Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "[{\"given_name\": \"Marion\", \"name\": \"Muff\", 
2
  "author": "[{\"given_name\": \"Marion\", \"name\": \"Muff\", 
            
3
\"email\": \"muffm@student.ethz.ch\", \"data_credit\": [], 
3
\"email\": \"muffm@student.ethz.ch\", \"data_credit\": [], 
            
4
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"ETHZ\"}, {\"given_name\": 
4
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"ETHZ\"}, {\"given_name\": 
            
5
\"Melissa\", \"name\": \"Jaquier\", \"email\": 
5
\"Melissa\", \"name\": \"Jaquier\", \"email\": 
            
6
\"melissa@jaquier.blue\", \"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", 
6
\"melissa@jaquier.blue\", \"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", 
            
7
\"affiliation\": \"ETHZ\"}, {\"given_name\": \"Virginie\", \"name\": 
7
\"affiliation\": \"ETHZ\"}, {\"given_name\": \"Virginie\", \"name\": 
            
8
\"Marques\", \"email\": \"virginie.marques@wsl.ch\", \"data_credit\": 
8
\"Marques\", \"email\": \"virginie.marques@wsl.ch\", \"data_credit\": 
            
9
[]}, {\"given_name\": \"Laurent\", \"name\": \"Ballesta\", \"email\": 
9
[]}, {\"given_name\": \"Laurent\", \"name\": \"Ballesta\", \"email\": 
            
10
\"laurent.ballesta@andromede.fr\", \"data_credit\": [], 
10
\"laurent.ballesta@andromede.fr\", \"data_credit\": [], 
            
11
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
11
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
            
12
{\"given_name\": \"Julie\", \"name\": \"Deter\", \"email\": 
12
{\"given_name\": \"Julie\", \"name\": \"Deter\", \"email\": 
            
13
\"julie.deter@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
13
\"julie.deter@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
            
14
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
14
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
            
15
{\"given_name\": \"Thomas\", \"name\": \"Bockel\", \"email\": 
15
{\"given_name\": \"Thomas\", \"name\": \"Bockel\", \"email\": 
            
16
\"thomas.bockel@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
16
\"thomas.bockel@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
            
17
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
17
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
            
18
{\"given_name\": \"R\\u00e9gis\", \"name\": \"Hocd\\u00e9\", 
18
{\"given_name\": \"R\\u00e9gis\", \"name\": \"Hocd\\u00e9\", 
            
19
\"email\": \"regis.hocde@ird.fr\", \"data_credit\": [], 
19
\"email\": \"regis.hocde@ird.fr\", \"data_credit\": [], 
            
20
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"IRD\"}, {\"given_name\": 
20
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"IRD\"}, {\"given_name\": 
            
21
\"Jean-Baptiste\", \"name\": \"Juhel\", \"email\": 
21
\"Jean-Baptiste\", \"name\": \"Juhel\", \"email\": 
            
22
\"jeanbaptiste.juhel@gmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
22
\"jeanbaptiste.juhel@gmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
            
23
\"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
23
\"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
            
24
{\"given_name\": \"Emilie\", \"name\": \"Boulanger\", \"email\": 
24
{\"given_name\": \"Emilie\", \"name\": \"Boulanger\", \"email\": 
            
25
\"Emilie.boulanger@hotmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
25
\"Emilie.boulanger@hotmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
            
26
\"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
26
\"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
            
27
{\"given_name\": \"Nacim\", \"name\": \"Guellati\", \"email\": 
27
{\"given_name\": \"Nacim\", \"name\": \"Guellati\", \"email\": 
            
28
\"nacim.guellati.1997@gmail.com\", \"data_credit\": [], 
28
\"nacim.guellati.1997@gmail.com\", \"data_credit\": [], 
            
29
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
29
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
            
30
{\"given_name\": \"Andrea\", \"name\": \"Polanco\", \"email\": 
30
{\"given_name\": \"Andrea\", \"name\": \"Polanco\", \"email\": 
            
31
\"andrea.polanco@gmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
31
\"andrea.polanco@gmail.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
            
32
\"\", \"affiliation\": \"Biodiversa Colombia Foundation, Colombia\"}, 
32
\"\", \"affiliation\": \"Biodiversa Colombia Foundation, Colombia\"}, 
            
33
{\"given_name\": \"Alice\", \"name\": \"Valentini\", \"email\": 
33
{\"given_name\": \"Alice\", \"name\": \"Valentini\", \"email\": 
            
34
\"alice.valentini@spygen.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
34
\"alice.valentini@spygen.com\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
            
35
\"\", \"affiliation\": \"SPYGEN\"}, {\"given_name\": \"Tony\", 
35
\"\", \"affiliation\": \"SPYGEN\"}, {\"given_name\": \"Tony\", 
            
36
\"name\": \"Dejean\", \"email\": \"tony.dejean@spygen.com\", 
36
\"name\": \"Dejean\", \"email\": \"tony.dejean@spygen.com\", 
            
37
\"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", \"affiliation\": 
37
\"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", \"affiliation\": 
            
38
\"SPYGEN\"}, {\"given_name\": \"Stephanie\", \"name\": \"Manel\", 
38
\"SPYGEN\"}, {\"given_name\": \"Stephanie\", \"name\": \"Manel\", 
            
39
\"email\": \"stephanie.manel@cefe.cnrs.fr\", \"data_credit\": [], 
39
\"email\": \"stephanie.manel@cefe.cnrs.fr\", \"data_credit\": [], 
            
40
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"EPHE\"}, {\"given_name\": 
40
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"EPHE\"}, {\"given_name\": 
            
41
\"Camille\", \"name\": \"Albouy\", \"email\": 
41
\"Camille\", \"name\": \"Albouy\", \"email\": 
            
42
\"camille.albouy@wsl.ch\", \"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", 
42
\"camille.albouy@wsl.ch\", \"data_credit\": [], \"identifier\": \"\", 
            
43
\"affiliation\": \"Unit of Land Change Science, 7u Federal Research 
43
\"affiliation\": \"Unit of Land Change Science, 7u Federal Research 
            
44
Institute WSL, Birmensdorf, Switzerland\"}, {\"given_name\": 
44
Institute WSL, Birmensdorf, Switzerland\"}, {\"given_name\": 
            
45
\"Patrick\", \"name\": \"Durville\", \"email\": 
45
\"Patrick\", \"name\": \"Durville\", \"email\": 
            
46
\"patrick.durville.galaxea@gmail.com\", \"data_credit\": [], 
46
\"patrick.durville.galaxea@gmail.com\", \"data_credit\": [], 
            
47
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"GALAXEA\"}, {\"given_name\": 
47
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"GALAXEA\"}, {\"given_name\": 
            
48
\"David\", \"name\": \"Mouillot\", \"email\": 
48
\"David\", \"name\": \"Mouillot\", \"email\": 
            
49
\"david.mouillot@umontpellier.fr\", \"data_credit\": [], 
49
\"david.mouillot@umontpellier.fr\", \"data_credit\": [], 
            
50
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
50
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"University of Montpellier\"}, 
            
51
{\"given_name\": \"Florian\", \"name\": \"Holon\", \"email\": 
51
{\"given_name\": \"Florian\", \"name\": \"Holon\", \"email\": 
            
52
\"florian.holon@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
52
\"florian.holon@andromede-ocean.com\", \"data_credit\": [], 
            
53
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
53
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"Andromede\"}, 
            
54
{\"given_name\": \"Loic\", \"name\": \"Pellissier\", \"email\": 
54
{\"given_name\": \"Loic\", \"name\": \"Pellissier\", \"email\": 
            
55
\"loic.pellissier@wsl.ch\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
55
\"loic.pellissier@wsl.ch\", \"data_credit\": [], \"identifier\": 
            
56
\"0000-0002-2289-8259\", \"affiliation\": \"Landscape Ecology, 
56
\"0000-0002-2289-8259\", \"affiliation\": \"Landscape Ecology, 
            
57
Institute of Terrestrial Ecosystems, ETH Z\\u00fcrich, 8049 
57
Institute of Terrestrial Ecosystems, ETH Z\\u00fcrich, 8049 
            
58
Z\\u00fcrich, Switzerland\"}]",
58
Z\\u00fcrich, Switzerland\"}]",
            
59
  "author_email": null,
59
  "author_email": null,
            
60
  "creator_user_id": "382d8fab-f378-477d-88f6-26f77aee50d8",
60
  "creator_user_id": "382d8fab-f378-477d-88f6-26f77aee50d8",
            
61
  "date": 
61
  "date": 
            
62
\":\"created\",\"date\":\"2019-10-27\",\"end_date\":\"2019-11-05\"}]",
62
\":\"created\",\"date\":\"2019-10-27\",\"end_date\":\"2019-11-05\"}]",
            
63
  "doi": "10.16904/envidat.567",
63
  "doi": "10.16904/envidat.567",
            
64
  "extras": [
64
  "extras": [
            
65
    {
65
    {
            
66
      "key": "edna_type",
66
      "key": "edna_type",
            
67
      "value": "marine"
67
      "value": "marine"
            
68
    },
68
    },
            
69
    {
69
    {
            
70
      "key": "metadata",
70
      "key": "metadata",
            
71
      "value": 
71
      "value": 
            
72
ma_fr/ma_fr_lapero_2019/metadata/metadata_field_ma_fr_lapero_2019.csv"
72
ma_fr/ma_fr_lapero_2019/metadata/metadata_field_ma_fr_lapero_2019.csv"
            
73
    }
73
    }
            
74
  ],
74
  ],
            
75
  "funding": "[{\"institution\":\"Internal Funding ELE group 
75
  "funding": "[{\"institution\":\"Internal Funding ELE group 
            
76
\",\"grant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\" 
76
\",\"grant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\" 
            
77
Andromede Oceanologie\",\"grant_number\":\"GOMBESSA 
77
Andromede Oceanologie\",\"grant_number\":\"GOMBESSA 
            
78
5\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"ANR labcom 
78
5\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"ANR labcom 
            
79
2\",\"grant_number\":\"InToSea (Innovative Tools under the Sea) joint 
79
2\",\"grant_number\":\"InToSea (Innovative Tools under the Sea) joint 
            
80
laboratory\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Manufacture 
80
laboratory\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Manufacture 
            
81
de Haute Horlogerie Suisse Blancpain and Blancpain Ocean 
81
de Haute Horlogerie Suisse Blancpain and Blancpain Ocean 
            
82
rant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Prince 
82
rant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Prince 
            
83
Albert II de Monaco 
83
Albert II de Monaco 
            
84
\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Soci\u00e9t\u00e9 
84
\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Soci\u00e9t\u00e9 
            
85
des explorations de 
85
des explorations de 
            
86
rant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"French 
86
rant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"French 
            
87
Water 
87
Water 
            
88
nt_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Ministry 
88
nt_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Ministry 
            
89
of Overseas France\",\"grant_number\":\"Convergence and Transformation 
89
of Overseas France\",\"grant_number\":\"Convergence and Transformation 
            
90
Contract 2019-2022, measure 3.5.1.1 of the \u201cResilient 
90
Contract 2019-2022, measure 3.5.1.1 of the \u201cResilient 
            
91
Territories\u201d 
91
Territories\u201d 
            
92
section\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Vie 
92
section\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"Vie 
            
93
Oc\u00e9ane, Aquarium de La R\u00e9union, Comit\u00e9 R\u00e9gional 
93
Oc\u00e9ane, Aquarium de La R\u00e9union, Comit\u00e9 R\u00e9gional 
            
94
d'Etudes et de Sports sous-marins de La R\u00e9union, Inset, O Sea 
94
d'Etudes et de Sports sous-marins de La R\u00e9union, Inset, O Sea 
            
95
Bleu, Fondation du Cr\u00e9dit Agricole R\u00e9union Mayotte, 
95
Bleu, Fondation du Cr\u00e9dit Agricole R\u00e9union Mayotte, 
            
96
Fondation d'Entreprises des Mers Australes, Air France, Odyss\u00e9e 
96
Fondation d'Entreprises des Mers Australes, Air France, Odyss\u00e9e 
            
97
Cr\u00e9ateur de voyages, Entropie. The financial partners of 
97
Cr\u00e9ateur de voyages, Entropie. The financial partners of 
            
98
Androm\u00e8de Oc\u00e9anologie and Gombessa Exp\u00e9ditions are: 
98
Androm\u00e8de Oc\u00e9anologie and Gombessa Exp\u00e9ditions are: 
            
99
Blancpain, Ocean Commitment Blancpain, RGBlue, Keldan, Topstar, 
99
Blancpain, Ocean Commitment Blancpain, RGBlue, Keldan, Topstar, 
            
100
Bigblue, Ap Diving, Molecular, Subspace, Nikon, Aqualung, 
100
Bigblue, Ap Diving, Molecular, Subspace, Nikon, Aqualung, 
            
n
n
101
grant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"},{\"institution\":\"ARTE, 
            
102
INPP (Institut National de Plong\u00e9e Professionnelle), Les Gens 
            
103
Bien Production, R\u00e9gion Sud, Fondation IRIS, Fondation 
            
104
V\u00e9olia, Agence Fran\u00e7aise pour la Biodiversit\u00e9, CNC, 
            
105
M\u00e9tropole Nice C\u00f4te d'Azur, Parc National des Calanques, 
            
106
Oc\u00e9anopolis Brest, Ushua\u00efa TV, AP divig, Aqualung, Nikon, 
            
107
Syera, HE2B ISEK, Molecular, Seacam, Bigblue, Keldan, Neotek, enlaps, 
            
108
RG Blue, Azoth Systems, Subspace pictures, 
            
101
Seacam\",\"grant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"}]",
109
Topstar\",\"grant_number\":\"\",\"institution_url\":\"\"}]",
            
102
  "groups": [
110
  "groups": [
            
103
    {
111
    {
            
104
      "description": "",
112
      "description": "",
            
105
      "display_name": "eDNA",
113
      "display_name": "eDNA",
            
106
      "id": "c2176351-3002-4d7a-b2aa-d8509f7dbfbe",
114
      "id": "c2176351-3002-4d7a-b2aa-d8509f7dbfbe",
            
107
      "image_display_url": "",
115
      "image_display_url": "",
            
108
      "name": "edna",
116
      "name": "edna",
            
109
      "title": "eDNA"
117
      "title": "eDNA"
            
110
    }
118
    }
            
111
  ],
119
  ],
            
112
  "id": "27331019-15d4-41c5-b9e4-866c6bc0a96a",
120
  "id": "27331019-15d4-41c5-b9e4-866c6bc0a96a",
            
113
  "isopen": true,
121
  "isopen": true,
            
114
  "license_id": "cc-by",
122
  "license_id": "cc-by",
            
115
  "license_title": "Creative Commons Attribution",
123
  "license_title": "Creative Commons Attribution",
            
116
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/",
124
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/",
            
117
  "maintainer": 
125
  "maintainer": 
            
118
e.marques@wsl.ch\",\"given_name\":\"Virginie\",\"name\":\"Marques\"}",
126
e.marques@wsl.ch\",\"given_name\":\"Virginie\",\"name\":\"Marques\"}",
            
119
  "maintainer_email": null,
127
  "maintainer_email": null,
            
120
  "metadata_created": "2024-12-10T15:08:00.727653",
128
  "metadata_created": "2024-12-10T15:08:00.727653",
            
t
121
  "metadata_modified": "2024-12-12T13:52:09.805308",
t
129
  "metadata_modified": "2024-12-12T13:52:30.319039",
            
122
  "name": "environmental-dna-marine-france-laperouse-2019",
130
  "name": "environmental-dna-marine-france-laperouse-2019",
            
123
  "notes": "Fish environmental DNA data set collected in the shallow 
131
  "notes": "Fish environmental DNA data set collected in the shallow 
            
124
seamount of La P\u00e9rouse located between Madagascar and 
132
seamount of La P\u00e9rouse located between Madagascar and 
            
125
R\u00e9union Island \n\n\nIn 2019, we sampled the shallow seamount of 
133
R\u00e9union Island \n\n\nIn 2019, we sampled the shallow seamount of 
            
126
La P\u00e9rouse, located between Madagascar and R\u00e9union Island in 
134
La P\u00e9rouse, located between Madagascar and R\u00e9union Island in 
            
127
the WIO. La P\u00e9rouse is an extinct volcano with a summit depth at 
135
the WIO. La P\u00e9rouse is an extinct volcano with a summit depth at 
            
128
60\u2009m below the sea surface. The plateau of the summit has a 
136
60\u2009m below the sea surface. The plateau of the summit has a 
            
129
maximum length of 12\u2009km and a maximum width of 4 km. One side of 
137
maximum length of 12\u2009km and a maximum width of 4 km. One side of 
            
130
the seamount might have collapsed in the past, leading to a less 
138
the seamount might have collapsed in the past, leading to a less 
            
131
common crescent-shaped summit. The abyssal plains that surround this 
139
common crescent-shaped summit. The abyssal plains that surround this 
            
132
isolated pinnacle are at a depth of 5000\u2009m. Despite its proximity 
140
isolated pinnacle are at a depth of 5000\u2009m. Despite its proximity 
            
133
to R\u00e9union Island (160\u2009km northwest), La P\u00e9rouse and 
141
to R\u00e9union Island (160\u2009km northwest), La P\u00e9rouse and 
            
134
its surroundings are still poorly studied.\n\nTo sample eDNA in this 
142
its surroundings are still poorly studied.\n\nTo sample eDNA in this 
            
135
location we used a submersible pump (Subspace, Geneva, Switzerland; 
143
location we used a submersible pump (Subspace, Geneva, Switzerland; 
            
136
nominal flow of ~\u20091.0 L/min) to collect samples at various depths 
144
nominal flow of ~\u20091.0 L/min) to collect samples at various depths 
            
137
during close circuit rebreather dives. The pump has an internal 
145
during close circuit rebreather dives. The pump has an internal 
            
138
battery and can be activated underwater allowing in situ filtration 
146
battery and can be activated underwater allowing in situ filtration 
            
139
directly at the targeted habitat and depth. The filtration lasted for 
147
directly at the targeted habitat and depth. The filtration lasted for 
            
140
30\u2009min to collect a total water volume of ~\u200930\u2009L. 
148
30\u2009min to collect a total water volume of ~\u200930\u2009L. 
            
141
During close circuit rebreather dives, water samples from various 
149
During close circuit rebreather dives, water samples from various 
            
142
depths, ranging from 60 to 140\u2009m below the sea surface, were 
150
depths, ranging from 60 to 140\u2009m below the sea surface, were 
            
143
collected using only the Submersible method (eight stations: no 
151
collected using only the Submersible method (eight stations: no 
            
144
replicates). Out of the eight water samples, six were collected during 
152
replicates). Out of the eight water samples, six were collected during 
            
145
the day, while two were collected at night (IS2_1 at 62\u2009m and 
153
the day, while two were collected at night (IS2_1 at 62\u2009m and 
            
146
IS7_1 at 100\u2013125\u2009m). We applied this filtration protocols to 
154
IS7_1 at 100\u2013125\u2009m). We applied this filtration protocols to 
            
147
collect and filter water throughout a VigiDNA\u00ae 0.2 \u03bcM 
155
collect and filter water throughout a VigiDNA\u00ae 0.2 \u03bcM 
            
148
cross-flow filtration capsule (SPYGEN, le Bourget du Lac, France) 
156
cross-flow filtration capsule (SPYGEN, le Bourget du Lac, France) 
            
149
using disposable sterile tubing for each filtration capsule. After the 
157
using disposable sterile tubing for each filtration capsule. After the 
            
150
filtration process, the remaining water in the capsules was emptied. 
158
filtration process, the remaining water in the capsules was emptied. 
            
151
The capsules were then filled with 80\u2009ml of lysis conservation 
159
The capsules were then filled with 80\u2009ml of lysis conservation 
            
152
buffer (CL1 buffer SPYGEN, le Bourget du Lac, France) and stored at 
160
buffer (CL1 buffer SPYGEN, le Bourget du Lac, France) and stored at 
            
153
room temperature in the dark. At La P\u00e9rouse, a total of eight 
161
room temperature in the dark. At La P\u00e9rouse, a total of eight 
            
154
water samples were collected during the MONT LA P\u00c9ROUSE 
162
water samples were collected during the MONT LA P\u00c9ROUSE 
            
155
expedition (https://gombessa-expeditions.com/mont-la-perouse/) on 
163
expedition (https://gombessa-expeditions.com/mont-la-perouse/) on 
            
156
board the ship La Curieuse to the seamount La P\u00e9rouse from 
164
board the ship La Curieuse to the seamount La P\u00e9rouse from 
            
157
October 27th to November 5th 2019. We followed a strict contamination 
165
October 27th to November 5th 2019. We followed a strict contamination 
            
158
control protocol in both field and laboratory stages. Each water 
166
control protocol in both field and laboratory stages. Each water 
            
159
sample processing included the use of disposable gloves and single-use 
167
sample processing included the use of disposable gloves and single-use 
            
160
filtration equipment to avoid any risk of contamination. Libraries 
168
filtration equipment to avoid any risk of contamination. Libraries 
            
161
were prepared with ligation using the MetaFast protocol 
169
were prepared with ligation using the MetaFast protocol 
            
162
(Fasteris).\n\nData content: \n\t* rawdata/: contains the raw reads 
170
(Fasteris).\n\nData content: \n\t* rawdata/: contains the raw reads 
            
163
for each individual sample. One archive contains the paired-end reads 
171
for each individual sample. One archive contains the paired-end reads 
            
164
specified by the _R1 or _R2 suffix as well as individually tagged PCR 
172
specified by the _R1 or _R2 suffix as well as individually tagged PCR 
            
165
replicates (if available) together with an archive containing all 
173
replicates (if available) together with an archive containing all 
            
166
extraction and PCR blank samples of the library. Reads have been 
174
extraction and PCR blank samples of the library. Reads have been 
            
167
demultiplexed using cutadapt but not trimmed, individual 
175
demultiplexed using cutadapt but not trimmed, individual 
            
168
demultiplexing tags and primers remain present in the sequences.  
176
demultiplexing tags and primers remain present in the sequences.  
            
169
\n\t* taxadata/: contains the table with all detected taxonomy for 
177
\n\t* taxadata/: contains the table with all detected taxonomy for 
            
170
each sample after bioinformatic processing (see Polanco et al. 2020 
178
each sample after bioinformatic processing (see Polanco et al. 2020 
            
171
for details; https://doi.org/10.1002/edn3.140) and associated field 
179
for details; https://doi.org/10.1002/edn3.140) and associated field 
            
172
metadata. \n\t* metadata/: contains two metadata files, one related to 
180
metadata. \n\t* metadata/: contains two metadata files, one related to 
            
173
the data collected in the field for each filter, and the second 
181
the data collected in the field for each filter, and the second 
            
174
related to the sequencing process in the lab (including the tag 
182
related to the sequencing process in the lab (including the tag 
            
175
sequence, library name, and marker information for each sample)\n",
183
sequence, library name, and marker information for each sample)\n",
            
176
  "num_resources": 1,
184
  "num_resources": 1,
            
177
  "num_tags": 7,
185
  "num_tags": 7,
            
178
  "organization": {
186
  "organization": {
            
179
    "approval_status": "approved",
187
    "approval_status": "approved",
            
180
    "created": "2018-12-01T11:59:01.791513",
188
    "created": "2018-12-01T11:59:01.791513",
            
181
    "description": "We are an international research team with diverse 
189
    "description": "We are an international research team with diverse 
            
182
scientific expertise and backgrounds, connected by the goal to 
190
scientific expertise and backgrounds, connected by the goal to 
            
183
understand biodiversity. We study the mechanisms that shape 
191
understand biodiversity. We study the mechanisms that shape 
            
184
biodiversity patterns across spatial and temporal scales - in both 
192
biodiversity patterns across spatial and temporal scales - in both 
            
185
terrestrial and aquatic ecosystems -\u200bsuch as mountain ranges and 
193
terrestrial and aquatic ecosystems -\u200bsuch as mountain ranges and 
            
186
tropical reefs. We use an interdisciplinary approach, whereby we 
194
tropical reefs. We use an interdisciplinary approach, whereby we 
            
187
bridge ecology, evolution, Earth history and global change.\r\nTo make 
195
bridge ecology, evolution, Earth history and global change.\r\nTo make 
            
188
these connections, we collect data through biological monitoring, 
196
these connections, we collect data through biological monitoring, 
            
189
environmental DNA methods, remote sensing, and field sampling, and use 
197
environmental DNA methods, remote sensing, and field sampling, and use 
            
190
these data to answer questions with statistical and 
198
these data to answer questions with statistical and 
            
191
process-\u200bbased models of biological diversity.\r\nOur group is 
199
process-\u200bbased models of biological diversity.\r\nOur group is 
            
192
affiliated with ETH and WSL, but is also associated with Agroscope, 
200
affiliated with ETH and WSL, but is also associated with Agroscope, 
            
193
EAWAG, the European Joint Research Centre and Vogelwarte.",
201
EAWAG, the European Joint Research Centre and Vogelwarte.",
            
194
    "id": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
202
    "id": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
            
195
    "image_url": 
203
    "image_url": 
            
196
le.ethz.ch/_jcr_content/orgbox/image.imageformat.logo.1254626489.png",
204
le.ethz.ch/_jcr_content/orgbox/image.imageformat.logo.1254626489.png",
            
197
    "is_organization": true,
205
    "is_organization": true,
            
198
    "name": "ele-group",
206
    "name": "ele-group",
            
199
    "state": "active",
207
    "state": "active",
            
200
    "title": "Ecosystems and Landscape Evolution",
208
    "title": "Ecosystems and Landscape Evolution",
            
201
    "type": "organization"
209
    "type": "organization"
            
202
  },
210
  },
            
203
  "owner_org": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
211
  "owner_org": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
            
204
  "private": false,
212
  "private": false,
            
205
  "publication": 
213
  "publication": 
            
206
"{\"publisher\":\"EnviDat\",\"publication_year\":\"2024\"}",
214
"{\"publisher\":\"EnviDat\",\"publication_year\":\"2024\"}",
            
207
  "publication_state": "published",
215
  "publication_state": "published",
            
208
  "related_publications": "Muff, Marion, et al. \"Environmental DNA 
216
  "related_publications": "Muff, Marion, et al. \"Environmental DNA 
            
209
highlights fish biodiversity in mesophotic ecosystems.\" Environ. DNA, 
217
highlights fish biodiversity in mesophotic ecosystems.\" Environ. DNA, 
            
210
vol. 5, no. 1, 1 Jan. 2023, pp. 56-72, doi:10.1002/edn3.358.",
218
vol. 5, no. 1, 1 Jan. 2023, pp. 56-72, doi:10.1002/edn3.358.",
            
211
  "relationships_as_object": [],
219
  "relationships_as_object": [],
            
212
  "relationships_as_subject": [],
220
  "relationships_as_subject": [],
            
213
  "resource_type": "dataset",
221
  "resource_type": "dataset",
            
214
  "resource_type_general": "dataset",
222
  "resource_type_general": "dataset",
            
215
  "resources": [
223
  "resources": [
            
216
    {
224
    {
            
217
      "cache_last_updated": null,
225
      "cache_last_updated": null,
            
218
      "cache_url": null,
226
      "cache_url": null,
            
219
      "created": "2024-12-10T15:19:34.794121",
227
      "created": "2024-12-10T15:19:34.794121",
            
220
      "description": "Please use cyberduck to download for the 
228
      "description": "Please use cyberduck to download for the 
            
221
moment",
229
moment",
            
222
      "doi": "",
230
      "doi": "",
            
223
      "format": "csv + fasta",
231
      "format": "csv + fasta",
            
224
      "hash": "",
232
      "hash": "",
            
225
      "id": "add08aff-55fa-4e9d-a96f-014465c2436e",
233
      "id": "add08aff-55fa-4e9d-a96f-014465c2436e",
            
226
      "last_modified": "2024-12-10T16:20:42.072000",
234
      "last_modified": "2024-12-10T16:20:42.072000",
            
227
      "metadata_modified": "2024-12-11T12:00:15.003656",
235
      "metadata_modified": "2024-12-11T12:00:15.003656",
            
228
      "mimetype": null,
236
      "mimetype": null,
            
229
      "mimetype_inner": null,
237
      "mimetype_inner": null,
            
230
      "name": "Data access",
238
      "name": "Data access",
            
231
      "package_id": "27331019-15d4-41c5-b9e4-866c6bc0a96a",
239
      "package_id": "27331019-15d4-41c5-b9e4-866c6bc0a96a",
            
232
      "position": 0,
240
      "position": 0,
            
233
      "publication_state": "",
241
      "publication_state": "",
            
234
      "resource_size": "{\"size_units\": \"gb\", \"size_value\": 
242
      "resource_size": "{\"size_units\": \"gb\", \"size_value\": 
            
235
\"1.6\"}",
243
\"1.6\"}",
            
236
      "resource_type": null,
244
      "resource_type": null,
            
237
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
245
      "restricted": "{\"allowed_users\": \"\", \"level\": \"public\", 
            
238
\"shared_secret\": \"\"}",
246
\"shared_secret\": \"\"}",
            
239
      "size": null,
247
      "size": null,
            
240
      "state": "active",
248
      "state": "active",
            
241
      "url": 
249
      "url": 
            
242
cket=https://envicloud.wsl.ch/edna/&prefix=/ma_fr/ma_fr_lapero_2019/",
250
cket=https://envicloud.wsl.ch/edna/&prefix=/ma_fr/ma_fr_lapero_2019/",
            
243
      "url_type": null
251
      "url_type": null
            
244
    }
252
    }
            
245
  ],
253
  ],
            
246
  "spatial": 
254
  "spatial": 
            
247
ies\":{\"name\":\"environmental-dna-marine-france-laperouse-2019\"}}",
255
ies\":{\"name\":\"environmental-dna-marine-france-laperouse-2019\"}}",
            
248
  "state": "active",
256
  "state": "active",
            
249
  "subtitle": "",
257
  "subtitle": "",
            
250
  "tags": [
258
  "tags": [
            
251
    {
259
    {
            
252
      "display_name": "CORAL REEF",
260
      "display_name": "CORAL REEF",
            
253
      "id": "63718352-c39f-4313-9ca3-bdb1d680dbef",
261
      "id": "63718352-c39f-4313-9ca3-bdb1d680dbef",
            
254
      "name": "CORAL REEF",
262
      "name": "CORAL REEF",
            
255
      "state": "active",
263
      "state": "active",
            
256
      "vocabulary_id": null
264
      "vocabulary_id": null
            
257
    },
265
    },
            
258
    {
266
    {
            
259
      "display_name": "ENVIRONMENTAL DNA",
267
      "display_name": "ENVIRONMENTAL DNA",
            
260
      "id": "db7d5622-d1fc-4d24-91f7-73842c6743b6",
268
      "id": "db7d5622-d1fc-4d24-91f7-73842c6743b6",
            
261
      "name": "ENVIRONMENTAL DNA",
269
      "name": "ENVIRONMENTAL DNA",
            
262
      "state": "active",
270
      "state": "active",
            
263
      "vocabulary_id": null
271
      "vocabulary_id": null
            
264
    },
272
    },
            
265
    {
273
    {
            
266
      "display_name": "FISH COMPOSITION",
274
      "display_name": "FISH COMPOSITION",
            
267
      "id": "4c441df2-c810-49ad-81a3-483b6a9ff2bb",
275
      "id": "4c441df2-c810-49ad-81a3-483b6a9ff2bb",
            
268
      "name": "FISH COMPOSITION",
276
      "name": "FISH COMPOSITION",
            
269
      "state": "active",
277
      "state": "active",
            
270
      "vocabulary_id": null
278
      "vocabulary_id": null
            
271
    },
279
    },
            
272
    {
280
    {
            
273
      "display_name": "INDIAN OCEAN",
281
      "display_name": "INDIAN OCEAN",
            
274
      "id": "064cc0db-d544-453d-98f9-54b9f46fba27",
282
      "id": "064cc0db-d544-453d-98f9-54b9f46fba27",
            
275
      "name": "INDIAN OCEAN",
283
      "name": "INDIAN OCEAN",
            
276
      "state": "active",
284
      "state": "active",
            
277
      "vocabulary_id": null
285
      "vocabulary_id": null
            
278
    },
286
    },
            
279
    {
287
    {
            
280
      "display_name": "LAPEROUSE",
288
      "display_name": "LAPEROUSE",
            
281
      "id": "b5062b96-2335-4fde-b7e5-0b615d947d89",
289
      "id": "b5062b96-2335-4fde-b7e5-0b615d947d89",
            
282
      "name": "LAPEROUSE",
290
      "name": "LAPEROUSE",
            
283
      "state": "active",
291
      "state": "active",
            
284
      "vocabulary_id": null
292
      "vocabulary_id": null
            
285
    },
293
    },
            
286
    {
294
    {
            
287
      "display_name": "MARINE",
295
      "display_name": "MARINE",
            
288
      "id": "1f05d702-5580-40ac-9c9a-47127e050fa7",
296
      "id": "1f05d702-5580-40ac-9c9a-47127e050fa7",
            
289
      "name": "MARINE",
297
      "name": "MARINE",
            
290
      "state": "active",
298
      "state": "active",
            
291
      "vocabulary_id": null
299
      "vocabulary_id": null
            
292
    },
300
    },
            
293
    {
301
    {
            
294
      "display_name": "TELEO",
302
      "display_name": "TELEO",
            
295
      "id": "d67a8d9b-568f-45dc-ac71-fd05228faa6b",
303
      "id": "d67a8d9b-568f-45dc-ac71-fd05228faa6b",
            
296
      "name": "TELEO",
304
      "name": "TELEO",
            
297
      "state": "active",
305
      "state": "active",
            
298
      "vocabulary_id": null
306
      "vocabulary_id": null
            
299
    }
307
    }
            
300
  ],
308
  ],
            
301
  "title": "Environmental DNA Marine France LaPerouse 2019",
309
  "title": "Environmental DNA Marine France LaPerouse 2019",
            
302
  "type": "dataset",
310
  "type": "dataset",
            
303
  "url": null
311
  "url": null
            
304
}
312
}