier\": \"0000-0002-7931-6571\", 
            
8
\"name\": \"Hagen\"}, {\"affiliation\": \"Swiss Federal Research 
8
\"name\": \"Hagen\"}, {\"affiliation\": \"Swiss Federal Research 
            
9
Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", \"affiliation_02\": 
9
Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", \"affiliation_02\": 
            
10
\"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
10
\"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
            
11
[\"collection\", \"validation\", \"curation\", \"software\", 
11
[\"collection\", \"validation\", \"curation\", \"software\", 
            
12
\"publication\"], \"email\": \"alexander.skeels@usys.ethz.ch\", 
12
\"publication\"], \"email\": \"alexander.skeels@usys.ethz.ch\", 
            
13
\"given_name\": \"Alexander\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
13
\"given_name\": \"Alexander\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
            
14
\"Skeels\"}, {\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
14
\"Skeels\"}, {\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
            
15
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
15
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
            
16
\"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
16
\"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
            
17
[\"collection\", \"publication\"], \"email\": 
17
[\"collection\", \"publication\"], \"email\": 
            
18
\"renske.onstein@idiv.de\", \"given_name\": \"Renske\", 
18
\"renske.onstein@idiv.de\", \"given_name\": \"Renske\", 
            
19
\"identifier\": \"0000-0002-2295-3510\", \"name\": \"Onstein\"}, 
19
\"identifier\": \"0000-0002-2295-3510\", \"name\": \"Onstein\"}, 
            
20
{\"affiliation\": \"Department of Ecology and Evolutionary Biology, 
20
{\"affiliation\": \"Department of Ecology and Evolutionary Biology, 
            
21
Yale University\", \"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", 
21
Yale University\", \"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", 
            
22
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"publication\"], 
22
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"publication\"], 
            
23
\"email\": \"walter.jetz@yale.edu\", \"given_name\": \"Walter\", 
23
\"email\": \"walter.jetz@yale.edu\", \"given_name\": \"Walter\", 
            
24
\"identifier\": \"0000-0002-1971-7277\", \"name\": \"Jetz\"}, 
24
\"identifier\": \"0000-0002-1971-7277\", \"name\": \"Jetz\"}, 
            
25
{\"affiliation\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_02\": \"Swiss Federal 
25
{\"affiliation\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_02\": \"Swiss Federal 
            
26
Research Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", 
26
Research Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", 
            
27
\"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
27
\"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
            
28
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\", 
28
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\", 
            
29
\"supervision\"], \"email\": \"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", 
29
\"supervision\"], \"email\": \"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", 
            
30
\"given_name\": \"Loic\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
30
\"given_name\": \"Loic\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
            
31
\"Pellissier\"}]",
31
\"Pellissier\"}]",
            
32
  "author_email": null,
32
  "author_email": null,
            
33
  "creator_user_id": "93fd6aa4-4bae-4c26-9561-c54eb9142d42",
33
  "creator_user_id": "93fd6aa4-4bae-4c26-9561-c54eb9142d42",
            
34
  "date": "[{\"date\": \"2020-04-15\", \"date_type\": \"collected\", 
34
  "date": "[{\"date\": \"2020-04-15\", \"date_type\": \"collected\", 
            
35
\"end_date\": \"2021-09-15\"}]",
35
\"end_date\": \"2021-09-15\"}]",
            
36
  "doi": "",
36
  "doi": "",
            
37
  "funding": "[{\"grant_number\": \"310030-188550\", \"institution\": 
37
  "funding": "[{\"grant_number\": \"310030-188550\", \"institution\": 
            
38
\"Schweizerischer Nationalfonds zur F\u00f6rderung der 
38
\"Schweizerischer Nationalfonds zur F\u00f6rderung der 
            
39
Wissenschaftlichen Forschung\", \"institution_url\": \"\"}]",
39
Wissenschaftlichen Forschung\", \"institution_url\": \"\"}]",
            
40
  "groups": [],
40
  "groups": [],
            
41
  "id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
41
  "id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
42
  "isopen": false,
42
  "isopen": false,
            
43
  "language": "en",
43
  "language": "en",
            
44
  "license_id": "wsl-data",
44
  "license_id": "wsl-data",
            
45
  "license_title": "WSL Data Policy",
45
  "license_title": "WSL Data Policy",
            
46
  "license_url": 
46
  "license_url": 
            
47
ps://www.wsl.ch/en/about-wsl/programmes-and-initiatives/envidat.html",
47
ps://www.wsl.ch/en/about-wsl/programmes-and-initiatives/envidat.html",
            
48
  "maintainer": "{\"affiliation\": \"WSL / ETH\", \"email\": 
48
  "maintainer": "{\"affiliation\": \"WSL / ETH\", \"email\": 
            
49
\"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", \"given_name\": \"Loic\", 
49
\"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", \"given_name\": \"Loic\", 
            
50
\"identifier\": \"\", \"name\": \"Pellissier\"}",
50
\"identifier\": \"\", \"name\": \"Pellissier\"}",
            
51
  "maintainer_email": null,
51
  "maintainer_email": null,
            
52
  "metadata_created": "2021-09-15T11:44:16.660831",
52
  "metadata_created": "2021-09-15T11:44:16.660831",
            
n
53
  "metadata_modified": "2021-09-15T12:04:28.969068",
n
53
  "metadata_modified": "2021-09-15T12:05:05.313367",
            
54
  "name": "data-from-hagen_skeels_etal_2021_pnas",
54
  "name": "data-from-hagen_skeels_etal_2021_pnas",
            
55
  "notes": "Datasets and R scripts 
55
  "notes": "Datasets and R scripts 
            
56
\r\n\r\n~~~~~Datasets\r\n\r\nDataset_S1.csv includes species diversity 
56
\r\n\r\n~~~~~Datasets\r\n\r\nDataset_S1.csv includes species diversity 
            
57
counts for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the 
57
counts for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the 
            
58
Neotropics (NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
58
Neotropics (NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
            
59
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
59
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
            
60
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
60
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
            
61
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
61
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
            
62
diversity disparity (PDD_clade). \r\n\r\nDataset_S2.csv: environmental 
62
diversity disparity (PDD_clade). \r\n\r\nDataset_S2.csv: environmental 
            
63
and species richness data. Longitude (x), latitude (y), potential 
63
and species richness data. Longitude (x), latitude (y), potential 
            
64
evapotranspiration (PET), mean annual temperature (MAT), mean annual 
64
evapotranspiration (PET), mean annual temperature (MAT), mean annual 
            
65
precipitation), amphibian, bird, mammal, and reptile species richness, 
65
precipitation), amphibian, bird, mammal, and reptile species richness, 
            
66
PC1 and PC2 of environmental PCA and the region. Environmental data 
66
PC1 and PC2 of environmental PCA and the region. Environmental data 
            
67
(from CHELSA and ENVIREM) and species richness summarised from 
67
(from CHELSA and ENVIREM) and species richness summarised from 
            
68
published data (vertLife, MOL, IUCN, GARD).\r\n\r\nDataset_S3.csv: - 
68
published data (vertLife, MOL, IUCN, GARD).\r\n\r\nDataset_S3.csv: - 
            
69
Paleoenvironmental reconstructions (details in the associated SI 
69
Paleoenvironmental reconstructions (details in the associated SI 
            
70
appendix) including latitude (y), longitude (x), and temperature data 
70
appendix) including latitude (y), longitude (x), and temperature data 
            
71
across 200 myrs at 170 kyr intervals.\r\n\r\nDataset_S4.csv: 
71
across 200 myrs at 170 kyr intervals.\r\n\r\nDataset_S4.csv: 
            
72
simulation model parameters and diversity summary statistics. 
72
simulation model parameters and diversity summary statistics. 
            
73
Including rate of temperature niche evolution (Tev), temperature niche 
73
Including rate of temperature niche evolution (Tev), temperature niche 
            
74
width (TW), divergence threshold (S), Dispersal probability 
74
width (TW), divergence threshold (S), Dispersal probability 
            
75
distribution shape (WeibullShape) and information on number of extinct 
75
distribution shape (WeibullShape) and information on number of extinct 
            
76
species, number of extant species, total species, Spearman correlation 
76
species, number of extant species, total species, Spearman correlation 
            
77
coefficient between absolute latitude and species richness 
77
coefficient between absolute latitude and species richness 
            
78
(latitude_richness_cor), and diversity in the Neotropics, Indomalaya, 
78
(latitude_richness_cor), and diversity in the Neotropics, Indomalaya, 
            
79
Afrotropics. Also, whether the simulation generated pantropical 
79
Afrotropics. Also, whether the simulation generated pantropical 
            
80
distribution of species (pantropicality_index), or the pantropical 
80
distribution of species (pantropicality_index), or the pantropical 
            
81
diversity disparity (PDD_index). Finally what time step the simulation 
81
diversity disparity (PDD_index). Finally what time step the simulation 
            
82
exited at (0 for complete simulations).\r\n\r\nDataset_S5.csv: Net 
82
exited at (0 for complete simulations).\r\n\r\nDataset_S5.csv: Net 
            
83
relatedness index (NRI) in three tropical moist forest regions and 
83
relatedness index (NRI) in three tropical moist forest regions and 
            
84
associated p-values for pantropically distributed 
84
associated p-values for pantropically distributed 
            
85
taxa.\r\n\r\n~~~~~Scripts\r\n\r\nGen3sis_config_creator.R and 
85
taxa.\r\n\r\n~~~~~Scripts\r\n\r\nGen3sis_config_creator.R and 
            
86
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
86
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
            
87
run the simulation experiment.\r\n\r\nGLS.R R script to replicate the 
87
run the simulation experiment.\r\n\r\nGLS.R R script to replicate the 
            
88
linear modelling analyses.\r\n\r\n",
88
linear modelling analyses.\r\n\r\n",
            
n
89
  "num_resources": 6,
n
89
  "num_resources": 7,
            
90
  "num_tags": 5,
90
  "num_tags": 5,
            
91
  "organization": {
91
  "organization": {
            
92
    "approval_status": "approved",
92
    "approval_status": "approved",
            
93
    "created": "2018-12-01T11:42:44.590217",
93
    "created": "2018-12-01T11:42:44.590217",
            
94
    "description": "Our laboratory aims at understanding and 
94
    "description": "Our laboratory aims at understanding and 
            
95
forecasting the response of biodiversity to landscape changes. We 
95
forecasting the response of biodiversity to landscape changes. We 
            
96
investigate the historical responses of species to past changes such 
96
investigate the historical responses of species to past changes such 
            
97
as plate tectonics or the glaciations of the Quaternary and 
97
as plate tectonics or the glaciations of the Quaternary and 
            
98
contemporary responses to ongoing global changes. We develop spatial 
98
contemporary responses to ongoing global changes. We develop spatial 
            
99
mechanistic models of biodiversity that account for processes such as 
99
mechanistic models of biodiversity that account for processes such as 
            
100
dispersal and biotic interactions.",
100
dispersal and biotic interactions.",
            
101
    "id": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
101
    "id": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
            
102
    "image_url": 
102
    "image_url": 
            
103
ww.ites.ethz.ch/_jcr_content/orgLogo.imageformat.logo.1518520524.jpg",
103
ww.ites.ethz.ch/_jcr_content/orgLogo.imageformat.logo.1518520524.jpg",
            
104
    "is_organization": true,
104
    "is_organization": true,
            
105
    "name": "landscape-ecology",
105
    "name": "landscape-ecology",
            
106
    "state": "active",
106
    "state": "active",
            
107
    "title": "Landscape Ecology",
107
    "title": "Landscape Ecology",
            
108
    "type": "organization"
108
    "type": "organization"
            
109
  },
109
  },
            
110
  "owner_org": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
110
  "owner_org": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
            
111
  "private": false,
111
  "private": false,
            
112
  "publication": "{\"publication_year\": \"2021\", \"publisher\": 
112
  "publication": "{\"publication_year\": \"2021\", \"publisher\": 
            
113
\"EnviDat\"}",
113
\"EnviDat\"}",
            
114
  "publication_state": "",
114
  "publication_state": "",
            
115
  "related_datasets": "",
115
  "related_datasets": "",
            
116
  "related_publications": "",
116
  "related_publications": "",
            
117
  "relationships_as_object": [],
117
  "relationships_as_object": [],
            
118
  "relationships_as_subject": [],
118
  "relationships_as_subject": [],
            
119
  "resource_type": "dataset",
119
  "resource_type": "dataset",
            
120
  "resource_type_general": "dataset",
120
  "resource_type_general": "dataset",
            
121
  "resources": [
121
  "resources": [
            
122
    {
122
    {
            
123
      "cache_last_updated": null,
123
      "cache_last_updated": null,
            
124
      "cache_url": null,
124
      "cache_url": null,
            
125
      "created": "2021-09-15T11:51:54.396594",
125
      "created": "2021-09-15T11:51:54.396594",
            
126
      "description": "Dataset_S1.csv includes species diversity counts 
126
      "description": "Dataset_S1.csv includes species diversity counts 
            
127
for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the Neotropics 
127
for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the Neotropics 
            
128
(NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
128
(NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
            
129
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
129
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
            
130
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
130
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
            
131
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
131
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
            
132
diversity disparity (PDD_clade). ",
132
diversity disparity (PDD_clade). ",
            
133
      "doi": "",
133
      "doi": "",
            
134
      "format": "",
134
      "format": "",
            
135
      "hash": "",
135
      "hash": "",
            
136
      "id": "5e558880-f6fd-4ec6-ab35-e7d07180d690",
136
      "id": "5e558880-f6fd-4ec6-ab35-e7d07180d690",
            
137
      "last_modified": null,
137
      "last_modified": null,
            
138
      "metadata_modified": "2021-09-15T12:01:41.711067",
138
      "metadata_modified": "2021-09-15T12:01:41.711067",
            
139
      "mimetype": null,
139
      "mimetype": null,
            
140
      "mimetype_inner": null,
140
      "mimetype_inner": null,
            
141
      "name": "Dataset S1",
141
      "name": "Dataset S1",
            
142
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
142
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
143
      "position": 0,
143
      "position": 0,
            
144
      "publication_state": "",
144
      "publication_state": "",
            
145
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
145
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
146
\"kb\"}",
146
\"kb\"}",
            
147
      "resource_type": null,
147
      "resource_type": null,
            
148
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
148
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
149
\"shared_secret\": \"\"}",
149
\"shared_secret\": \"\"}",
            
150
      "size": 8409,
150
      "size": 8409,
            
151
      "state": "active",
151
      "state": "active",
            
152
      "url": 
152
      "url": 
            
153
esource/5e558880-f6fd-4ec6-ab35-e7d07180d690/download/dataset_s1.csv",
153
esource/5e558880-f6fd-4ec6-ab35-e7d07180d690/download/dataset_s1.csv",
            
154
      "url_type": "upload"
154
      "url_type": "upload"
            
155
    },
155
    },
            
156
    {
156
    {
            
157
      "cache_last_updated": null,
157
      "cache_last_updated": null,
            
158
      "cache_url": null,
158
      "cache_url": null,
            
159
      "created": "2021-09-15T11:45:27.749059",
159
      "created": "2021-09-15T11:45:27.749059",
            
160
      "description": "Gen3sis_config_creator.R and 
160
      "description": "Gen3sis_config_creator.R and 
            
161
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
161
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
            
162
run the simulation experiment.",
162
run the simulation experiment.",
            
163
      "doi": "",
163
      "doi": "",
            
164
      "format": "R",
164
      "format": "R",
            
165
      "hash": "",
165
      "hash": "",
            
166
      "id": "a571cd80-2302-4fd8-aa60-2c3176654bb5",
166
      "id": "a571cd80-2302-4fd8-aa60-2c3176654bb5",
            
167
      "last_modified": null,
167
      "last_modified": null,
            
168
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:45:27.723569",
168
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:45:27.723569",
            
169
      "mimetype": null,
169
      "mimetype": null,
            
170
      "mimetype_inner": null,
170
      "mimetype_inner": null,
            
171
      "name": "Gen3sis config creator",
171
      "name": "Gen3sis config creator",
            
172
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
172
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
173
      "position": 1,
173
      "position": 1,
            
174
      "publication_state": "",
174
      "publication_state": "",
            
175
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
175
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
176
\"kb\"}",
176
\"kb\"}",
            
177
      "resource_type": null,
177
      "resource_type": null,
            
178
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
178
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
179
\"shared_secret\": \"\"}",
179
\"shared_secret\": \"\"}",
            
180
      "size": 3070,
180
      "size": 3070,
            
181
      "state": "active",
181
      "state": "active",
            
182
      "url": 
182
      "url": 
            
183
71cd80-2302-4fd8-aa60-2c3176654bb5/download/gen3sis_config_creator.r",
183
71cd80-2302-4fd8-aa60-2c3176654bb5/download/gen3sis_config_creator.r",
            
184
      "url_type": "upload"
184
      "url_type": "upload"
            
185
    },
185
    },
            
186
    {
186
    {
            
187
      "cache_last_updated": null,
187
      "cache_last_updated": null,
            
188
      "cache_url": null,
188
      "cache_url": null,
            
189
      "created": "2021-09-15T11:53:08.187875",
189
      "created": "2021-09-15T11:53:08.187875",
            
190
      "description": "Gen3sis_config_creator.R and 
190
      "description": "Gen3sis_config_creator.R and 
            
191
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
191
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
            
192
run the simulation experiment.",
192
run the simulation experiment.",
            
193
      "doi": "",
193
      "doi": "",
            
194
      "format": "",
194
      "format": "",
            
195
      "hash": "",
195
      "hash": "",
            
196
      "id": "60c365f0-90a2-4001-9e46-24071dd08382",
196
      "id": "60c365f0-90a2-4001-9e46-24071dd08382",
            
197
      "last_modified": null,
197
      "last_modified": null,
            
198
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:53:08.168593",
198
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:53:08.168593",
            
199
      "mimetype": null,
199
      "mimetype": null,
            
200
      "mimetype_inner": null,
200
      "mimetype_inner": null,
            
201
      "name": "Gen3sis config template",
201
      "name": "Gen3sis config template",
            
202
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
202
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
203
      "position": 2,
203
      "position": 2,
            
204
      "publication_state": "",
204
      "publication_state": "",
            
205
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
205
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
206
\"kb\"}",
206
\"kb\"}",
            
207
      "resource_type": null,
207
      "resource_type": null,
            
208
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
208
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
209
\"shared_secret\": \"\"}",
209
\"shared_secret\": \"\"}",
            
210
      "size": 6345,
210
      "size": 6345,
            
211
      "state": "active",
211
      "state": "active",
            
212
      "url": 
212
      "url": 
            
213
365f0-90a2-4001-9e46-24071dd08382/download/gen3sis_config_template.r",
213
365f0-90a2-4001-9e46-24071dd08382/download/gen3sis_config_template.r",
            
214
      "url_type": "upload"
214
      "url_type": "upload"
            
215
    },
215
    },
            
216
    {
216
    {
            
217
      "cache_last_updated": null,
217
      "cache_last_updated": null,
            
218
      "cache_url": null,
218
      "cache_url": null,
            
219
      "created": "2021-09-15T11:53:49.193691",
219
      "created": "2021-09-15T11:53:49.193691",
            
220
      "description": "GLS.R R script to replicate the linear modeling 
220
      "description": "GLS.R R script to replicate the linear modeling 
            
221
analyses.",
221
analyses.",
            
222
      "doi": "",
222
      "doi": "",
            
223
      "format": "",
223
      "format": "",
            
224
      "hash": "",
224
      "hash": "",
            
225
      "id": "94e4eef9-a818-4893-a71a-eacf5b4ba867",
225
      "id": "94e4eef9-a818-4893-a71a-eacf5b4ba867",
            
226
      "last_modified": null,
226
      "last_modified": null,
            
227
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:53:49.167409",
227
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:53:49.167409",
            
228
      "mimetype": null,
228
      "mimetype": null,
            
229
      "mimetype_inner": null,
229
      "mimetype_inner": null,
            
230
      "name": "GLS script",
230
      "name": "GLS script",
            
231
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
231
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
232
      "position": 3,
232
      "position": 3,
            
233
      "publication_state": "",
233
      "publication_state": "",
            
234
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
234
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
235
\"kb\"}",
235
\"kb\"}",
            
236
      "resource_type": null,
236
      "resource_type": null,
            
237
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
237
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
238
\"shared_secret\": \"\"}",
238
\"shared_secret\": \"\"}",
            
239
      "size": 8705,
239
      "size": 8705,
            
240
      "state": "active",
240
      "state": "active",
            
241
      "url": 
241
      "url": 
            
242
fc875b9/resource/94e4eef9-a818-4893-a71a-eacf5b4ba867/download/gls.r",
242
fc875b9/resource/94e4eef9-a818-4893-a71a-eacf5b4ba867/download/gls.r",
            
243
      "url_type": "upload"
243
      "url_type": "upload"
            
244
    },
244
    },
            
245
    {
245
    {
            
246
      "cache_last_updated": null,
246
      "cache_last_updated": null,
            
247
      "cache_url": null,
247
      "cache_url": null,
            
248
      "created": "2021-09-15T11:48:21.670609",
248
      "created": "2021-09-15T11:48:21.670609",
            
249
      "description": "Zip folder containing:\r\n\r\nDataset_S1.csv: 
249
      "description": "Zip folder containing:\r\n\r\nDataset_S1.csv: 
            
250
includes species diversity counts for 237 clades in tropical moist 
250
includes species diversity counts for 237 clades in tropical moist 
            
251
forests (TMF) in the Neotropics (NeotropicalTMF), Indomalaya 
251
forests (TMF) in the Neotropics (NeotropicalTMF), Indomalaya 
            
252
(IndomalayanTMF), Afrotropics (AfrotropicalTMF), All three TMF regions 
252
(IndomalayanTMF), Afrotropics (AfrotropicalTMF), All three TMF regions 
            
253
together (AllTMF), all non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). 
253
together (AllTMF), all non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). 
            
254
As well as whether the clade is pantropical  (Pantropical_clade) and 
254
As well as whether the clade is pantropical  (Pantropical_clade) and 
            
255
shows the pantropical diversity disparity (PDD_clade). 
255
shows the pantropical diversity disparity (PDD_clade). 
            
256
\r\nDataset_S2.csv: environmental and species richness data. Longitude 
256
\r\nDataset_S2.csv: environmental and species richness data. Longitude 
            
257
(x), latitude (y), potential evapotranspiration (PET), mean annual 
257
(x), latitude (y), potential evapotranspiration (PET), mean annual 
            
258
temperature (MAT), mean annual precipitation), amphibian, bird, 
258
temperature (MAT), mean annual precipitation), amphibian, bird, 
            
259
mammal, and reptile species richness, PC1 and PC2 of environmental PCA 
259
mammal, and reptile species richness, PC1 and PC2 of environmental PCA 
            
260
and the region. Environmental data (from CHELSA and ENVIREM) and 
260
and the region. Environmental data (from CHELSA and ENVIREM) and 
            
261
species richness summarised from published data (vertLife, MOL, IUCN, 
261
species richness summarised from published data (vertLife, MOL, IUCN, 
            
262
GARD).\r\nDataset_S3.csv: - Paleoenvironmental reconstructions 
262
GARD).\r\nDataset_S3.csv: - Paleoenvironmental reconstructions 
            
263
(details in the associated SI appendix) including latitude (y), 
263
(details in the associated SI appendix) including latitude (y), 
            
264
longitude (x), and temperature data across 200 myrs at 170 kyr 
264
longitude (x), and temperature data across 200 myrs at 170 kyr 
            
265
intervals.\r\nDataset_S4.csv: simulation model parameters and 
265
intervals.\r\nDataset_S4.csv: simulation model parameters and 
            
266
diversity summary statistics. Including rate of temperature niche 
266
diversity summary statistics. Including rate of temperature niche 
            
267
evolution (Tev), temperature niche width (TW), divergence threshold 
267
evolution (Tev), temperature niche width (TW), divergence threshold 
            
268
(S), Dispersal probability distribution shape (WeibullShape) and 
268
(S), Dispersal probability distribution shape (WeibullShape) and 
            
269
information on number of extinct species, number of extant species, 
269
information on number of extinct species, number of extant species, 
            
270
total species, Spearman correlation coefficient between absolute 
270
total species, Spearman correlation coefficient between absolute 
            
271
latitude and species richness (latitude_richness_cor), and diversity 
271
latitude and species richness (latitude_richness_cor), and diversity 
            
272
in the Neotropics, Indomalaya, Afrotropics. Also, whether the 
272
in the Neotropics, Indomalaya, Afrotropics. Also, whether the 
            
273
simulation generated pantropical distribution of species 
273
simulation generated pantropical distribution of species 
            
274
(pantropicality_index), or the pantropical diversity disparity 
274
(pantropicality_index), or the pantropical diversity disparity 
            
275
(PDD_index). Finally what time step the simulation exited at (0 for 
275
(PDD_index). Finally what time step the simulation exited at (0 for 
            
276
complete simulations).\r\nDataset_S5.csv: Net relatedness index (NRI) 
276
complete simulations).\r\nDataset_S5.csv: Net relatedness index (NRI) 
            
277
in three tropical moist forest regions and associated p-values for 
277
in three tropical moist forest regions and associated p-values for 
            
278
pantropically distributed taxa.\r\nGen3sis_config_creator.R and 
278
pantropically distributed taxa.\r\nGen3sis_config_creator.R and 
            
279
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
279
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
            
280
run the simulation experiment.\r\nGLS.R R script to replicate the 
280
run the simulation experiment.\r\nGLS.R R script to replicate the 
            
281
linear modelling analyses.\r\n",
281
linear modelling analyses.\r\n",
            
282
      "doi": "",
282
      "doi": "",
            
283
      "format": ".zip",
283
      "format": ".zip",
            
284
      "hash": "",
284
      "hash": "",
            
285
      "id": "1f9cddb0-7035-4c47-84c7-e2846759f342",
285
      "id": "1f9cddb0-7035-4c47-84c7-e2846759f342",
            
286
      "last_modified": null,
286
      "last_modified": null,
            
287
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:48:21.652594",
287
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:48:21.652594",
            
288
      "mimetype": null,
288
      "mimetype": null,
            
289
      "mimetype_inner": null,
289
      "mimetype_inner": null,
            
290
      "name": "",
290
      "name": "",
            
291
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
291
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
292
      "position": 4,
292
      "position": 4,
            
293
      "publication_state": "",
293
      "publication_state": "",
            
294
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
294
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
295
\"kb\"}",
295
\"kb\"}",
            
296
      "resource_type": null,
296
      "resource_type": null,
            
297
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
297
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
298
\"shared_secret\": \"\"}",
298
\"shared_secret\": \"\"}",
            
299
      "size": 47630797,
299
      "size": 47630797,
            
300
      "state": "active",
300
      "state": "active",
            
301
      "url": 
301
      "url": 
            
302
esource/1f9cddb0-7035-4c47-84c7-e2846759f342/download/envidat_si.zip",
302
esource/1f9cddb0-7035-4c47-84c7-e2846759f342/download/envidat_si.zip",
            
303
      "url_type": "upload"
303
      "url_type": "upload"
            
304
    },
304
    },
            
305
    {
305
    {
            
306
      "cache_last_updated": null,
306
      "cache_last_updated": null,
            
307
      "cache_url": null,
307
      "cache_url": null,
            
308
      "created": "2021-09-15T12:04:28.996114",
308
      "created": "2021-09-15T12:04:28.996114",
            
309
      "description": "Dataset_S2.csv: environmental and species 
309
      "description": "Dataset_S2.csv: environmental and species 
            
310
richness data. Longitude (x), latitude (y), potential 
310
richness data. Longitude (x), latitude (y), potential 
            
311
evapotranspiration (PET), mean annual temperature (MAT), mean annual 
311
evapotranspiration (PET), mean annual temperature (MAT), mean annual 
            
312
precipitation), amphibian, bird, mammal, and reptile species richness, 
312
precipitation), amphibian, bird, mammal, and reptile species richness, 
            
313
PC1 and PC2 of environmental PCA and the region. Environmental data 
313
PC1 and PC2 of environmental PCA and the region. Environmental data 
            
314
(from CHELSA and ENVIREM) and species richness summarised from 
314
(from CHELSA and ENVIREM) and species richness summarised from 
            
315
published data (vertLife, MOL, IUCN, GARD).",
315
published data (vertLife, MOL, IUCN, GARD).",
            
316
      "doi": "",
316
      "doi": "",
            
317
      "format": ".csv",
317
      "format": ".csv",
            
318
      "hash": "",
318
      "hash": "",
            
319
      "id": "7b01096c-5f9a-4d98-8129-125b9a749a27",
319
      "id": "7b01096c-5f9a-4d98-8129-125b9a749a27",
            
320
      "last_modified": null,
320
      "last_modified": null,
            
321
      "metadata_modified": "2021-09-15T12:04:28.975274",
321
      "metadata_modified": "2021-09-15T12:04:28.975274",
            
322
      "mimetype": null,
322
      "mimetype": null,
            
323
      "mimetype_inner": null,
323
      "mimetype_inner": null,
            
324
      "name": "Dataset S2",
324
      "name": "Dataset S2",
            
325
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
325
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
326
      "position": 5,
326
      "position": 5,
            
327
      "publication_state": "",
327
      "publication_state": "",
            
328
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
328
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
329
\"kb\"}",
329
\"kb\"}",
            
330
      "resource_type": null,
330
      "resource_type": null,
            
331
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
331
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
332
\"shared_secret\": \"\"}",
332
\"shared_secret\": \"\"}",
            
333
      "size": 207900,
333
      "size": 207900,
            
334
      "state": "active",
334
      "state": "active",
            
335
      "url": 
335
      "url": 
            
336
esource/7b01096c-5f9a-4d98-8129-125b9a749a27/download/dataset_s2.csv",
336
esource/7b01096c-5f9a-4d98-8129-125b9a749a27/download/dataset_s2.csv",
            
337
      "url_type": "upload"
337
      "url_type": "upload"
            
t
t
338
    },
            
339
    {
            
340
      "cache_last_updated": null,
            
341
      "cache_url": null,
            
342
      "created": "2021-09-15T12:05:05.340288",
            
343
      "description": "Dataset_S3.csv: - Paleoenvironmental 
            
344
reconstructions (details in the associated SI appendix) including 
            
345
latitude (y), longitude (x), and temperature data across 200 myrs at 
            
346
170 kyr intervals.",
            
347
      "doi": "",
            
348
      "format": ".csv",
            
349
      "hash": "",
            
350
      "id": "eb9e15a4-70c8-43b9-8ed1-8ae476c66e97",
            
351
      "last_modified": null,
            
352
      "metadata_modified": "2021-09-15T12:05:05.319503",
            
353
      "mimetype": null,
            
354
      "mimetype_inner": null,
            
355
      "name": "Dataset S3",
            
356
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
357
      "position": 6,
            
358
      "publication_state": "",
            
359
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
360
\"kb\"}",
            
361
      "resource_type": null,
            
362
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
363
\"shared_secret\": \"\"}",
            
364
      "size": 147810332,
            
365
      "state": "active",
            
366
      "url": 
            
367
esource/eb9e15a4-70c8-43b9-8ed1-8ae476c66e97/download/dataset_s3.csv",
            
368
      "url_type": "upload"
            
338
    }
369
    }
            
339
  ],
370
  ],
            
340
  "spatial": "{\"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [[[5.95587, 
371
  "spatial": "{\"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [[[5.95587, 
            
341
45.81802],[5.95587, 47.80838],[10.49203, 47.80838],[10.49203, 
372
45.81802],[5.95587, 47.80838],[10.49203, 47.80838],[10.49203, 
            
342
45.81802],[5.95587, 45.81802]]]}",
373
45.81802],[5.95587, 45.81802]]]}",
            
343
  "spatial_info": "Switzerland",
374
  "spatial_info": "Switzerland",
            
344
  "state": "active",
375
  "state": "active",
            
345
  "subtitle": "",
376
  "subtitle": "",
            
346
  "tags": [
377
  "tags": [
            
347
    {
378
    {
            
348
      "display_name": "GEN3SIS",
379
      "display_name": "GEN3SIS",
            
349
      "id": "7fd8733b-4feb-438b-a363-65cb5ce4b52a",
380
      "id": "7fd8733b-4feb-438b-a363-65cb5ce4b52a",
            
350
      "name": "GEN3SIS",
381
      "name": "GEN3SIS",
            
351
      "state": "active",
382
      "state": "active",
            
352
      "vocabulary_id": null
383
      "vocabulary_id": null
            
353
    },
384
    },
            
354
    {
385
    {
            
355
      "display_name": "MECHANISTIC MODELING",
386
      "display_name": "MECHANISTIC MODELING",
            
356
      "id": "64a80515-5864-4aee-9311-9fa9b13b8b5c",
387
      "id": "64a80515-5864-4aee-9311-9fa9b13b8b5c",
            
357
      "name": "MECHANISTIC MODELING",
388
      "name": "MECHANISTIC MODELING",
            
358
      "state": "active",
389
      "state": "active",
            
359
      "vocabulary_id": null
390
      "vocabulary_id": null
            
360
    },
391
    },
            
361
    {
392
    {
            
362
      "display_name": "PALEOCLIMATE",
393
      "display_name": "PALEOCLIMATE",
            
363
      "id": "5b2c5931-065b-49a9-89a4-b082eaf78e0e",
394
      "id": "5b2c5931-065b-49a9-89a4-b082eaf78e0e",
            
364
      "name": "PALEOCLIMATE",
395
      "name": "PALEOCLIMATE",
            
365
      "state": "active",
396
      "state": "active",
            
366
      "vocabulary_id": null
397
      "vocabulary_id": null
            
367
    },
398
    },
            
368
    {
399
    {
            
369
      "display_name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
400
      "display_name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
            
370
      "id": "c1a2995c-32b5-4bb6-9de7-e1f29e697791",
401
      "id": "c1a2995c-32b5-4bb6-9de7-e1f29e697791",
            
371
      "name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
402
      "name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
            
372
      "state": "active",
403
      "state": "active",
            
373
      "vocabulary_id": null
404
      "vocabulary_id": null
            
374
    },
405
    },
            
375
    {
406
    {
            
376
      "display_name": "PLATE TECTONICS",
407
      "display_name": "PLATE TECTONICS",
            
377
      "id": "747956ea-3953-4a5e-b63e-0eb7620dea9e",
408
      "id": "747956ea-3953-4a5e-b63e-0eb7620dea9e",
            
378
      "name": "PLATE TECTONICS",
409
      "name": "PLATE TECTONICS",
            
379
      "state": "active",
410
      "state": "active",
            
380
      "vocabulary_id": null
411
      "vocabulary_id": null
            
381
    }
412
    }
            
382
  ],
413
  ],
            
383
  "title": "Data from: Earth history events shaped the evolution of 
414
  "title": "Data from: Earth history events shaped the evolution of 
            
384
uneven biodiversity across tropical moist forests",
415
uneven biodiversity across tropical moist forests",
            
385
  "type": "dataset",
416
  "type": "dataset",
            
386
  "url": null,
417
  "url": null,
            
387
  "version": "1.0"
418
  "version": "1.0"
            
388
}
419
}