Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "[{\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
2
  "author": "[{\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
            
3
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
3
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
            
4
\"affiliation_02\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", 
4
\"affiliation_02\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", 
            
5
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"curation\", 
5
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"curation\", 
            
6
\"software\", \"publication\"], \"email\": \"oskar@hagen.bio\", 
6
\"software\", \"publication\"], \"email\": \"oskar@hagen.bio\", 
            
7
\"given_name\": \"Oskar\", \"identifier\": \"0000-0002-7931-6571\", 
7
\"given_name\": \"Oskar\", \"identifier\": \"0000-0002-7931-6571\", 
            
8
\"name\": \"Hagen\"}, {\"affiliation\": \"Swiss Federal Research 
8
\"name\": \"Hagen\"}, {\"affiliation\": \"Swiss Federal Research 
            
9
Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", \"affiliation_02\": 
9
Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", \"affiliation_02\": 
            
10
\"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
10
\"ETH Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
            
11
[\"collection\", \"validation\", \"curation\", \"software\", 
11
[\"collection\", \"validation\", \"curation\", \"software\", 
            
12
\"publication\"], \"email\": \"alexander.skeels@usys.ethz.ch\", 
12
\"publication\"], \"email\": \"alexander.skeels@usys.ethz.ch\", 
            
13
\"given_name\": \"Alexander\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
13
\"given_name\": \"Alexander\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
            
14
\"Skeels\"}, {\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
14
\"Skeels\"}, {\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
            
15
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
15
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
            
16
\"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
16
\"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
            
17
[\"collection\", \"publication\"], \"email\": 
17
[\"collection\", \"publication\"], \"email\": 
            
18
\"renske.onstein@idiv.de\", \"given_name\": \"Renske\", 
18
\"renske.onstein@idiv.de\", \"given_name\": \"Renske\", 
            
19
\"identifier\": \"0000-0002-2295-3510\", \"name\": \"Onstein\"}, 
19
\"identifier\": \"0000-0002-2295-3510\", \"name\": \"Onstein\"}, 
            
20
{\"affiliation\": \"Department of Ecology and Evolutionary Biology, 
20
{\"affiliation\": \"Department of Ecology and Evolutionary Biology, 
            
21
Yale University\", \"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", 
21
Yale University\", \"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", 
            
22
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"publication\"], 
22
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"publication\"], 
            
23
\"email\": \"walter.jetz@yale.edu\", \"given_name\": \"Walter\", 
23
\"email\": \"walter.jetz@yale.edu\", \"given_name\": \"Walter\", 
            
24
\"identifier\": \"0000-0002-1971-7277\", \"name\": \"Jetz\"}, 
24
\"identifier\": \"0000-0002-1971-7277\", \"name\": \"Jetz\"}, 
            
25
{\"affiliation\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_02\": \"Swiss Federal 
25
{\"affiliation\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_02\": \"Swiss Federal 
            
26
Research Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", 
26
Research Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", 
            
27
\"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
27
\"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
            
28
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\", 
28
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\", 
            
29
\"supervision\"], \"email\": \"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", 
29
\"supervision\"], \"email\": \"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", 
            
30
\"given_name\": \"Loic\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
30
\"given_name\": \"Loic\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
            
31
\"Pellissier\"}]",
31
\"Pellissier\"}]",
            
32
  "author_email": null,
32
  "author_email": null,
            
33
  "creator_user_id": "93fd6aa4-4bae-4c26-9561-c54eb9142d42",
33
  "creator_user_id": "93fd6aa4-4bae-4c26-9561-c54eb9142d42",
            
34
  "date": "[{\"date\": \"2020-04-15\", \"date_type\": \"collected\", 
34
  "date": "[{\"date\": \"2020-04-15\", \"date_type\": \"collected\", 
            
35
\"end_date\": \"2021-09-15\"}]",
35
\"end_date\": \"2021-09-15\"}]",
            
36
  "doi": "10.16904/envidat.246",
36
  "doi": "10.16904/envidat.246",
            
37
  "funding": "[{\"grant_number\": \"310030-188550\", \"institution\": 
37
  "funding": "[{\"grant_number\": \"310030-188550\", \"institution\": 
            
38
\"Schweizerischer Nationalfonds zur F\u00f6rderung der 
38
\"Schweizerischer Nationalfonds zur F\u00f6rderung der 
            
39
Wissenschaftlichen Forschung\", \"institution_url\": \"\"}]",
39
Wissenschaftlichen Forschung\", \"institution_url\": \"\"}]",
            
40
  "groups": [],
40
  "groups": [],
            
41
  "id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
41
  "id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
42
  "isopen": false,
42
  "isopen": false,
            
43
  "language": "en",
43
  "language": "en",
            
44
  "license_id": "wsl-data",
44
  "license_id": "wsl-data",
            
45
  "license_title": "WSL Data Policy",
45
  "license_title": "WSL Data Policy",
            
46
  "license_url": 
46
  "license_url": 
            
47
ps://www.wsl.ch/en/about-wsl/programmes-and-initiatives/envidat.html",
47
ps://www.wsl.ch/en/about-wsl/programmes-and-initiatives/envidat.html",
            
48
  "maintainer": "{\"affiliation\": \"WSL / ETH\", \"email\": 
48
  "maintainer": "{\"affiliation\": \"WSL / ETH\", \"email\": 
            
49
\"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", \"given_name\": \"Loic\", 
49
\"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", \"given_name\": \"Loic\", 
            
50
\"identifier\": \"\", \"name\": \"Pellissier\"}",
50
\"identifier\": \"\", \"name\": \"Pellissier\"}",
            
51
  "maintainer_email": null,
51
  "maintainer_email": null,
            
52
  "metadata_created": "2021-09-15T11:44:16.660831",
52
  "metadata_created": "2021-09-15T11:44:16.660831",
            
n
53
  "metadata_modified": "2021-09-16T13:07:18.835021",
n
53
  "metadata_modified": "2021-09-16T13:10:34.552951",
            
54
  "name": "data-from-hagen-skeels-etal-pnas",
54
  "name": "data-from-hagen-skeels-etal-pnas",
            
55
  "notes": "Datasets and R scripts 
55
  "notes": "Datasets and R scripts 
            
56
\r\n\r\n~~~~~Datasets\r\n\r\nDataset_S1.csv: Distribution of species 
56
\r\n\r\n~~~~~Datasets\r\n\r\nDataset_S1.csv: Distribution of species 
            
57
diversity in plant and vertebrate clades. Total clade level diversity 
57
diversity in plant and vertebrate clades. Total clade level diversity 
            
58
and species diversity in tropical moist forests (TMF) across the 
58
and species diversity in tropical moist forests (TMF) across the 
            
59
Neotropics, Indomalaya and Afrotropics. Pantropical clades are found 
59
Neotropics, Indomalaya and Afrotropics. Pantropical clades are found 
            
60
in all three TMF regions with at least one-third of the clades\u2019 
60
in all three TMF regions with at least one-third of the clades\u2019 
            
61
total diversity spread throughout these regions. Pantropical diversity 
61
total diversity spread throughout these regions. Pantropical diversity 
            
62
disparity (PDD) clades show lower diversity in TMF in the Afrotropics 
62
disparity (PDD) clades show lower diversity in TMF in the Afrotropics 
            
63
than in the Neotropics and Indomalaya.\r\n\r\nDataset_S2.csv: 
63
than in the Neotropics and Indomalaya.\r\n\r\nDataset_S2.csv: 
            
64
Environmental and species richness data across 110 km x 110 km grid 
64
Environmental and species richness data across 110 km x 110 km grid 
            
65
cells in Neotropical, Indomalayan and Afrotropical moist forest sites. 
65
cells in Neotropical, Indomalayan and Afrotropical moist forest sites. 
            
66
Variables include x and y coordinates in the Behrmann equal area 
66
Variables include x and y coordinates in the Behrmann equal area 
            
67
coordinate reference system, potential evapotranspiration (PET), mean 
67
coordinate reference system, potential evapotranspiration (PET), mean 
            
68
annual temperature (MAT), mean annual precipitation (MAP), amphibian, 
68
annual temperature (MAT), mean annual precipitation (MAP), amphibian, 
            
69
mammal, bird and squamate reptile species richness and biogeographic 
69
mammal, bird and squamate reptile species richness and biogeographic 
            
70
region, as well as the first two principal components of a principal 
70
region, as well as the first two principal components of a principal 
            
71
component analysis on PET, MAT and MAP (PC1, 
71
component analysis on PET, MAT and MAP (PC1, 
            
72
PC2).\r\n\r\nDataset_S3.csv: Global reconstructed paleo-temperature 
72
PC2).\r\n\r\nDataset_S3.csv: Global reconstructed paleo-temperature 
            
73
estimates and spatial coordinates across 200 million years at 170,000 
73
estimates and spatial coordinates across 200 million years at 170,000 
            
74
year intervals at 2 degree spatial resolution.\r\n\r\nDataset_S4.csv: 
74
year intervals at 2 degree spatial resolution.\r\n\r\nDataset_S4.csv: 
            
75
Gen3sis model parameters and biodiversity summary statistics. Summary 
75
Gen3sis model parameters and biodiversity summary statistics. Summary 
            
76
statistics include the number of extant species, the number of extinct 
76
statistics include the number of extant species, the number of extinct 
            
77
species, the total number of species, the number of species within the 
77
species, the total number of species, the number of species within the 
            
78
tropical moist forest biome boundaries in the Neotropics, the 
78
tropical moist forest biome boundaries in the Neotropics, the 
            
79
Afrotropics and Indomalaya, the pantropical index, and the pantropical 
79
Afrotropics and Indomalaya, the pantropical index, and the pantropical 
            
80
disparity index, as well as the running time-step and diversity of 
80
disparity index, as well as the running time-step and diversity of 
            
81
unfinished simulations.\r\n\r\nDataset_S5.csv: Net relatedness index 
81
unfinished simulations.\r\n\r\nDataset_S5.csv: Net relatedness index 
            
82
(NRI) values for vertebrate clades showing an observed disparity in 
82
(NRI) values for vertebrate clades showing an observed disparity in 
            
83
pantropical diversity in the Neotropical, Indomalayan and Afrotropical 
83
pantropical diversity in the Neotropical, Indomalayan and Afrotropical 
            
84
moist forest regions and associated P-values. Positive values indicate 
84
moist forest regions and associated P-values. Positive values indicate 
            
85
phylogenetic clustering, whereas negative values indicate phylogenetic 
85
phylogenetic clustering, whereas negative values indicate phylogenetic 
            
86
overdispersion.\r\n\r\n~~~~~Scripts\r\n\r\nScript_1 - GLS.R. R script 
86
overdispersion.\r\n\r\n~~~~~Scripts\r\n\r\nScript_1 - GLS.R. R script 
            
87
to replicate the linear modelling analyses.\r\n\r\nScript_2 - 
87
to replicate the linear modelling analyses.\r\n\r\nScript_2 - 
            
88
Gen3sis_config_template.R. R script to generate the configurations 
88
Gen3sis_config_template.R. R script to generate the configurations 
            
89
files to run the simulation experiment.\r\n\r\nScript_3 - 
89
files to run the simulation experiment.\r\n\r\nScript_3 - 
            
90
Gen3sis_config_creator.R. R script to generate the configurations 
90
Gen3sis_config_creator.R. R script to generate the configurations 
            
91
files to run the simulation experiment.\r\n\r\n\r\n\r\n",
91
files to run the simulation experiment.\r\n\r\n\r\n\r\n",
            
92
  "num_resources": 8,
92
  "num_resources": 8,
            
93
  "num_tags": 5,
93
  "num_tags": 5,
            
94
  "organization": {
94
  "organization": {
            
95
    "approval_status": "approved",
95
    "approval_status": "approved",
            
96
    "created": "2018-12-01T11:42:44.590217",
96
    "created": "2018-12-01T11:42:44.590217",
            
97
    "description": "Our laboratory aims at understanding and 
97
    "description": "Our laboratory aims at understanding and 
            
98
forecasting the response of biodiversity to landscape changes. We 
98
forecasting the response of biodiversity to landscape changes. We 
            
99
investigate the historical responses of species to past changes such 
99
investigate the historical responses of species to past changes such 
            
100
as plate tectonics or the glaciations of the Quaternary and 
100
as plate tectonics or the glaciations of the Quaternary and 
            
101
contemporary responses to ongoing global changes. We develop spatial 
101
contemporary responses to ongoing global changes. We develop spatial 
            
102
mechanistic models of biodiversity that account for processes such as 
102
mechanistic models of biodiversity that account for processes such as 
            
103
dispersal and biotic interactions.",
103
dispersal and biotic interactions.",
            
104
    "id": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
104
    "id": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
            
105
    "image_url": 
105
    "image_url": 
            
106
ww.ites.ethz.ch/_jcr_content/orgLogo.imageformat.logo.1518520524.jpg",
106
ww.ites.ethz.ch/_jcr_content/orgLogo.imageformat.logo.1518520524.jpg",
            
107
    "is_organization": true,
107
    "is_organization": true,
            
108
    "name": "landscape-ecology",
108
    "name": "landscape-ecology",
            
109
    "state": "active",
109
    "state": "active",
            
110
    "title": "Landscape Ecology",
110
    "title": "Landscape Ecology",
            
111
    "type": "organization"
111
    "type": "organization"
            
112
  },
112
  },
            
113
  "owner_org": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
113
  "owner_org": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
            
114
  "private": false,
114
  "private": false,
            
115
  "publication": "{\"publication_year\": \"2021\", \"publisher\": 
115
  "publication": "{\"publication_year\": \"2021\", \"publisher\": 
            
116
\"EnviDat\"}",
116
\"EnviDat\"}",
            
t
117
  "publication_state": "approved",
t
117
  "publication_state": "published",
            
118
  "related_datasets": "",
118
  "related_datasets": "",
            
119
  "related_publications": "",
119
  "related_publications": "",
            
120
  "relationships_as_object": [],
120
  "relationships_as_object": [],
            
121
  "relationships_as_subject": [],
121
  "relationships_as_subject": [],
            
122
  "resource_type": "dataset",
122
  "resource_type": "dataset",
            
123
  "resource_type_general": "dataset",
123
  "resource_type_general": "dataset",
            
124
  "resources": [
124
  "resources": [
            
125
    {
125
    {
            
126
      "cache_last_updated": null,
126
      "cache_last_updated": null,
            
127
      "cache_url": null,
127
      "cache_url": null,
            
128
      "created": "2021-09-16T12:40:02.618580",
128
      "created": "2021-09-16T12:40:02.618580",
            
129
      "description": "Dataset_S1.csv includes species diversity counts 
129
      "description": "Dataset_S1.csv includes species diversity counts 
            
130
for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the Neotropics 
130
for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the Neotropics 
            
131
(NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
131
(NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
            
132
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
132
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
            
133
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
133
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
            
134
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
134
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
            
135
diversity disparity (PDD_clade). Pantropical clades are found in all 
135
diversity disparity (PDD_clade). Pantropical clades are found in all 
            
136
three TMF regions with at least one-third of the clades\u2019 total 
136
three TMF regions with at least one-third of the clades\u2019 total 
            
137
diversity spread throughout these regions. Pantropical diversity 
137
diversity spread throughout these regions. Pantropical diversity 
            
138
disparity (PDD) clades show lower diversity in TMF in the Afrotropics 
138
disparity (PDD) clades show lower diversity in TMF in the Afrotropics 
            
139
than in the Neotropics and Indomalaya.",
139
than in the Neotropics and Indomalaya.",
            
140
      "doi": "",
140
      "doi": "",
            
141
      "format": ".csv",
141
      "format": ".csv",
            
142
      "hash": "",
142
      "hash": "",
            
143
      "id": "dfbd6861-c745-4bf2-8988-3ddd790bcaad",
143
      "id": "dfbd6861-c745-4bf2-8988-3ddd790bcaad",
            
144
      "last_modified": null,
144
      "last_modified": null,
            
145
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:56:47.402811",
145
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:56:47.402811",
            
146
      "mimetype": null,
146
      "mimetype": null,
            
147
      "mimetype_inner": null,
147
      "mimetype_inner": null,
            
148
      "name": "Dataset_S1",
148
      "name": "Dataset_S1",
            
149
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
149
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
150
      "position": 0,
150
      "position": 0,
            
151
      "publication_state": "",
151
      "publication_state": "",
            
152
      "resource_size": "{\"size_units\": \"kb\", \"size_value\": 
152
      "resource_size": "{\"size_units\": \"kb\", \"size_value\": 
            
153
\"\"}",
153
\"\"}",
            
154
      "resource_type": null,
154
      "resource_type": null,
            
155
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
155
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
            
156
\"shared_secret\": \"\"}",
156
\"shared_secret\": \"\"}",
            
157
      "size": 8409,
157
      "size": 8409,
            
158
      "state": "active",
158
      "state": "active",
            
159
      "url": 
159
      "url": 
            
160
esource/dfbd6861-c745-4bf2-8988-3ddd790bcaad/download/dataset_s1.csv",
160
esource/dfbd6861-c745-4bf2-8988-3ddd790bcaad/download/dataset_s1.csv",
            
161
      "url_type": "upload"
161
      "url_type": "upload"
            
162
    },
162
    },
            
163
    {
163
    {
            
164
      "cache_last_updated": null,
164
      "cache_last_updated": null,
            
165
      "cache_url": null,
165
      "cache_url": null,
            
166
      "created": "2021-09-16T12:40:52.497633",
166
      "created": "2021-09-16T12:40:52.497633",
            
167
      "description": "Dataset_S2.csv: Environmental and species 
167
      "description": "Dataset_S2.csv: Environmental and species 
            
168
richness data across 110 km x 110 km grid cells in Neotropical, 
168
richness data across 110 km x 110 km grid cells in Neotropical, 
            
169
Indomalayan and Afrotropical moist forest sites. Variables include x 
169
Indomalayan and Afrotropical moist forest sites. Variables include x 
            
170
and y coordinates in the Behrmann equal area coordinate reference 
170
and y coordinates in the Behrmann equal area coordinate reference 
            
171
system, potential evapotranspiration (PET), mean annual temperature 
171
system, potential evapotranspiration (PET), mean annual temperature 
            
172
(MAT), mean annual precipitation (MAP), amphibian, mammal, bird and 
172
(MAT), mean annual precipitation (MAP), amphibian, mammal, bird and 
            
173
squamate reptile species richness and biogeographic region, as well as 
173
squamate reptile species richness and biogeographic region, as well as 
            
174
the first two principal components of a principal component analysis 
174
the first two principal components of a principal component analysis 
            
175
on PET, MAT and MAP (PC1, PC2). Environmental data is from CHELSA and 
175
on PET, MAT and MAP (PC1, PC2). Environmental data is from CHELSA and 
            
176
ENVIREM and species richness summarised from published data (vertLife, 
176
ENVIREM and species richness summarised from published data (vertLife, 
            
177
MOL, IUCN, GARD).",
177
MOL, IUCN, GARD).",
            
178
      "doi": "",
178
      "doi": "",
            
179
      "format": ".csv",
179
      "format": ".csv",
            
180
      "hash": "",
180
      "hash": "",
            
181
      "id": "ec608c8b-edbc-40f8-8e11-bfa9d6462923",
181
      "id": "ec608c8b-edbc-40f8-8e11-bfa9d6462923",
            
182
      "last_modified": null,
182
      "last_modified": null,
            
183
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:57:45.811414",
183
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:57:45.811414",
            
184
      "mimetype": null,
184
      "mimetype": null,
            
185
      "mimetype_inner": null,
185
      "mimetype_inner": null,
            
186
      "name": "Dataset_S2",
186
      "name": "Dataset_S2",
            
187
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
187
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
188
      "position": 1,
188
      "position": 1,
            
189
      "publication_state": "",
189
      "publication_state": "",
            
190
      "resource_size": "{\"size_units\": \"kb\", \"size_value\": 
190
      "resource_size": "{\"size_units\": \"kb\", \"size_value\": 
            
191
\"\"}",
191
\"\"}",
            
192
      "resource_type": null,
192
      "resource_type": null,
            
193
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
193
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
            
194
\"shared_secret\": \"\"}",
194
\"shared_secret\": \"\"}",
            
195
      "size": 207900,
195
      "size": 207900,
            
196
      "state": "active",
196
      "state": "active",
            
197
      "url": 
197
      "url": 
            
198
esource/ec608c8b-edbc-40f8-8e11-bfa9d6462923/download/dataset_s2.csv",
198
esource/ec608c8b-edbc-40f8-8e11-bfa9d6462923/download/dataset_s2.csv",
            
199
      "url_type": "upload"
199
      "url_type": "upload"
            
200
    },
200
    },
            
201
    {
201
    {
            
202
      "cache_last_updated": null,
202
      "cache_last_updated": null,
            
203
      "cache_url": null,
203
      "cache_url": null,
            
204
      "created": "2021-09-16T12:41:24.073089",
204
      "created": "2021-09-16T12:41:24.073089",
            
205
      "description": "Dataset_S3.csv: - Paleoenvironmental 
205
      "description": "Dataset_S3.csv: - Paleoenvironmental 
            
206
reconstructions (details in the associated SI appendix) including 
206
reconstructions (details in the associated SI appendix) including 
            
207
latitude (y), longitude (x), and temperature data across 200 myrs at 
207
latitude (y), longitude (x), and temperature data across 200 myrs at 
            
208
170 kyr intervals.",
208
170 kyr intervals.",
            
209
      "doi": "",
209
      "doi": "",
            
210
      "format": ".csv",
210
      "format": ".csv",
            
211
      "hash": "",
211
      "hash": "",
            
212
      "id": "140b8a2f-120f-4975-afe6-e40927f50442",
212
      "id": "140b8a2f-120f-4975-afe6-e40927f50442",
            
213
      "last_modified": null,
213
      "last_modified": null,
            
214
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:41:24.046517",
214
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:41:24.046517",
            
215
      "mimetype": null,
215
      "mimetype": null,
            
216
      "mimetype_inner": null,
216
      "mimetype_inner": null,
            
217
      "name": "Dataset_S3",
217
      "name": "Dataset_S3",
            
218
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
218
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
219
      "position": 2,
219
      "position": 2,
            
220
      "publication_state": "",
220
      "publication_state": "",
            
221
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
221
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
222
\"kb\"}",
222
\"kb\"}",
            
223
      "resource_type": null,
223
      "resource_type": null,
            
224
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
224
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
225
\"shared_secret\": \"\"}",
225
\"shared_secret\": \"\"}",
            
226
      "size": 147810332,
226
      "size": 147810332,
            
227
      "state": "active",
227
      "state": "active",
            
228
      "url": 
228
      "url": 
            
229
esource/140b8a2f-120f-4975-afe6-e40927f50442/download/dataset_s3.csv",
229
esource/140b8a2f-120f-4975-afe6-e40927f50442/download/dataset_s3.csv",
            
230
      "url_type": "upload"
230
      "url_type": "upload"
            
231
    },
231
    },
            
232
    {
232
    {
            
233
      "cache_last_updated": null,
233
      "cache_last_updated": null,
            
234
      "cache_url": null,
234
      "cache_url": null,
            
235
      "created": "2021-09-16T12:42:56.042298",
235
      "created": "2021-09-16T12:42:56.042298",
            
236
      "description": "Dataset_S4.csv: simulation model parameters and 
236
      "description": "Dataset_S4.csv: simulation model parameters and 
            
237
diversity summary statistics. Including rate of temperature niche 
237
diversity summary statistics. Including rate of temperature niche 
            
238
evolution (Tev), temperature niche width (TW), divergence threshold 
238
evolution (Tev), temperature niche width (TW), divergence threshold 
            
239
(S), Dispersal probability distribution shape (WeibullShape), model 
239
(S), Dispersal probability distribution shape (WeibullShape), model 
            
240
identifier (model), and random seed (seed). Also includes information 
240
identifier (model), and random seed (seed). Also includes information 
            
241
on number of extinct species (n_extinct), number of extant species 
241
on number of extinct species (n_extinct), number of extant species 
            
242
(n_extant), total species (total_diversity), Spearman correlation 
242
(n_extant), total species (total_diversity), Spearman correlation 
            
243
coefficient between absolute latitude and species richness 
243
coefficient between absolute latitude and species richness 
            
244
(latitude_richness_cor), and diversity in the Neotropics 
244
(latitude_richness_cor), and diversity in the Neotropics 
            
245
(neotropical_diversity), Indomalaya (indomalayan_diversity), 
245
(neotropical_diversity), Indomalaya (indomalayan_diversity), 
            
246
Afrotropics (afrotropical_diversity). Also, whether the simulation 
246
Afrotropics (afrotropical_diversity). Also, whether the simulation 
            
247
generated pantropical distribution of species (pantropicality_index), 
247
generated pantropical distribution of species (pantropicality_index), 
            
248
or the pantropical diversity disparity (PDD_index). Finally what time 
248
or the pantropical diversity disparity (PDD_index). Finally what time 
            
249
step the simulation exited at (0 for complete simulations) and the 
249
step the simulation exited at (0 for complete simulations) and the 
            
250
number of species in the ending timestep (running_diversity).",
250
number of species in the ending timestep (running_diversity).",
            
251
      "doi": "",
251
      "doi": "",
            
252
      "format": ".csv",
252
      "format": ".csv",
            
253
      "hash": "",
253
      "hash": "",
            
254
      "id": "993d0dae-ce0d-4b0f-bc22-427d2673cd13",
254
      "id": "993d0dae-ce0d-4b0f-bc22-427d2673cd13",
            
255
      "last_modified": null,
255
      "last_modified": null,
            
256
      "metadata_modified": "2021-09-16T13:00:30.776420",
256
      "metadata_modified": "2021-09-16T13:00:30.776420",
            
257
      "mimetype": null,
257
      "mimetype": null,
            
258
      "mimetype_inner": null,
258
      "mimetype_inner": null,
            
259
      "name": "Dataset_S4",
259
      "name": "Dataset_S4",
            
260
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
260
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
261
      "position": 3,
261
      "position": 3,
            
262
      "publication_state": "",
262
      "publication_state": "",
            
263
      "resource_size": "{\"size_units\": \"kb\", \"size_value\": 
263
      "resource_size": "{\"size_units\": \"kb\", \"size_value\": 
            
264
\"\"}",
264
\"\"}",
            
265
      "resource_type": null,
265
      "resource_type": null,
            
266
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
266
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
            
267
\"shared_secret\": \"\"}",
267
\"shared_secret\": \"\"}",
            
268
      "size": 46904,
268
      "size": 46904,
            
269
      "state": "active",
269
      "state": "active",
            
270
      "url": 
270
      "url": 
            
271
esource/993d0dae-ce0d-4b0f-bc22-427d2673cd13/download/dataset_s4.csv",
271
esource/993d0dae-ce0d-4b0f-bc22-427d2673cd13/download/dataset_s4.csv",
            
272
      "url_type": "upload"
272
      "url_type": "upload"
            
273
    },
273
    },
            
274
    {
274
    {
            
275
      "cache_last_updated": null,
275
      "cache_last_updated": null,
            
276
      "cache_url": null,
276
      "cache_url": null,
            
277
      "created": "2021-09-16T12:43:30.658314",
277
      "created": "2021-09-16T12:43:30.658314",
            
278
      "description": "Dataset_S5.csv: Net relatedness index (NRI) 
278
      "description": "Dataset_S5.csv: Net relatedness index (NRI) 
            
279
values for vertebrate clades showing an observed disparity in 
279
values for vertebrate clades showing an observed disparity in 
            
280
pantropical diversity in the Neotropical, Indomalayan and Afrotropical 
280
pantropical diversity in the Neotropical, Indomalayan and Afrotropical 
            
281
moist forest regions and associated P-values. Positive values indicate 
281
moist forest regions and associated P-values. Positive values indicate 
            
282
phylogenetic clustering, whereas negative values indicate phylogenetic 
282
phylogenetic clustering, whereas negative values indicate phylogenetic 
            
283
overdispersion.",
283
overdispersion.",
            
284
      "doi": "",
284
      "doi": "",
            
285
      "format": ".csv",
285
      "format": ".csv",
            
286
      "hash": "",
286
      "hash": "",
            
287
      "id": "eb72dfb6-ddcd-4363-8ce5-b605ea8bd1f3",
287
      "id": "eb72dfb6-ddcd-4363-8ce5-b605ea8bd1f3",
            
288
      "last_modified": null,
288
      "last_modified": null,
            
289
      "metadata_modified": "2021-09-16T13:01:16.585311",
289
      "metadata_modified": "2021-09-16T13:01:16.585311",
            
290
      "mimetype": null,
290
      "mimetype": null,
            
291
      "mimetype_inner": null,
291
      "mimetype_inner": null,
            
292
      "name": "Dataset_S5",
292
      "name": "Dataset_S5",
            
293
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
293
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
294
      "position": 4,
294
      "position": 4,
            
295
      "publication_state": "",
295
      "publication_state": "",
            
296
      "resource_size": "{\"size_units\": \"kb\", \"size_value\": 
296
      "resource_size": "{\"size_units\": \"kb\", \"size_value\": 
            
297
\"\"}",
297
\"\"}",
            
298
      "resource_type": null,
298
      "resource_type": null,
            
299
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
299
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
            
300
\"shared_secret\": \"\"}",
300
\"shared_secret\": \"\"}",
            
301
      "size": 1652,
301
      "size": 1652,
            
302
      "state": "active",
302
      "state": "active",
            
303
      "url": 
303
      "url": 
            
304
esource/eb72dfb6-ddcd-4363-8ce5-b605ea8bd1f3/download/dataset_s5.csv",
304
esource/eb72dfb6-ddcd-4363-8ce5-b605ea8bd1f3/download/dataset_s5.csv",
            
305
      "url_type": "upload"
305
      "url_type": "upload"
            
306
    },
306
    },
            
307
    {
307
    {
            
308
      "cache_last_updated": null,
308
      "cache_last_updated": null,
            
309
      "cache_url": null,
309
      "cache_url": null,
            
310
      "created": "2021-09-16T12:45:37.115360",
310
      "created": "2021-09-16T12:45:37.115360",
            
311
      "description": "R script to replicate the linear modelling 
311
      "description": "R script to replicate the linear modelling 
            
312
analyses.",
312
analyses.",
            
313
      "doi": "",
313
      "doi": "",
            
314
      "format": ".R",
314
      "format": ".R",
            
315
      "hash": "",
315
      "hash": "",
            
316
      "id": "f7e89750-58cc-4d19-a5d0-32cf41e7deef",
316
      "id": "f7e89750-58cc-4d19-a5d0-32cf41e7deef",
            
317
      "last_modified": null,
317
      "last_modified": null,
            
318
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:45:37.088727",
318
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:45:37.088727",
            
319
      "mimetype": null,
319
      "mimetype": null,
            
320
      "mimetype_inner": null,
320
      "mimetype_inner": null,
            
321
      "name": "Script_1",
321
      "name": "Script_1",
            
322
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
322
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
323
      "position": 5,
323
      "position": 5,
            
324
      "publication_state": "",
324
      "publication_state": "",
            
325
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
325
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
326
\"kb\"}",
326
\"kb\"}",
            
327
      "resource_type": null,
327
      "resource_type": null,
            
328
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
328
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
329
\"shared_secret\": \"\"}",
329
\"shared_secret\": \"\"}",
            
330
      "size": 8705,
330
      "size": 8705,
            
331
      "state": "active",
331
      "state": "active",
            
332
      "url": 
332
      "url": 
            
333
fc875b9/resource/f7e89750-58cc-4d19-a5d0-32cf41e7deef/download/gls.r",
333
fc875b9/resource/f7e89750-58cc-4d19-a5d0-32cf41e7deef/download/gls.r",
            
334
      "url_type": "upload"
334
      "url_type": "upload"
            
335
    },
335
    },
            
336
    {
336
    {
            
337
      "cache_last_updated": null,
337
      "cache_last_updated": null,
            
338
      "cache_url": null,
338
      "cache_url": null,
            
339
      "created": "2021-09-16T12:46:11.845641",
339
      "created": "2021-09-16T12:46:11.845641",
            
340
      "description": "Script used to generate the configurations files 
340
      "description": "Script used to generate the configurations files 
            
341
to run the simulation experiment.",
341
to run the simulation experiment.",
            
342
      "doi": "",
342
      "doi": "",
            
343
      "format": ".R",
343
      "format": ".R",
            
344
      "hash": "",
344
      "hash": "",
            
345
      "id": "e02e013f-3977-4387-89ce-e0ede683e7e1",
345
      "id": "e02e013f-3977-4387-89ce-e0ede683e7e1",
            
346
      "last_modified": null,
346
      "last_modified": null,
            
347
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:46:11.813525",
347
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:46:11.813525",
            
348
      "mimetype": null,
348
      "mimetype": null,
            
349
      "mimetype_inner": null,
349
      "mimetype_inner": null,
            
350
      "name": "Script_2",
350
      "name": "Script_2",
            
351
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
351
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
352
      "position": 6,
352
      "position": 6,
            
353
      "publication_state": "",
353
      "publication_state": "",
            
354
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
354
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
355
\"kb\"}",
355
\"kb\"}",
            
356
      "resource_type": null,
356
      "resource_type": null,
            
357
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
357
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
358
\"shared_secret\": \"\"}",
358
\"shared_secret\": \"\"}",
            
359
      "size": 6345,
359
      "size": 6345,
            
360
      "state": "active",
360
      "state": "active",
            
361
      "url": 
361
      "url": 
            
362
e013f-3977-4387-89ce-e0ede683e7e1/download/gen3sis_config_template.r",
362
e013f-3977-4387-89ce-e0ede683e7e1/download/gen3sis_config_template.r",
            
363
      "url_type": "upload"
363
      "url_type": "upload"
            
364
    },
364
    },
            
365
    {
365
    {
            
366
      "cache_last_updated": null,
366
      "cache_last_updated": null,
            
367
      "cache_url": null,
367
      "cache_url": null,
            
368
      "created": "2021-09-16T12:44:44.443964",
368
      "created": "2021-09-16T12:44:44.443964",
            
369
      "description": "Script used to generate the configurations files 
369
      "description": "Script used to generate the configurations files 
            
370
to run the simulation experiment.",
370
to run the simulation experiment.",
            
371
      "doi": "",
371
      "doi": "",
            
372
      "format": ".R",
372
      "format": ".R",
            
373
      "hash": "",
373
      "hash": "",
            
374
      "id": "128aaa9b-008c-40a9-91c2-661848a9d9d8",
374
      "id": "128aaa9b-008c-40a9-91c2-661848a9d9d8",
            
375
      "last_modified": null,
375
      "last_modified": null,
            
376
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:44:44.299371",
376
      "metadata_modified": "2021-09-16T12:44:44.299371",
            
377
      "mimetype": null,
377
      "mimetype": null,
            
378
      "mimetype_inner": null,
378
      "mimetype_inner": null,
            
379
      "name": "Script_3",
379
      "name": "Script_3",
            
380
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
380
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
381
      "position": 7,
381
      "position": 7,
            
382
      "publication_state": "",
382
      "publication_state": "",
            
383
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
383
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
384
\"kb\"}",
384
\"kb\"}",
            
385
      "resource_type": null,
385
      "resource_type": null,
            
386
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
386
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
387
\"shared_secret\": \"\"}",
387
\"shared_secret\": \"\"}",
            
388
      "size": 3070,
388
      "size": 3070,
            
389
      "state": "active",
389
      "state": "active",
            
390
      "url": 
390
      "url": 
            
391
8aaa9b-008c-40a9-91c2-661848a9d9d8/download/gen3sis_config_creator.r",
391
8aaa9b-008c-40a9-91c2-661848a9d9d8/download/gen3sis_config_creator.r",
            
392
      "url_type": "upload"
392
      "url_type": "upload"
            
393
    }
393
    }
            
394
  ],
394
  ],
            
395
  "spatial": "{\"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [[[5.95587, 
395
  "spatial": "{\"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [[[5.95587, 
            
396
45.81802],[5.95587, 47.80838],[10.49203, 47.80838],[10.49203, 
396
45.81802],[5.95587, 47.80838],[10.49203, 47.80838],[10.49203, 
            
397
45.81802],[5.95587, 45.81802]]]}",
397
45.81802],[5.95587, 45.81802]]]}",
            
398
  "spatial_info": "Switzerland",
398
  "spatial_info": "Switzerland",
            
399
  "state": "active",
399
  "state": "active",
            
400
  "subtitle": "",
400
  "subtitle": "",
            
401
  "tags": [
401
  "tags": [
            
402
    {
402
    {
            
403
      "display_name": "GEN3SIS",
403
      "display_name": "GEN3SIS",
            
404
      "id": "7fd8733b-4feb-438b-a363-65cb5ce4b52a",
404
      "id": "7fd8733b-4feb-438b-a363-65cb5ce4b52a",
            
405
      "name": "GEN3SIS",
405
      "name": "GEN3SIS",
            
406
      "state": "active",
406
      "state": "active",
            
407
      "vocabulary_id": null
407
      "vocabulary_id": null
            
408
    },
408
    },
            
409
    {
409
    {
            
410
      "display_name": "MECHANISTIC MODELING",
410
      "display_name": "MECHANISTIC MODELING",
            
411
      "id": "64a80515-5864-4aee-9311-9fa9b13b8b5c",
411
      "id": "64a80515-5864-4aee-9311-9fa9b13b8b5c",
            
412
      "name": "MECHANISTIC MODELING",
412
      "name": "MECHANISTIC MODELING",
            
413
      "state": "active",
413
      "state": "active",
            
414
      "vocabulary_id": null
414
      "vocabulary_id": null
            
415
    },
415
    },
            
416
    {
416
    {
            
417
      "display_name": "PALEOCLIMATE",
417
      "display_name": "PALEOCLIMATE",
            
418
      "id": "5b2c5931-065b-49a9-89a4-b082eaf78e0e",
418
      "id": "5b2c5931-065b-49a9-89a4-b082eaf78e0e",
            
419
      "name": "PALEOCLIMATE",
419
      "name": "PALEOCLIMATE",
            
420
      "state": "active",
420
      "state": "active",
            
421
      "vocabulary_id": null
421
      "vocabulary_id": null
            
422
    },
422
    },
            
423
    {
423
    {
            
424
      "display_name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
424
      "display_name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
            
425
      "id": "c1a2995c-32b5-4bb6-9de7-e1f29e697791",
425
      "id": "c1a2995c-32b5-4bb6-9de7-e1f29e697791",
            
426
      "name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
426
      "name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
            
427
      "state": "active",
427
      "state": "active",
            
428
      "vocabulary_id": null
428
      "vocabulary_id": null
            
429
    },
429
    },
            
430
    {
430
    {
            
431
      "display_name": "PLATE TECTONICS",
431
      "display_name": "PLATE TECTONICS",
            
432
      "id": "747956ea-3953-4a5e-b63e-0eb7620dea9e",
432
      "id": "747956ea-3953-4a5e-b63e-0eb7620dea9e",
            
433
      "name": "PLATE TECTONICS",
433
      "name": "PLATE TECTONICS",
            
434
      "state": "active",
434
      "state": "active",
            
435
      "vocabulary_id": null
435
      "vocabulary_id": null
            
436
    }
436
    }
            
437
  ],
437
  ],
            
438
  "title": "Data from: Earth history events shaped the evolution of 
438
  "title": "Data from: Earth history events shaped the evolution of 
            
439
uneven biodiversity across tropical moist forests",
439
uneven biodiversity across tropical moist forests",
            
440
  "type": "dataset",
440
  "type": "dataset",
            
441
  "url": null,
441
  "url": null,
            
442
  "version": "1.0"
442
  "version": "1.0"
            
443
}
443
}