Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "[{\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
2
  "author": "[{\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
            
3
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
3
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
            
4
\"affiliation_02\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", 
4
\"affiliation_02\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", 
            
5
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"curation\", 
5
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"curation\", 
            
6
\"software\", \"publication\"], \"email\": \"oskar@hagen.bio\", 
6
\"software\", \"publication\"], \"email\": \"oskar@hagen.bio\", 
            
7
\"given_name\": \"Oskar\", \"identifier\": \"0000-0002-7931-6571\", 
7
\"given_name\": \"Oskar\", \"identifier\": \"0000-0002-7931-6571\", 
            
8
\"name\": \"Hagen\"}, {\"affiliation\": \"Swiss Federal Research 
8
\"name\": \"Hagen\"}, {\"affiliation\": \"Swiss Federal Research 
            
9
Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", \"affiliation_02\": 
9
Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", \"affiliation_02\": 
            
10
\"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
10
\"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
            
11
[\"collection\", \"validation\", \"curation\", \"software\", 
11
[\"collection\", \"validation\", \"curation\", \"software\", 
            
12
\"publication\"], \"email\": \"alexander.skeels@usys.ethz.ch\", 
12
\"publication\"], \"email\": \"alexander.skeels@usys.ethz.ch\", 
            
13
\"given_name\": \"Alexander\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
13
\"given_name\": \"Alexander\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
            
14
\"Skeels\"}, {\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
14
\"Skeels\"}, {\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
            
15
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
15
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
            
16
\"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
16
\"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
            
17
[\"collection\", \"publication\"], \"email\": 
17
[\"collection\", \"publication\"], \"email\": 
            
18
\"renske.onstein@idiv.de\", \"given_name\": \"Renske\", 
18
\"renske.onstein@idiv.de\", \"given_name\": \"Renske\", 
            
19
\"identifier\": \"0000-0002-2295-3510\", \"name\": \"Onstein\"}, 
19
\"identifier\": \"0000-0002-2295-3510\", \"name\": \"Onstein\"}, 
            
20
{\"affiliation\": \"Department of Ecology and Evolutionary Biology, 
20
{\"affiliation\": \"Department of Ecology and Evolutionary Biology, 
            
21
Yale University\", \"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", 
21
Yale University\", \"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", 
            
22
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"publication\"], 
22
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"publication\"], 
            
23
\"email\": \"walter.jetz@yale.edu\", \"given_name\": \"Walter\", 
23
\"email\": \"walter.jetz@yale.edu\", \"given_name\": \"Walter\", 
            
24
\"identifier\": \"0000-0002-1971-7277\", \"name\": \"Jetz\"}, 
24
\"identifier\": \"0000-0002-1971-7277\", \"name\": \"Jetz\"}, 
            
25
{\"affiliation\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_02\": \"Swiss Federal 
25
{\"affiliation\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_02\": \"Swiss Federal 
            
26
Research Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", 
26
Research Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", 
            
27
\"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
27
\"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
            
28
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\", 
28
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\", 
            
29
\"supervision\"], \"email\": \"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", 
29
\"supervision\"], \"email\": \"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", 
            
30
\"given_name\": \"Loic\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
30
\"given_name\": \"Loic\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
            
31
\"Pellissier\"}]",
31
\"Pellissier\"}]",
            
32
  "author_email": null,
32
  "author_email": null,
            
33
  "creator_user_id": "93fd6aa4-4bae-4c26-9561-c54eb9142d42",
33
  "creator_user_id": "93fd6aa4-4bae-4c26-9561-c54eb9142d42",
            
34
  "date": "[{\"date\": \"2020-04-15\", \"date_type\": \"collected\", 
34
  "date": "[{\"date\": \"2020-04-15\", \"date_type\": \"collected\", 
            
35
\"end_date\": \"2021-09-15\"}]",
35
\"end_date\": \"2021-09-15\"}]",
            
36
  "doi": "",
36
  "doi": "",
            
37
  "funding": "[{\"grant_number\": \"310030-188550\", \"institution\": 
37
  "funding": "[{\"grant_number\": \"310030-188550\", \"institution\": 
            
38
\"Schweizerischer Nationalfonds zur F\u00f6rderung der 
38
\"Schweizerischer Nationalfonds zur F\u00f6rderung der 
            
39
Wissenschaftlichen Forschung\", \"institution_url\": \"\"}]",
39
Wissenschaftlichen Forschung\", \"institution_url\": \"\"}]",
            
40
  "groups": [],
40
  "groups": [],
            
41
  "id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
41
  "id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
42
  "isopen": false,
42
  "isopen": false,
            
43
  "language": "en",
43
  "language": "en",
            
44
  "license_id": "wsl-data",
44
  "license_id": "wsl-data",
            
45
  "license_title": "WSL Data Policy",
45
  "license_title": "WSL Data Policy",
            
46
  "license_url": 
46
  "license_url": 
            
47
ps://www.wsl.ch/en/about-wsl/programmes-and-initiatives/envidat.html",
47
ps://www.wsl.ch/en/about-wsl/programmes-and-initiatives/envidat.html",
            
48
  "maintainer": "{\"affiliation\": \"WSL / ETH\", \"email\": 
48
  "maintainer": "{\"affiliation\": \"WSL / ETH\", \"email\": 
            
49
\"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", \"given_name\": \"Loic\", 
49
\"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", \"given_name\": \"Loic\", 
            
50
\"identifier\": \"\", \"name\": \"Pellissier\"}",
50
\"identifier\": \"\", \"name\": \"Pellissier\"}",
            
51
  "maintainer_email": null,
51
  "maintainer_email": null,
            
52
  "metadata_created": "2021-09-15T11:44:16.660831",
52
  "metadata_created": "2021-09-15T11:44:16.660831",
            
n
53
  "metadata_modified": "2021-09-15T12:00:17.420190",
n
53
  "metadata_modified": "2021-09-15T12:01:41.702552",
            
54
  "name": "data-from-hagen_skeels_etal_2021_pnas",
54
  "name": "data-from-hagen_skeels_etal_2021_pnas",
            
55
  "notes": "Datasets and R scripts 
55
  "notes": "Datasets and R scripts 
            
56
\r\n\r\n~~~~~Datasets\r\n\r\nDataset_S1.csv includes species diversity 
56
\r\n\r\n~~~~~Datasets\r\n\r\nDataset_S1.csv includes species diversity 
            
57
counts for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the 
57
counts for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the 
            
58
Neotropics (NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
58
Neotropics (NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
            
59
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
59
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
            
60
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
60
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
            
61
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
61
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
            
62
diversity disparity (PDD_clade). \r\n\r\nDataset_S2.csv: environmental 
62
diversity disparity (PDD_clade). \r\n\r\nDataset_S2.csv: environmental 
            
63
and species richness data. Longitude (x), latitude (y), potential 
63
and species richness data. Longitude (x), latitude (y), potential 
            
64
evapotranspiration (PET), mean annual temperature (MAT), mean annual 
64
evapotranspiration (PET), mean annual temperature (MAT), mean annual 
            
65
precipitation), amphibian, bird, mammal, and reptile species richness, 
65
precipitation), amphibian, bird, mammal, and reptile species richness, 
            
66
PC1 and PC2 of environmental PCA and the region. Environmental data 
66
PC1 and PC2 of environmental PCA and the region. Environmental data 
            
67
(from CHELSA and ENVIREM) and species richness summarised from 
67
(from CHELSA and ENVIREM) and species richness summarised from 
            
68
published data (vertLife, MOL, IUCN, GARD).\r\n\r\nDataset_S3.csv: - 
68
published data (vertLife, MOL, IUCN, GARD).\r\n\r\nDataset_S3.csv: - 
            
69
Paleoenvironmental reconstructions (details in the associated SI 
69
Paleoenvironmental reconstructions (details in the associated SI 
            
70
appendix) including latitude (y), longitude (x), and temperature data 
70
appendix) including latitude (y), longitude (x), and temperature data 
            
71
across 200 myrs at 170 kyr intervals.\r\n\r\nDataset_S4.csv: 
71
across 200 myrs at 170 kyr intervals.\r\n\r\nDataset_S4.csv: 
            
72
simulation model parameters and diversity summary statistics. 
72
simulation model parameters and diversity summary statistics. 
            
73
Including rate of temperature niche evolution (Tev), temperature niche 
73
Including rate of temperature niche evolution (Tev), temperature niche 
            
74
width (TW), divergence threshold (S), Dispersal probability 
74
width (TW), divergence threshold (S), Dispersal probability 
            
75
distribution shape (WeibullShape) and information on number of extinct 
75
distribution shape (WeibullShape) and information on number of extinct 
            
76
species, number of extant species, total species, Spearman correlation 
76
species, number of extant species, total species, Spearman correlation 
            
77
coefficient between absolute latitude and species richness 
77
coefficient between absolute latitude and species richness 
            
78
(latitude_richness_cor), and diversity in the Neotropics, Indomalaya, 
78
(latitude_richness_cor), and diversity in the Neotropics, Indomalaya, 
            
79
Afrotropics. Also, whether the simulation generated pantropical 
79
Afrotropics. Also, whether the simulation generated pantropical 
            
80
distribution of species (pantropicality_index), or the pantropical 
80
distribution of species (pantropicality_index), or the pantropical 
            
81
diversity disparity (PDD_index). Finally what time step the simulation 
81
diversity disparity (PDD_index). Finally what time step the simulation 
            
82
exited at (0 for complete simulations).\r\n\r\nDataset_S5.csv: Net 
82
exited at (0 for complete simulations).\r\n\r\nDataset_S5.csv: Net 
            
83
relatedness index (NRI) in three tropical moist forest regions and 
83
relatedness index (NRI) in three tropical moist forest regions and 
            
84
associated p-values for pantropically distributed 
84
associated p-values for pantropically distributed 
            
85
taxa.\r\n\r\n~~~~~Scripts\r\n\r\nGen3sis_config_creator.R and 
85
taxa.\r\n\r\n~~~~~Scripts\r\n\r\nGen3sis_config_creator.R and 
            
86
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
86
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
            
87
run the simulation experiment.\r\n\r\nGLS.R R script to replicate the 
87
run the simulation experiment.\r\n\r\nGLS.R R script to replicate the 
            
88
linear modelling analyses.\r\n\r\n",
88
linear modelling analyses.\r\n\r\n",
            
89
  "num_resources": 5,
89
  "num_resources": 5,
            
90
  "num_tags": 5,
90
  "num_tags": 5,
            
91
  "organization": {
91
  "organization": {
            
92
    "approval_status": "approved",
92
    "approval_status": "approved",
            
93
    "created": "2018-12-01T11:42:44.590217",
93
    "created": "2018-12-01T11:42:44.590217",
            
94
    "description": "Our laboratory aims at understanding and 
94
    "description": "Our laboratory aims at understanding and 
            
95
forecasting the response of biodiversity to landscape changes. We 
95
forecasting the response of biodiversity to landscape changes. We 
            
96
investigate the historical responses of species to past changes such 
96
investigate the historical responses of species to past changes such 
            
97
as plate tectonics or the glaciations of the Quaternary and 
97
as plate tectonics or the glaciations of the Quaternary and 
            
98
contemporary responses to ongoing global changes. We develop spatial 
98
contemporary responses to ongoing global changes. We develop spatial 
            
99
mechanistic models of biodiversity that account for processes such as 
99
mechanistic models of biodiversity that account for processes such as 
            
100
dispersal and biotic interactions.",
100
dispersal and biotic interactions.",
            
101
    "id": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
101
    "id": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
            
102
    "image_url": 
102
    "image_url": 
            
103
ww.ites.ethz.ch/_jcr_content/orgLogo.imageformat.logo.1518520524.jpg",
103
ww.ites.ethz.ch/_jcr_content/orgLogo.imageformat.logo.1518520524.jpg",
            
104
    "is_organization": true,
104
    "is_organization": true,
            
105
    "name": "landscape-ecology",
105
    "name": "landscape-ecology",
            
106
    "state": "active",
106
    "state": "active",
            
107
    "title": "Landscape Ecology",
107
    "title": "Landscape Ecology",
            
108
    "type": "organization"
108
    "type": "organization"
            
109
  },
109
  },
            
110
  "owner_org": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
110
  "owner_org": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
            
111
  "private": false,
111
  "private": false,
            
112
  "publication": "{\"publication_year\": \"2021\", \"publisher\": 
112
  "publication": "{\"publication_year\": \"2021\", \"publisher\": 
            
113
\"EnviDat\"}",
113
\"EnviDat\"}",
            
114
  "publication_state": "",
114
  "publication_state": "",
            
115
  "related_datasets": "",
115
  "related_datasets": "",
            
116
  "related_publications": "",
116
  "related_publications": "",
            
117
  "relationships_as_object": [],
117
  "relationships_as_object": [],
            
118
  "relationships_as_subject": [],
118
  "relationships_as_subject": [],
            
119
  "resource_type": "dataset",
119
  "resource_type": "dataset",
            
120
  "resource_type_general": "dataset",
120
  "resource_type_general": "dataset",
            
121
  "resources": [
121
  "resources": [
            
122
    {
122
    {
            
123
      "cache_last_updated": null,
123
      "cache_last_updated": null,
            
124
      "cache_url": null,
124
      "cache_url": null,
            
125
      "created": "2021-09-15T11:45:27.749059",
125
      "created": "2021-09-15T11:45:27.749059",
            
126
      "description": "Gen3sis_config_creator.R and 
126
      "description": "Gen3sis_config_creator.R and 
            
127
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
127
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
            
128
run the simulation experiment.",
128
run the simulation experiment.",
            
129
      "doi": "",
129
      "doi": "",
            
130
      "format": "R",
130
      "format": "R",
            
131
      "hash": "",
131
      "hash": "",
            
132
      "id": "a571cd80-2302-4fd8-aa60-2c3176654bb5",
132
      "id": "a571cd80-2302-4fd8-aa60-2c3176654bb5",
            
133
      "last_modified": null,
133
      "last_modified": null,
            
134
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:45:27.723569",
134
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:45:27.723569",
            
135
      "mimetype": null,
135
      "mimetype": null,
            
136
      "mimetype_inner": null,
136
      "mimetype_inner": null,
            
137
      "name": "Gen3sis config creator",
137
      "name": "Gen3sis config creator",
            
138
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
138
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
139
      "position": 0,
139
      "position": 0,
            
140
      "publication_state": "",
140
      "publication_state": "",
            
141
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
141
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
142
\"kb\"}",
142
\"kb\"}",
            
143
      "resource_type": null,
143
      "resource_type": null,
            
144
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
144
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
145
\"shared_secret\": \"\"}",
145
\"shared_secret\": \"\"}",
            
146
      "size": 3070,
146
      "size": 3070,
            
147
      "state": "active",
147
      "state": "active",
            
148
      "url": 
148
      "url": 
            
149
71cd80-2302-4fd8-aa60-2c3176654bb5/download/gen3sis_config_creator.r",
149
71cd80-2302-4fd8-aa60-2c3176654bb5/download/gen3sis_config_creator.r",
            
150
      "url_type": "upload"
150
      "url_type": "upload"
            
151
    },
151
    },
            
152
    {
152
    {
            
153
      "cache_last_updated": null,
153
      "cache_last_updated": null,
            
154
      "cache_url": null,
154
      "cache_url": null,
            
155
      "created": "2021-09-15T11:48:21.670609",
155
      "created": "2021-09-15T11:48:21.670609",
            
156
      "description": "Zip folder containing:\r\n\r\nDataset_S1.csv: 
156
      "description": "Zip folder containing:\r\n\r\nDataset_S1.csv: 
            
157
includes species diversity counts for 237 clades in tropical moist 
157
includes species diversity counts for 237 clades in tropical moist 
            
158
forests (TMF) in the Neotropics (NeotropicalTMF), Indomalaya 
158
forests (TMF) in the Neotropics (NeotropicalTMF), Indomalaya 
            
159
(IndomalayanTMF), Afrotropics (AfrotropicalTMF), All three TMF regions 
159
(IndomalayanTMF), Afrotropics (AfrotropicalTMF), All three TMF regions 
            
160
together (AllTMF), all non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). 
160
together (AllTMF), all non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). 
            
161
As well as whether the clade is pantropical  (Pantropical_clade) and 
161
As well as whether the clade is pantropical  (Pantropical_clade) and 
            
162
shows the pantropical diversity disparity (PDD_clade). 
162
shows the pantropical diversity disparity (PDD_clade). 
            
163
\r\nDataset_S2.csv: environmental and species richness data. Longitude 
163
\r\nDataset_S2.csv: environmental and species richness data. Longitude 
            
164
(x), latitude (y), potential evapotranspiration (PET), mean annual 
164
(x), latitude (y), potential evapotranspiration (PET), mean annual 
            
165
temperature (MAT), mean annual precipitation), amphibian, bird, 
165
temperature (MAT), mean annual precipitation), amphibian, bird, 
            
166
mammal, and reptile species richness, PC1 and PC2 of environmental PCA 
166
mammal, and reptile species richness, PC1 and PC2 of environmental PCA 
            
167
and the region. Environmental data (from CHELSA and ENVIREM) and 
167
and the region. Environmental data (from CHELSA and ENVIREM) and 
            
168
species richness summarised from published data (vertLife, MOL, IUCN, 
168
species richness summarised from published data (vertLife, MOL, IUCN, 
            
169
GARD).\r\nDataset_S3.csv: - Paleoenvironmental reconstructions 
169
GARD).\r\nDataset_S3.csv: - Paleoenvironmental reconstructions 
            
170
(details in the associated SI appendix) including latitude (y), 
170
(details in the associated SI appendix) including latitude (y), 
            
171
longitude (x), and temperature data across 200 myrs at 170 kyr 
171
longitude (x), and temperature data across 200 myrs at 170 kyr 
            
172
intervals.\r\nDataset_S4.csv: simulation model parameters and 
172
intervals.\r\nDataset_S4.csv: simulation model parameters and 
            
173
diversity summary statistics. Including rate of temperature niche 
173
diversity summary statistics. Including rate of temperature niche 
            
174
evolution (Tev), temperature niche width (TW), divergence threshold 
174
evolution (Tev), temperature niche width (TW), divergence threshold 
            
175
(S), Dispersal probability distribution shape (WeibullShape) and 
175
(S), Dispersal probability distribution shape (WeibullShape) and 
            
176
information on number of extinct species, number of extant species, 
176
information on number of extinct species, number of extant species, 
            
177
total species, Spearman correlation coefficient between absolute 
177
total species, Spearman correlation coefficient between absolute 
            
178
latitude and species richness (latitude_richness_cor), and diversity 
178
latitude and species richness (latitude_richness_cor), and diversity 
            
179
in the Neotropics, Indomalaya, Afrotropics. Also, whether the 
179
in the Neotropics, Indomalaya, Afrotropics. Also, whether the 
            
180
simulation generated pantropical distribution of species 
180
simulation generated pantropical distribution of species 
            
181
(pantropicality_index), or the pantropical diversity disparity 
181
(pantropicality_index), or the pantropical diversity disparity 
            
182
(PDD_index). Finally what time step the simulation exited at (0 for 
182
(PDD_index). Finally what time step the simulation exited at (0 for 
            
183
complete simulations).\r\nDataset_S5.csv: Net relatedness index (NRI) 
183
complete simulations).\r\nDataset_S5.csv: Net relatedness index (NRI) 
            
184
in three tropical moist forest regions and associated p-values for 
184
in three tropical moist forest regions and associated p-values for 
            
185
pantropically distributed taxa.\r\nGen3sis_config_creator.R and 
185
pantropically distributed taxa.\r\nGen3sis_config_creator.R and 
            
186
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
186
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
            
187
run the simulation experiment.\r\nGLS.R R script to replicate the 
187
run the simulation experiment.\r\nGLS.R R script to replicate the 
            
188
linear modelling analyses.\r\n",
188
linear modelling analyses.\r\n",
            
189
      "doi": "",
189
      "doi": "",
            
190
      "format": ".zip",
190
      "format": ".zip",
            
191
      "hash": "",
191
      "hash": "",
            
192
      "id": "1f9cddb0-7035-4c47-84c7-e2846759f342",
192
      "id": "1f9cddb0-7035-4c47-84c7-e2846759f342",
            
193
      "last_modified": null,
193
      "last_modified": null,
            
194
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:48:21.652594",
194
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:48:21.652594",
            
195
      "mimetype": null,
195
      "mimetype": null,
            
196
      "mimetype_inner": null,
196
      "mimetype_inner": null,
            
197
      "name": "",
197
      "name": "",
            
198
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
198
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
199
      "position": 1,
199
      "position": 1,
            
200
      "publication_state": "",
200
      "publication_state": "",
            
201
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
201
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
202
\"kb\"}",
202
\"kb\"}",
            
203
      "resource_type": null,
203
      "resource_type": null,
            
204
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
204
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
205
\"shared_secret\": \"\"}",
205
\"shared_secret\": \"\"}",
            
206
      "size": 47630797,
206
      "size": 47630797,
            
207
      "state": "active",
207
      "state": "active",
            
208
      "url": 
208
      "url": 
            
209
esource/1f9cddb0-7035-4c47-84c7-e2846759f342/download/envidat_si.zip",
209
esource/1f9cddb0-7035-4c47-84c7-e2846759f342/download/envidat_si.zip",
            
210
      "url_type": "upload"
210
      "url_type": "upload"
            
211
    },
211
    },
            
212
    {
212
    {
            
213
      "cache_last_updated": null,
213
      "cache_last_updated": null,
            
214
      "cache_url": null,
214
      "cache_url": null,
            
215
      "created": "2021-09-15T11:51:54.396594",
215
      "created": "2021-09-15T11:51:54.396594",
            
n
216
      "description": "",
n
216
      "description": "Dataset_S1.csv includes species diversity counts 
            
217
for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the Neotropics 
            
218
(NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
            
219
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
            
220
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
            
221
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
            
222
diversity disparity (PDD_clade). ",
            
217
      "doi": "",
223
      "doi": "",
            
218
      "format": "",
224
      "format": "",
            
219
      "hash": "",
225
      "hash": "",
            
220
      "id": "5e558880-f6fd-4ec6-ab35-e7d07180d690",
226
      "id": "5e558880-f6fd-4ec6-ab35-e7d07180d690",
            
221
      "last_modified": null,
227
      "last_modified": null,
            
n
222
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:51:54.373347",
n
228
      "metadata_modified": "2021-09-15T12:01:41.711067",
            
223
      "mimetype": null,

            
224
      "mimetype_inner": null,
229
      "mimetype": null,
            
230
      "mimetype_inner": null,
            
225
      "name": "",
231
      "name": "Dataset S1",
            
226
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
232
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
227
      "position": 2,
233
      "position": 2,
            
228
      "publication_state": "",
234
      "publication_state": "",
            
n
229
      "resource_size": "{\"size_units\": \"kb\", \"size_value\": 
n
235
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
230
\"\"}",
236
\"kb\"}",
            
231
      "resource_type": null,
237
      "resource_type": null,
            
n
232
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
n
238
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
233
\"shared_secret\": \"\"}",
239
\"shared_secret\": \"\"}",
            
n
234
      "size": null,
n
240
      "size": 8409,
            
235
      "state": "active",
241
      "state": "active",
            
t
236
      "url": "",
t
242
      "url": 
            
243
esource/5e558880-f6fd-4ec6-ab35-e7d07180d690/download/dataset_s1.csv",
            
237
      "url_type": null
244
      "url_type": "upload"
            
238
    },
245
    },
            
239
    {
246
    {
            
240
      "cache_last_updated": null,
247
      "cache_last_updated": null,
            
241
      "cache_url": null,
248
      "cache_url": null,
            
242
      "created": "2021-09-15T11:53:08.187875",
249
      "created": "2021-09-15T11:53:08.187875",
            
243
      "description": "Gen3sis_config_creator.R and 
250
      "description": "Gen3sis_config_creator.R and 
            
244
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
251
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
            
245
run the simulation experiment.",
252
run the simulation experiment.",
            
246
      "doi": "",
253
      "doi": "",
            
247
      "format": "",
254
      "format": "",
            
248
      "hash": "",
255
      "hash": "",
            
249
      "id": "60c365f0-90a2-4001-9e46-24071dd08382",
256
      "id": "60c365f0-90a2-4001-9e46-24071dd08382",
            
250
      "last_modified": null,
257
      "last_modified": null,
            
251
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:53:08.168593",
258
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:53:08.168593",
            
252
      "mimetype": null,
259
      "mimetype": null,
            
253
      "mimetype_inner": null,
260
      "mimetype_inner": null,
            
254
      "name": "Gen3sis config template",
261
      "name": "Gen3sis config template",
            
255
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
262
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
256
      "position": 3,
263
      "position": 3,
            
257
      "publication_state": "",
264
      "publication_state": "",
            
258
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
265
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
259
\"kb\"}",
266
\"kb\"}",
            
260
      "resource_type": null,
267
      "resource_type": null,
            
261
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
268
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
262
\"shared_secret\": \"\"}",
269
\"shared_secret\": \"\"}",
            
263
      "size": 6345,
270
      "size": 6345,
            
264
      "state": "active",
271
      "state": "active",
            
265
      "url": 
272
      "url": 
            
266
365f0-90a2-4001-9e46-24071dd08382/download/gen3sis_config_template.r",
273
365f0-90a2-4001-9e46-24071dd08382/download/gen3sis_config_template.r",
            
267
      "url_type": "upload"
274
      "url_type": "upload"
            
268
    },
275
    },
            
269
    {
276
    {
            
270
      "cache_last_updated": null,
277
      "cache_last_updated": null,
            
271
      "cache_url": null,
278
      "cache_url": null,
            
272
      "created": "2021-09-15T11:53:49.193691",
279
      "created": "2021-09-15T11:53:49.193691",
            
273
      "description": "GLS.R R script to replicate the linear modeling 
280
      "description": "GLS.R R script to replicate the linear modeling 
            
274
analyses.",
281
analyses.",
            
275
      "doi": "",
282
      "doi": "",
            
276
      "format": "",
283
      "format": "",
            
277
      "hash": "",
284
      "hash": "",
            
278
      "id": "94e4eef9-a818-4893-a71a-eacf5b4ba867",
285
      "id": "94e4eef9-a818-4893-a71a-eacf5b4ba867",
            
279
      "last_modified": null,
286
      "last_modified": null,
            
280
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:53:49.167409",
287
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:53:49.167409",
            
281
      "mimetype": null,
288
      "mimetype": null,
            
282
      "mimetype_inner": null,
289
      "mimetype_inner": null,
            
283
      "name": "GLS script",
290
      "name": "GLS script",
            
284
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
291
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
285
      "position": 4,
292
      "position": 4,
            
286
      "publication_state": "",
293
      "publication_state": "",
            
287
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
294
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
288
\"kb\"}",
295
\"kb\"}",
            
289
      "resource_type": null,
296
      "resource_type": null,
            
290
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
297
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
291
\"shared_secret\": \"\"}",
298
\"shared_secret\": \"\"}",
            
292
      "size": 8705,
299
      "size": 8705,
            
293
      "state": "active",
300
      "state": "active",
            
294
      "url": 
301
      "url": 
            
295
fc875b9/resource/94e4eef9-a818-4893-a71a-eacf5b4ba867/download/gls.r",
302
fc875b9/resource/94e4eef9-a818-4893-a71a-eacf5b4ba867/download/gls.r",
            
296
      "url_type": "upload"
303
      "url_type": "upload"
            
297
    }
304
    }
            
298
  ],
305
  ],
            
299
  "spatial": "{\"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [[[5.95587, 
306
  "spatial": "{\"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [[[5.95587, 
            
300
45.81802],[5.95587, 47.80838],[10.49203, 47.80838],[10.49203, 
307
45.81802],[5.95587, 47.80838],[10.49203, 47.80838],[10.49203, 
            
301
45.81802],[5.95587, 45.81802]]]}",
308
45.81802],[5.95587, 45.81802]]]}",
            
302
  "spatial_info": "Switzerland",
309
  "spatial_info": "Switzerland",
            
303
  "state": "active",
310
  "state": "active",
            
304
  "subtitle": "",
311
  "subtitle": "",
            
305
  "tags": [
312
  "tags": [
            
306
    {
313
    {
            
307
      "display_name": "GEN3SIS",
314
      "display_name": "GEN3SIS",
            
308
      "id": "7fd8733b-4feb-438b-a363-65cb5ce4b52a",
315
      "id": "7fd8733b-4feb-438b-a363-65cb5ce4b52a",
            
309
      "name": "GEN3SIS",
316
      "name": "GEN3SIS",
            
310
      "state": "active",
317
      "state": "active",
            
311
      "vocabulary_id": null
318
      "vocabulary_id": null
            
312
    },
319
    },
            
313
    {
320
    {
            
314
      "display_name": "MECHANISTIC MODELING",
321
      "display_name": "MECHANISTIC MODELING",
            
315
      "id": "64a80515-5864-4aee-9311-9fa9b13b8b5c",
322
      "id": "64a80515-5864-4aee-9311-9fa9b13b8b5c",
            
316
      "name": "MECHANISTIC MODELING",
323
      "name": "MECHANISTIC MODELING",
            
317
      "state": "active",
324
      "state": "active",
            
318
      "vocabulary_id": null
325
      "vocabulary_id": null
            
319
    },
326
    },
            
320
    {
327
    {
            
321
      "display_name": "PALEOCLIMATE",
328
      "display_name": "PALEOCLIMATE",
            
322
      "id": "5b2c5931-065b-49a9-89a4-b082eaf78e0e",
329
      "id": "5b2c5931-065b-49a9-89a4-b082eaf78e0e",
            
323
      "name": "PALEOCLIMATE",
330
      "name": "PALEOCLIMATE",
            
324
      "state": "active",
331
      "state": "active",
            
325
      "vocabulary_id": null
332
      "vocabulary_id": null
            
326
    },
333
    },
            
327
    {
334
    {
            
328
      "display_name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
335
      "display_name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
            
329
      "id": "c1a2995c-32b5-4bb6-9de7-e1f29e697791",
336
      "id": "c1a2995c-32b5-4bb6-9de7-e1f29e697791",
            
330
      "name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
337
      "name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
            
331
      "state": "active",
338
      "state": "active",
            
332
      "vocabulary_id": null
339
      "vocabulary_id": null
            
333
    },
340
    },
            
334
    {
341
    {
            
335
      "display_name": "PLATE TECTONICS",
342
      "display_name": "PLATE TECTONICS",
            
336
      "id": "747956ea-3953-4a5e-b63e-0eb7620dea9e",
343
      "id": "747956ea-3953-4a5e-b63e-0eb7620dea9e",
            
337
      "name": "PLATE TECTONICS",
344
      "name": "PLATE TECTONICS",
            
338
      "state": "active",
345
      "state": "active",
            
339
      "vocabulary_id": null
346
      "vocabulary_id": null
            
340
    }
347
    }
            
341
  ],
348
  ],
            
342
  "title": "Data from: Earth history events shaped the evolution of 
349
  "title": "Data from: Earth history events shaped the evolution of 
            
343
uneven biodiversity across tropical moist forests",
350
uneven biodiversity across tropical moist forests",
            
344
  "type": "dataset",
351
  "type": "dataset",
            
345
  "url": null,
352
  "url": null,
            
346
  "version": "1.0"
353
  "version": "1.0"
            
347
}
354
}