Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "[{\"given_name\": \"Flurin\", \"name\": \"Leugger\", 
2
  "author": "[{\"given_name\": \"Flurin\", \"name\": \"Leugger\", 
            
3
\"email\": \"flurin.leugger@usys.ethz.ch\", \"data_credit\": 
3
\"email\": \"flurin.leugger@usys.ethz.ch\", \"data_credit\": 
            
4
[\"software\", \"curation\", \"collection\", \"validation\", 
4
[\"software\", \"curation\", \"collection\", \"validation\", 
            
5
\"publication\"], \"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"WSL / 
5
\"publication\"], \"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"WSL / 
            
6
ETH\"}, {\"given_name\": \"Martina\", \"name\": \"L\\u00fcthi\", 
6
ETH\"}, {\"given_name\": \"Martina\", \"name\": \"L\\u00fcthi\", 
            
7
\"email\": \"martina.luethi@usys.ethz.ch\", \"data_credit\": 
7
\"email\": \"martina.luethi@usys.ethz.ch\", \"data_credit\": 
            
8
[\"publication\", \"curation\", \"validation\", \"collection\", 
8
[\"publication\", \"curation\", \"validation\", \"collection\", 
            
9
\"supervision\"], \"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"ETH / 
9
\"supervision\"], \"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"ETH / 
            
10
WSL\"}, {\"given_name\": \"Michel\", \"name\": \"Schmidlin\", 
10
WSL\"}, {\"given_name\": \"Michel\", \"name\": \"Schmidlin\", 
            
11
\"email\": \"michelschmidlin@gmail.com\", \"data_credit\": 
11
\"email\": \"michelschmidlin@gmail.com\", \"data_credit\": 
            
12
[\"publication\", \"collection\", \"validation\"], \"identifier\": 
12
[\"publication\", \"collection\", \"validation\"], \"identifier\": 
            
13
\"\", \"affiliation\": \"ETH/WSL\"}, {\"given_name\": \"Zacharias\", 
13
\"\", \"affiliation\": \"ETH/WSL\"}, {\"given_name\": \"Zacharias\", 
            
14
\"name\": \"Kontarakis\", \"email\": 
14
\"name\": \"Kontarakis\", \"email\": 
            
15
\"zacharias.kontarakis@fgcz.ethz.ch\", \"data_credit\": 
15
\"zacharias.kontarakis@fgcz.ethz.ch\", \"data_credit\": 
            
16
[\"publication\", \"supervision\", \"validation\", \"curation\"], 
16
[\"publication\", \"supervision\", \"validation\", \"curation\"], 
            
17
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"ETH\"}, {\"given_name\": 
17
\"identifier\": \"\", \"affiliation\": \"ETH\"}, {\"given_name\": 
            
18
\"Lo\\u00efc\", \"name\": \"Pellissier\", \"email\": 
18
\"Lo\\u00efc\", \"name\": \"Pellissier\", \"email\": 
            
19
\"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", \"data_credit\": [\"publication\", 
19
\"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", \"data_credit\": [\"publication\", 
            
20
\"supervision\", \"validation\", \"curation\"], \"identifier\": 
20
\"supervision\", \"validation\", \"curation\"], \"identifier\": 
            
21
\"0000-0002-2289-8259 \", \"affiliation\": \"Ecosystems and Landscape 
21
\"0000-0002-2289-8259 \", \"affiliation\": \"Ecosystems and Landscape 
            
22
Evolution, Dep. of Environmental Systems Science, ETH Zurich\"}]",
22
Evolution, Dep. of Environmental Systems Science, ETH Zurich\"}]",
            
23
  "author_email": null,
23
  "author_email": null,
            
24
  "creator_user_id": "29b58075-315f-4aa2-bfff-425ea9553e90",
24
  "creator_user_id": "29b58075-315f-4aa2-bfff-425ea9553e90",
            
25
  "date": 
25
  "date": 
            
26
:\"collected\",\"date\":\"2023-10-30\",\"end_date\":\"2023-11-10\"}]",
26
:\"collected\",\"date\":\"2023-10-30\",\"end_date\":\"2023-11-10\"}]",
            
27
  "doi": "10.16904/envidat.560",
27
  "doi": "10.16904/envidat.560",
            
28
  "funding": 
28
  "funding": 
            
29
\",\"institution_url\":\"https://data.snf.ch/grants/grant/203550\"}]",
29
\",\"institution_url\":\"https://data.snf.ch/grants/grant/203550\"}]",
            
30
  "groups": [],
30
  "groups": [],
            
31
  "id": "4a99830f-a254-4179-a490-d7ca76c5ed56",
31
  "id": "4a99830f-a254-4179-a490-d7ca76c5ed56",
            
32
  "isopen": true,
32
  "isopen": true,
            
33
  "license_id": "cc-by-sa",
33
  "license_id": "cc-by-sa",
            
34
  "license_title": "Creative Commons Attribution Share-Alike 
34
  "license_title": "Creative Commons Attribution Share-Alike 
            
35
(CC-BY-SA)",
35
(CC-BY-SA)",
            
36
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/",
36
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/",
            
37
  "maintainer": 
37
  "maintainer": 
            
38
ugger@usys.ethz.ch\",\"given_name\":\"Flurin\",\"name\":\"Leugger\"}",
38
ugger@usys.ethz.ch\",\"given_name\":\"Flurin\",\"name\":\"Leugger\"}",
            
39
  "maintainer_email": null,
39
  "maintainer_email": null,
            
40
  "metadata_created": "2024-11-27T16:58:50.243757",
40
  "metadata_created": "2024-11-27T16:58:50.243757",
            
n
41
  "metadata_modified": "2024-11-29T06:46:41.040275",
n
41
  "metadata_modified": "2025-03-04T10:59:24.567965",
            
42
  "name": 
42
  "name": 
            
43
d-edna-analysis-to-detect-the-threatened-and-elusive-african-manatee",
43
d-edna-analysis-to-detect-the-threatened-and-elusive-african-manatee",
            
44
  "notes": "# Data associated to the publication \"Rapid field-based 
44
  "notes": "# Data associated to the publication \"Rapid field-based 
            
45
detection of a threatened and elusive species with environmental DNA 
45
detection of a threatened and elusive species with environmental DNA 
            
46
and CRISPR-Dx\"\n\n<br> \n\n## Authors:\n\n<br>\n\nFlurin Leugger, 
46
and CRISPR-Dx\"\n\n<br> \n\n## Authors:\n\n<br>\n\nFlurin Leugger, 
            
47
Martina L\u00fcthi, Michel Schmidlin, Zacharias Kontarakis and 
47
Martina L\u00fcthi, Michel Schmidlin, Zacharias Kontarakis and 
            
48
Lo\u00efc Pellissier\n\n<br>\n\n## 
48
Lo\u00efc Pellissier\n\n<br>\n\n## 
            
49
n\nflurinleugger@gmail.com\nloic.pellissier@usys.ethz.ch\n\n<br>\n\n## 
49
n\nflurinleugger@gmail.com\nloic.pellissier@usys.ethz.ch\n\n<br>\n\n## 
            
50
Project description:\n\n<br>\n\nWe collected eDNA samples in the 
50
Project description:\n\n<br>\n\nWe collected eDNA samples in the 
            
51
Conkouati-Douli National Park in the Republic of Congo in 2023 in 
51
Conkouati-Douli National Park in the Republic of Congo in 2023 in 
            
52
collaboration with Beauval Nature and HELP Congo. We analyzed the 
52
collaboration with Beauval Nature and HELP Congo. We analyzed the 
            
53
samples on site in the national park using CRISPR-Dx assays to detect 
53
samples on site in the national park using CRISPR-Dx assays to detect 
            
54
the African manatee (*Trichechus senegalensis*). Additionally, we 
54
the African manatee (*Trichechus senegalensis*). Additionally, we 
            
55
transported the remaining samples (buffer) to Switzerland and used a 
55
transported the remaining samples (buffer) to Switzerland and used a 
            
56
high-sensitivity protocol with CRISPR-Dx assays and a qPCR assay to 
56
high-sensitivity protocol with CRISPR-Dx assays and a qPCR assay to 
            
57
verify the field-based detections. The qPCR of Hunter et al. (2018) 
57
verify the field-based detections. The qPCR of Hunter et al. (2018) 
            
58
detects the genus manatee (Trichechus). See publication for more 
58
detects the genus manatee (Trichechus). See publication for more 
            
59
details (doi will be added after publication).\n\n<br>\n\n## 
59
details (doi will be added after publication).\n\n<br>\n\n## 
            
60
Folders:\n\n<br>\n\n### lateral_flow_tests_images\\:\n\n<br>\n\nImages 
60
Folders:\n\n<br>\n\n### lateral_flow_tests_images\\:\n\n<br>\n\nImages 
            
61
of the lateral flow tests used to analyze the eDNA extracts in the 
61
of the lateral flow tests used to analyze the eDNA extracts in the 
            
62
national park. File names correspond to the site names. At each site, 
62
national park. File names correspond to the site names. At each site, 
            
63
we took two filter replicates. We ran 8 PCRs per filter/extract and 
63
we took two filter replicates. We ran 8 PCRs per filter/extract and 
            
64
pooled two PCRs together, resulting in 4 CRISPR-Dx assays per extract. 
64
pooled two PCRs together, resulting in 4 CRISPR-Dx assays per extract. 
            
65
The EVE number on top of the tests indicates the environmental extract 
65
The EVE number on top of the tests indicates the environmental extract 
            
66
number we use to track the extracts in our data base. It corresponds 
66
number we use to track the extracts in our data base. It corresponds 
            
67
to the extract_number_field_based in the metadata and data folder. The 
67
to the extract_number_field_based in the metadata and data folder. The 
            
68
negative extraction control with the strongest \"band\" was placed 
68
negative extraction control with the strongest \"band\" was placed 
            
69
right to the eDNA extract on each image (labelled hand written with NC 
69
right to the eDNA extract on each image (labelled hand written with NC 
            
70
x.y).\n\n<br>\n\n### metadata\\:\n\n<br>\n\nFile containing overview 
70
x.y).\n\n<br>\n\n### metadata\\:\n\n<br>\n\nFile containing overview 
            
71
of site names and extract number (field-based or lab-based 
71
of site names and extract number (field-based or lab-based 
            
72
extraction). The extract_number_field_based corresponds to the 
72
extraction). The extract_number_field_based corresponds to the 
            
73
identically called column in CRISPR_field_based_classifications.csv 
73
identically called column in CRISPR_field_based_classifications.csv 
            
74
file, as the extract_number_lab_based to the column in the file 
74
file, as the extract_number_lab_based to the column in the file 
            
75
CRISPR_lab_based_classifications.csv file and the 
75
CRISPR_lab_based_classifications.csv file and the 
            
76
qPCR_Cp_2nd_derivative.csv file. The file includes the GPS coordinates 
76
qPCR_Cp_2nd_derivative.csv file. The file includes the GPS coordinates 
            
77
of the sampling location (transect start point).\n\n<br>\n\n### 
77
of the sampling location (transect start point).\n\n<br>\n\n### 
            
78
data\\:\n\n<br>\n\nFolder containing the files with Cp values (qPCR) 
78
data\\:\n\n<br>\n\nFolder containing the files with Cp values (qPCR) 
            
79
and the CRISPR-Dx classifications. 
79
and the CRISPR-Dx classifications. 
            
80
CRISPR_field_based_classifications.csv file contains the 
80
CRISPR_field_based_classifications.csv file contains the 
            
81
classifications per pool per extract (0: no detection, 1: detection) 
81
classifications per pool per extract (0: no detection, 1: detection) 
            
82
for the African manatee (Trichechus 
82
for the African manatee (Trichechus 
            
83
senegalensis).\nCRISPR_lab_based_classifications.csv file contains the 
83
senegalensis).\nCRISPR_lab_based_classifications.csv file contains the 
            
84
classifications per pool per extract (0: no detection, 1: 
84
classifications per pool per extract (0: no detection, 1: 
            
85
detection).\nqPCR_Cp_2nd_derivative.csv file contains the Cp value of 
85
detection).\nqPCR_Cp_2nd_derivative.csv file contains the Cp value of 
            
86
the 8 replicates of each extract. \n",
86
the 8 replicates of each extract. \n",
            
87
  "num_resources": 4,
87
  "num_resources": 4,
            
88
  "num_tags": 9,
88
  "num_tags": 9,
            
89
  "organization": {
89
  "organization": {
            
90
    "approval_status": "approved",
90
    "approval_status": "approved",
            
91
    "created": "2018-12-01T11:59:01.791513",
91
    "created": "2018-12-01T11:59:01.791513",
            
92
    "description": "We are an international research team with diverse 
92
    "description": "We are an international research team with diverse 
            
93
scientific expertise and backgrounds, connected by the goal to 
93
scientific expertise and backgrounds, connected by the goal to 
            
94
understand biodiversity. We study the mechanisms that shape 
94
understand biodiversity. We study the mechanisms that shape 
            
95
biodiversity patterns across spatial and temporal scales - in both 
95
biodiversity patterns across spatial and temporal scales - in both 
            
96
terrestrial and aquatic ecosystems -\u200bsuch as mountain ranges and 
96
terrestrial and aquatic ecosystems -\u200bsuch as mountain ranges and 
            
97
tropical reefs. We use an interdisciplinary approach, whereby we 
97
tropical reefs. We use an interdisciplinary approach, whereby we 
            
98
bridge ecology, evolution, Earth history and global change.\r\nTo make 
98
bridge ecology, evolution, Earth history and global change.\r\nTo make 
            
99
these connections, we collect data through biological monitoring, 
99
these connections, we collect data through biological monitoring, 
            
100
environmental DNA methods, remote sensing, and field sampling, and use 
100
environmental DNA methods, remote sensing, and field sampling, and use 
            
101
these data to answer questions with statistical and 
101
these data to answer questions with statistical and 
            
102
process-\u200bbased models of biological diversity.\r\nOur group is 
102
process-\u200bbased models of biological diversity.\r\nOur group is 
            
103
affiliated with ETH and WSL, but is also associated with Agroscope, 
103
affiliated with ETH and WSL, but is also associated with Agroscope, 
            
104
EAWAG, the European Joint Research Centre and Vogelwarte.",
104
EAWAG, the European Joint Research Centre and Vogelwarte.",
            
105
    "id": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
105
    "id": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
            
106
    "image_url": 
106
    "image_url": 
            
107
le.ethz.ch/_jcr_content/orgbox/image.imageformat.logo.1254626489.png",
107
le.ethz.ch/_jcr_content/orgbox/image.imageformat.logo.1254626489.png",
            
108
    "is_organization": true,
108
    "is_organization": true,
            
109
    "name": "ele-group",
109
    "name": "ele-group",
            
110
    "state": "active",
110
    "state": "active",
            
111
    "title": "Ecosystems and Landscape Evolution",
111
    "title": "Ecosystems and Landscape Evolution",
            
112
    "type": "organization"
112
    "type": "organization"
            
113
  },
113
  },
            
114
  "owner_org": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
114
  "owner_org": "153392ee-d556-4b16-a330-dedb177e87f9",
            
115
  "private": false,
115
  "private": false,
            
116
  "publication": 
116
  "publication": 
            
117
"{\"publisher\":\"EnviDat\",\"publication_year\":\"2024\"}",
117
"{\"publisher\":\"EnviDat\",\"publication_year\":\"2024\"}",
            
118
  "publication_state": "published",
118
  "publication_state": "published",
            
119
  "relationships_as_object": [],
119
  "relationships_as_object": [],
            
120
  "relationships_as_subject": [],
120
  "relationships_as_subject": [],
            
121
  "resource_type": "dataset",
121
  "resource_type": "dataset",
            
122
  "resource_type_general": "dataset",
122
  "resource_type_general": "dataset",
            
123
  "resources": [
123
  "resources": [
            
124
    {
124
    {
            
125
      "cache_last_updated": null,
125
      "cache_last_updated": null,
            
126
      "cache_url": null,
126
      "cache_url": null,
            
127
      "created": "2024-11-28T13:25:32.642620",
127
      "created": "2024-11-28T13:25:32.642620",
            
128
      "description": "Description of project and folders and files",
128
      "description": "Description of project and folders and files",
            
129
      "doi": "",
129
      "doi": "",
            
130
      "format": "TXT",
130
      "format": "TXT",
            
131
      "hash": "",
131
      "hash": "",
            
132
      "id": "ad00caf8-bff2-4b98-be8b-122329cee39e",
132
      "id": "ad00caf8-bff2-4b98-be8b-122329cee39e",
            
133
      "last_modified": "2024-11-28T14:25:59.671000",
133
      "last_modified": "2024-11-28T14:25:59.671000",
            
134
      "metadata_modified": "2024-11-28T13:26:00.328522",
134
      "metadata_modified": "2024-11-28T13:26:00.328522",
            
135
      "mimetype": "text/plain",
135
      "mimetype": "text/plain",
            
136
      "mimetype_inner": null,
136
      "mimetype_inner": null,
            
137
      "name": "Readme.txt",
137
      "name": "Readme.txt",
            
138
      "package_id": "4a99830f-a254-4179-a490-d7ca76c5ed56",
138
      "package_id": "4a99830f-a254-4179-a490-d7ca76c5ed56",
            
139
      "position": 0,
139
      "position": 0,
            
140
      "resource_size": "{\"size_value\":\"\",\"size_units\":\"\"}",
140
      "resource_size": "{\"size_value\":\"\",\"size_units\":\"\"}",
            
141
      "resource_type": null,
141
      "resource_type": null,
            
142
      "restricted": 
142
      "restricted": 
            
143
{\"level\":\"public\",\"allowed_users\":\"\",\"shared_secret\":\"\"}",
143
{\"level\":\"public\",\"allowed_users\":\"\",\"shared_secret\":\"\"}",
            
144
      "size": 2387,
144
      "size": 2387,
            
145
      "state": "active",
145
      "state": "active",
            
146
      "url": 
146
      "url": 
            
147
56/resource/ad00caf8-bff2-4b98-be8b-122329cee39e/download/readme.txt",
147
56/resource/ad00caf8-bff2-4b98-be8b-122329cee39e/download/readme.txt",
            
148
      "url_type": "upload"
148
      "url_type": "upload"
            
149
    },
149
    },
            
150
    {
150
    {
            
151
      "cache_last_updated": null,
151
      "cache_last_updated": null,
            
152
      "cache_url": null,
152
      "cache_url": null,
            
153
      "created": "2024-11-28T13:26:13.642289",
153
      "created": "2024-11-28T13:26:13.642289",
            
154
      "description": "Folder containing the data files with Cp values 
154
      "description": "Folder containing the data files with Cp values 
            
155
(qPCR) and the CRISPR-Dx classifications. 
155
(qPCR) and the CRISPR-Dx classifications. 
            
156
CRISPR_field_based_classifications.csv file contains the 
156
CRISPR_field_based_classifications.csv file contains the 
            
157
classifications per pool per extract (0: no detection, 1: detection) 
157
classifications per pool per extract (0: no detection, 1: detection) 
            
158
for the African manatee (Trichechus 
158
for the African manatee (Trichechus 
            
159
senegalensis).\nCRISPR_lab_based_classifications.csv file contains the 
159
senegalensis).\nCRISPR_lab_based_classifications.csv file contains the 
            
160
classifications per pool per extract (0: no detection, 1: 
160
classifications per pool per extract (0: no detection, 1: 
            
161
detection).\nqPCR_Cp_2nd_derivative.csv file contains the Cp value of 
161
detection).\nqPCR_Cp_2nd_derivative.csv file contains the Cp value of 
            
162
the 8 replicates of each extract. ",
162
the 8 replicates of each extract. ",
            
163
      "doi": "",
163
      "doi": "",
            
164
      "format": "ZIP",
164
      "format": "ZIP",
            
165
      "hash": "",
165
      "hash": "",
            
166
      "id": "0b379b83-6480-4aca-b189-ff2435deb297",
166
      "id": "0b379b83-6480-4aca-b189-ff2435deb297",
            
167
      "last_modified": "2024-11-28T14:26:41.667000",
167
      "last_modified": "2024-11-28T14:26:41.667000",
            
168
      "metadata_modified": "2024-11-28T13:26:42.314004",
168
      "metadata_modified": "2024-11-28T13:26:42.314004",
            
169
      "mimetype": "application/zip",
169
      "mimetype": "application/zip",
            
170
      "mimetype_inner": null,
170
      "mimetype_inner": null,
            
171
      "name": "data.zip",
171
      "name": "data.zip",
            
172
      "package_id": "4a99830f-a254-4179-a490-d7ca76c5ed56",
172
      "package_id": "4a99830f-a254-4179-a490-d7ca76c5ed56",
            
173
      "position": 1,
173
      "position": 1,
            
174
      "resource_size": "{\"size_value\":\"\",\"size_units\":\"\"}",
174
      "resource_size": "{\"size_value\":\"\",\"size_units\":\"\"}",
            
175
      "resource_type": null,
175
      "resource_type": null,
            
176
      "restricted": 
176
      "restricted": 
            
177
{\"level\":\"public\",\"allowed_users\":\"\",\"shared_secret\":\"\"}",
177
{\"level\":\"public\",\"allowed_users\":\"\",\"shared_secret\":\"\"}",
            
178
      "size": 2126,
178
      "size": 2126,
            
179
      "state": "active",
179
      "state": "active",
            
180
      "url": 
180
      "url": 
            
181
ed56/resource/0b379b83-6480-4aca-b189-ff2435deb297/download/data.zip",
181
ed56/resource/0b379b83-6480-4aca-b189-ff2435deb297/download/data.zip",
            
182
      "url_type": "upload"
182
      "url_type": "upload"
            
183
    },
183
    },
            
184
    {
184
    {
            
185
      "cache_last_updated": null,
185
      "cache_last_updated": null,
            
186
      "cache_url": null,
186
      "cache_url": null,
            
187
      "created": "2024-11-28T13:27:04.698308",
187
      "created": "2024-11-28T13:27:04.698308",
            
188
      "description": "File containing overview of site names and 
188
      "description": "File containing overview of site names and 
            
189
extract number (field-based or lab-based extraction). The 
189
extract number (field-based or lab-based extraction). The 
            
190
extract_number_field_based corresponds to the identically called 
190
extract_number_field_based corresponds to the identically called 
            
191
column in CRISPR_field_based_classifications.csv file in the data 
191
column in CRISPR_field_based_classifications.csv file in the data 
            
192
folder, as the extract_number_lab_based to the column in the file 
192
folder, as the extract_number_lab_based to the column in the file 
            
193
CRISPR_lab_based_classifications.csv file and the 
193
CRISPR_lab_based_classifications.csv file and the 
            
194
qPCR_Cp_2nd_derivative.csv file (also in the data folder). The file 
194
qPCR_Cp_2nd_derivative.csv file (also in the data folder). The file 
            
195
includes the GPS coordinates of the sampling location (transect start 
195
includes the GPS coordinates of the sampling location (transect start 
            
196
point).",
196
point).",
            
197
      "doi": "",
197
      "doi": "",
            
198
      "format": "ZIP",
198
      "format": "ZIP",
            
199
      "hash": "",
199
      "hash": "",
            
200
      "id": "8501e9b9-e55f-49de-86ac-0754f15579dd",
200
      "id": "8501e9b9-e55f-49de-86ac-0754f15579dd",
            
201
      "last_modified": "2024-11-28T14:27:38.275000",
201
      "last_modified": "2024-11-28T14:27:38.275000",
            
202
      "metadata_modified": "2024-11-28T13:27:38.944594",
202
      "metadata_modified": "2024-11-28T13:27:38.944594",
            
203
      "mimetype": "application/zip",
203
      "mimetype": "application/zip",
            
204
      "mimetype_inner": null,
204
      "mimetype_inner": null,
            
205
      "name": "metadata.zip",
205
      "name": "metadata.zip",
            
206
      "package_id": "4a99830f-a254-4179-a490-d7ca76c5ed56",
206
      "package_id": "4a99830f-a254-4179-a490-d7ca76c5ed56",
            
207
      "position": 2,
207
      "position": 2,
            
208
      "resource_size": "{\"size_value\":\"\",\"size_units\":\"\"}",
208
      "resource_size": "{\"size_value\":\"\",\"size_units\":\"\"}",
            
209
      "resource_type": null,
209
      "resource_type": null,
            
210
      "restricted": 
210
      "restricted": 
            
211
{\"level\":\"public\",\"allowed_users\":\"\",\"shared_secret\":\"\"}",
211
{\"level\":\"public\",\"allowed_users\":\"\",\"shared_secret\":\"\"}",
            
212
      "size": 10066,
212
      "size": 10066,
            
213
      "state": "active",
213
      "state": "active",
            
214
      "url": 
214
      "url": 
            
215
/resource/8501e9b9-e55f-49de-86ac-0754f15579dd/download/metadata.zip",
215
/resource/8501e9b9-e55f-49de-86ac-0754f15579dd/download/metadata.zip",
            
216
      "url_type": "upload"
216
      "url_type": "upload"
            
217
    },
217
    },
            
218
    {
218
    {
            
219
      "cache_last_updated": null,
219
      "cache_last_updated": null,
            
220
      "cache_url": null,
220
      "cache_url": null,
            
221
      "created": "2024-11-28T13:27:45.362645",
221
      "created": "2024-11-28T13:27:45.362645",
            
222
      "description": "Images of the lateral flow tests used to analyze 
222
      "description": "Images of the lateral flow tests used to analyze 
            
223
the eDNA extracts in the national park. File names correspond to the 
223
the eDNA extracts in the national park. File names correspond to the 
            
224
site names. At each site, we took two filter replicates. We ran 8 PCRs 
224
site names. At each site, we took two filter replicates. We ran 8 PCRs 
            
225
per filter/extract and pooled two PCRs together, resulting in 4 
225
per filter/extract and pooled two PCRs together, resulting in 4 
            
226
CRISPR-Dx assays per extract. The EVE number on top of the tests 
226
CRISPR-Dx assays per extract. The EVE number on top of the tests 
            
227
indicates the environmental extract number we use to track the 
227
indicates the environmental extract number we use to track the 
            
228
extracts in our data base. It corresponds to the 
228
extracts in our data base. It corresponds to the 
            
229
extract_number_field_based in the metadata and data folder. The 
229
extract_number_field_based in the metadata and data folder. The 
            
230
negative extraction control with the strongest \"band\" was placed 
230
negative extraction control with the strongest \"band\" was placed 
            
231
right to the eDNA extract on each image (labelled hand written with NC 
231
right to the eDNA extract on each image (labelled hand written with NC 
            
232
x.y).",
232
x.y).",
            
233
      "doi": "",
233
      "doi": "",
            
234
      "format": "ZIP",
234
      "format": "ZIP",
            
235
      "hash": "",
235
      "hash": "",
            
236
      "id": "196f5458-7ced-49e3-a693-357ee2816f5a",
236
      "id": "196f5458-7ced-49e3-a693-357ee2816f5a",
            
237
      "last_modified": "2024-11-29T07:46:18.177000",
237
      "last_modified": "2024-11-29T07:46:18.177000",
            
238
      "metadata_modified": "2024-11-29T06:46:18.885115",
238
      "metadata_modified": "2024-11-29T06:46:18.885115",
            
239
      "mimetype": "application/zip",
239
      "mimetype": "application/zip",
            
240
      "mimetype_inner": null,
240
      "mimetype_inner": null,
            
241
      "name": "lateral_flow_tests_images.zip",
241
      "name": "lateral_flow_tests_images.zip",
            
242
      "package_id": "4a99830f-a254-4179-a490-d7ca76c5ed56",
242
      "package_id": "4a99830f-a254-4179-a490-d7ca76c5ed56",
            
243
      "position": 3,
243
      "position": 3,
            
244
      "resource_size": "{\"size_value\":\"\",\"size_units\":\"\"}",
244
      "resource_size": "{\"size_value\":\"\",\"size_units\":\"\"}",
            
245
      "resource_type": null,
245
      "resource_type": null,
            
246
      "restricted": 
246
      "restricted": 
            
247
{\"level\":\"public\",\"allowed_users\":\"\",\"shared_secret\":\"\"}",
247
{\"level\":\"public\",\"allowed_users\":\"\",\"shared_secret\":\"\"}",
            
248
      "size": 7430379,
248
      "size": 7430379,
            
249
      "state": "active",
249
      "state": "active",
            
250
      "url": 
250
      "url": 
            
251
8-7ced-49e3-a693-357ee2816f5a/download/lateral_flow_tests_images.zip",
251
8-7ced-49e3-a693-357ee2816f5a/download/lateral_flow_tests_images.zip",
            
252
      "url_type": "upload"
252
      "url_type": "upload"
            
253
    }
253
    }
            
254
  ],
254
  ],
            
255
  "spatial": 
255
  "spatial": 
            
256
na-analysis-to-detect-the-threatened-and-elusive-african-manatee\"}}",
256
na-analysis-to-detect-the-threatened-and-elusive-african-manatee\"}}",
            
257
  "state": "active",
257
  "state": "active",
            
258
  "subtitle": "",
258
  "subtitle": "",
            
259
  "tags": [
259
  "tags": [
            
260
    {
260
    {
            
261
      "display_name": "AFRICAN MANATEE",
261
      "display_name": "AFRICAN MANATEE",
            
262
      "id": "9493502c-2508-4a56-9848-eb579cced28a",
262
      "id": "9493502c-2508-4a56-9848-eb579cced28a",
            
263
      "name": "AFRICAN MANATEE",
263
      "name": "AFRICAN MANATEE",
            
264
      "state": "active",
264
      "state": "active",
            
265
      "vocabulary_id": null
265
      "vocabulary_id": null
            
266
    },
266
    },
            
267
    {
267
    {
            
268
      "display_name": "BIODIVERSITY MONITORING",
268
      "display_name": "BIODIVERSITY MONITORING",
            
269
      "id": "0ac3ee66-a65c-4d9a-ad05-b5b4193279da",
269
      "id": "0ac3ee66-a65c-4d9a-ad05-b5b4193279da",
            
270
      "name": "BIODIVERSITY MONITORING",
270
      "name": "BIODIVERSITY MONITORING",
            
271
      "state": "active",
271
      "state": "active",
            
272
      "vocabulary_id": null
272
      "vocabulary_id": null
            
273
    },
273
    },
            
274
    {
274
    {
            
275
      "display_name": "CRISPR-CAS",
275
      "display_name": "CRISPR-CAS",
            
276
      "id": "f94b68a2-d5c5-4dc7-b4d7-4b39fc27c86c",
276
      "id": "f94b68a2-d5c5-4dc7-b4d7-4b39fc27c86c",
            
277
      "name": "CRISPR-CAS",
277
      "name": "CRISPR-CAS",
            
278
      "state": "active",
278
      "state": "active",
            
279
      "vocabulary_id": null
279
      "vocabulary_id": null
            
280
    },
280
    },
            
281
    {
281
    {
            
282
      "display_name": "CRISPR-DX",
282
      "display_name": "CRISPR-DX",
            
283
      "id": "513b7a58-17f4-49d4-ae86-26713e2fcacd",
283
      "id": "513b7a58-17f4-49d4-ae86-26713e2fcacd",
            
284
      "name": "CRISPR-DX",
284
      "name": "CRISPR-DX",
            
285
      "state": "active",
285
      "state": "active",
            
286
      "vocabulary_id": null
286
      "vocabulary_id": null
            
287
    },
287
    },
            
288
    {
288
    {
            
289
      "display_name": "EDNA",
289
      "display_name": "EDNA",
            
290
      "id": "dab1a17e-9bf9-4e0a-9a60-c3ca8f8a9154",
290
      "id": "dab1a17e-9bf9-4e0a-9a60-c3ca8f8a9154",
            
291
      "name": "EDNA",
291
      "name": "EDNA",
            
292
      "state": "active",
292
      "state": "active",
            
293
      "vocabulary_id": null
293
      "vocabulary_id": null
            
294
    },
294
    },
            
295
    {
295
    {
            
296
      "display_name": "ENVIRONMENTAL DNA",
296
      "display_name": "ENVIRONMENTAL DNA",
            
297
      "id": "db7d5622-d1fc-4d24-91f7-73842c6743b6",
297
      "id": "db7d5622-d1fc-4d24-91f7-73842c6743b6",
            
298
      "name": "ENVIRONMENTAL DNA",
298
      "name": "ENVIRONMENTAL DNA",
            
299
      "state": "active",
299
      "state": "active",
            
300
      "vocabulary_id": null
300
      "vocabulary_id": null
            
301
    },
301
    },
            
302
    {
302
    {
            
303
      "display_name": "FIELD-BASED PROTOCOL",
303
      "display_name": "FIELD-BASED PROTOCOL",
            
304
      "id": "3fbda4ad-4504-4b3b-9ea5-d6fea74d8730",
304
      "id": "3fbda4ad-4504-4b3b-9ea5-d6fea74d8730",
            
305
      "name": "FIELD-BASED PROTOCOL",
305
      "name": "FIELD-BASED PROTOCOL",
            
306
      "state": "active",
306
      "state": "active",
            
307
      "vocabulary_id": null
307
      "vocabulary_id": null
            
308
    },
308
    },
            
309
    {
309
    {
            
310
      "display_name": "QPCR",
310
      "display_name": "QPCR",
            
311
      "id": "07ca9de3-732c-4f4b-9458-6bb5aaa124b2",
311
      "id": "07ca9de3-732c-4f4b-9458-6bb5aaa124b2",
            
312
      "name": "QPCR",
312
      "name": "QPCR",
            
313
      "state": "active",
313
      "state": "active",
            
314
      "vocabulary_id": null
314
      "vocabulary_id": null
            
315
    },
315
    },
            
316
    {
316
    {
            
317
      "display_name": "THREATENED SPECIES",
317
      "display_name": "THREATENED SPECIES",
            
318
      "id": "3429571a-7a40-4cf4-aa0d-ea6f69879ca7",
318
      "id": "3429571a-7a40-4cf4-aa0d-ea6f69879ca7",
            
319
      "name": "THREATENED SPECIES",
319
      "name": "THREATENED SPECIES",
            
320
      "state": "active",
320
      "state": "active",
            
321
      "vocabulary_id": null
321
      "vocabulary_id": null
            
322
    }
322
    }
            
323
  ],
323
  ],
            
324
  "title": "Field-based eDNA analysis to detect the threatened and 
324
  "title": "Field-based eDNA analysis to detect the threatened and 
            
325
elusive African manatee",
325
elusive African manatee",
            
326
  "type": "dataset",
326
  "type": "dataset",
            
t
327
  "url": null
t
327
  "url": null,
            
328
  "version": "1.0"
            
328
}
329
}