Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "author": "[{\"affiliation\": \"Swiss Federal Research Institute for 
2
  "author": "[{\"affiliation\": \"Swiss Federal Research Institute for 
            
3
Forest, Snow and Landscape (WSL)\", \"affiliation_02\": \"ETH 
3
Forest, Snow and Landscape (WSL)\", \"affiliation_02\": \"ETH 
            
4
Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
4
Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
            
5
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\"], 
5
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\"], 
            
6
\"email\": \"alexander.skeels@usys.ethz.ch\", \"given_name\": 
6
\"email\": \"alexander.skeels@usys.ethz.ch\", \"given_name\": 
            
7
\"Alexander\", \"identifier\": \"\", \"name\": \"Skeels\"}, 
7
\"Alexander\", \"identifier\": \"\", \"name\": \"Skeels\"}, 
            
8
{\"affiliation\": \"German Centre for Integrative Biodiversity 
8
{\"affiliation\": \"German Centre for Integrative Biodiversity 
            
9
Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", \"affiliation_02\": \"ETH 
9
Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", \"affiliation_02\": \"ETH 
            
10
Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
10
Zurich\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
            
11
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\"], 
11
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\"], 
            
12
\"email\": \"oskar@hagen.bio\", \"given_name\": \"Oskar\", 
12
\"email\": \"oskar@hagen.bio\", \"given_name\": \"Oskar\", 
            
13
\"identifier\": \"0000-0002-7931-6571\", \"name\": \"Hagen\"}, 
13
\"identifier\": \"0000-0002-7931-6571\", \"name\": \"Hagen\"}, 
            
14
{\"affiliation\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_02\": \"Swiss Federal 
14
{\"affiliation\": \"ETH Zurich\", \"affiliation_02\": \"Swiss Federal 
            
15
Research Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", 
15
Research Institute for Forest, Snow and Landscape (WSL)\", 
            
16
\"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
16
\"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": [\"collection\", 
            
17
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\", 
17
\"validation\", \"curation\", \"software\", \"publication\", 
            
18
\"supervision\"], \"email\": \"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", 
18
\"supervision\"], \"email\": \"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", 
            
19
\"given_name\": \"Loic\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
19
\"given_name\": \"Loic\", \"identifier\": \"\", \"name\": 
            
20
\"Pellissier\"}, {\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
20
\"Pellissier\"}, {\"affiliation\": \"German Centre for Integrative 
            
21
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
21
Biodiversity Research Halle\\u2013Jena\\u2013Leipzig\", 
            
22
\"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
22
\"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", \"data_credit\": 
            
23
[\"collection\", \"publication\"], \"email\": 
23
[\"collection\", \"publication\"], \"email\": 
            
24
\"renske.onstein@idiv.de\", \"given_name\": \"Renske\", 
24
\"renske.onstein@idiv.de\", \"given_name\": \"Renske\", 
            
25
\"identifier\": \"0000-0002-2295-3510\", \"name\": \"Onstein\"}, 
25
\"identifier\": \"0000-0002-2295-3510\", \"name\": \"Onstein\"}, 
            
26
{\"affiliation\": \"Department of Ecology and Evolutionary Biology, 
26
{\"affiliation\": \"Department of Ecology and Evolutionary Biology, 
            
27
Yale University\", \"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", 
27
Yale University\", \"affiliation_02\": \"\", \"affiliation_03\": \"\", 
            
28
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"publication\"], 
28
\"data_credit\": [\"collection\", \"validation\", \"publication\"], 
            
29
\"email\": \"walter.jetz@yale.edu\", \"given_name\": \"Walter\", 
29
\"email\": \"walter.jetz@yale.edu\", \"given_name\": \"Walter\", 
            
30
\"identifier\": \"0000-0002-1971-7277\", \"name\": \"Jetz\"}]",
30
\"identifier\": \"0000-0002-1971-7277\", \"name\": \"Jetz\"}]",
            
31
  "author_email": null,
31
  "author_email": null,
            
32
  "creator_user_id": "93fd6aa4-4bae-4c26-9561-c54eb9142d42",
32
  "creator_user_id": "93fd6aa4-4bae-4c26-9561-c54eb9142d42",
            
33
  "date": "[{\"date\": \"2020-04-15\", \"date_type\": \"collected\", 
33
  "date": "[{\"date\": \"2020-04-15\", \"date_type\": \"collected\", 
            
34
\"end_date\": \"2021-09-15\"}]",
34
\"end_date\": \"2021-09-15\"}]",
            
35
  "doi": "",
35
  "doi": "",
            
36
  "funding": "[{\"grant_number\": \"310030-188550\", \"institution\": 
36
  "funding": "[{\"grant_number\": \"310030-188550\", \"institution\": 
            
37
\"Schweizerischer Nationalfonds zur F\u00f6rderung der 
37
\"Schweizerischer Nationalfonds zur F\u00f6rderung der 
            
38
Wissenschaftlichen Forschung\", \"institution_url\": \"\"}]",
38
Wissenschaftlichen Forschung\", \"institution_url\": \"\"}]",
            
39
  "groups": [],
39
  "groups": [],
            
40
  "id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
40
  "id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
41
  "isopen": false,
41
  "isopen": false,
            
42
  "language": "en",
42
  "language": "en",
            
43
  "license_id": "wsl-data",
43
  "license_id": "wsl-data",
            
44
  "license_title": "WSL Data Policy",
44
  "license_title": "WSL Data Policy",
            
45
  "license_url": 
45
  "license_url": 
            
46
ps://www.wsl.ch/en/about-wsl/programmes-and-initiatives/envidat.html",
46
ps://www.wsl.ch/en/about-wsl/programmes-and-initiatives/envidat.html",
            
47
  "maintainer": "{\"affiliation\": \"WSL / ETH\", \"email\": 
47
  "maintainer": "{\"affiliation\": \"WSL / ETH\", \"email\": 
            
48
\"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", \"given_name\": \"Loic\", 
48
\"loic.pellissier@usys.ethz.ch\", \"given_name\": \"Loic\", 
            
49
\"identifier\": \"\", \"name\": \"Pellissier\"}",
49
\"identifier\": \"\", \"name\": \"Pellissier\"}",
            
50
  "maintainer_email": null,
50
  "maintainer_email": null,
            
51
  "metadata_created": "2021-09-15T11:44:16.660831",
51
  "metadata_created": "2021-09-15T11:44:16.660831",
            
n
52
  "metadata_modified": "2021-09-15T11:44:16.660838",
n
52
  "metadata_modified": "2021-09-15T11:45:27.716132",
            
53
  "name": "data-from-hagen_etal_pnas",
53
  "name": "data-from-hagen_etal_pnas",
            
54
  "notes": "Datasets and R scripts 
54
  "notes": "Datasets and R scripts 
            
55
\r\n\r\nDatasets\r\n\r\nDataset_S1.csv includes species diversity 
55
\r\n\r\nDatasets\r\n\r\nDataset_S1.csv includes species diversity 
            
56
counts for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the 
56
counts for 237 clades in tropical moist forests (TMF) in the 
            
57
Neotropics (NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
57
Neotropics (NeotropicalTMF), Indomalaya (IndomalayanTMF), Afrotropics 
            
58
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
58
(AfrotropicalTMF), All three TMF regions together (AllTMF), all 
            
59
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
59
non-TMF regions (NonTMF), and in total (Total). As well as whether the 
            
60
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
60
clade is pantropical  (Pantropical_clade) and shows the pantropical 
            
61
diversity disparity (PDD_clade). \r\nDataset_S2.csv: environmental and 
61
diversity disparity (PDD_clade). \r\nDataset_S2.csv: environmental and 
            
62
species richness data. Longitude (x), latitude (y), potential 
62
species richness data. Longitude (x), latitude (y), potential 
            
63
evapotranspiration (PET), mean annual temperature (MAT), mean annual 
63
evapotranspiration (PET), mean annual temperature (MAT), mean annual 
            
64
precipitation), amphibian, bird, mammal, and reptile species richness, 
64
precipitation), amphibian, bird, mammal, and reptile species richness, 
            
65
PC1 and PC2 of environmental PCA and the region. Environmental data 
65
PC1 and PC2 of environmental PCA and the region. Environmental data 
            
66
(from CHELSA and ENVIREM) and species richness summarised from 
66
(from CHELSA and ENVIREM) and species richness summarised from 
            
67
published data (vertLife, MOL, IUCN, GARD).\r\nDataset_S3.csv: - 
67
published data (vertLife, MOL, IUCN, GARD).\r\nDataset_S3.csv: - 
            
68
Paleoenvironmental reconstructions (details in the associated SI 
68
Paleoenvironmental reconstructions (details in the associated SI 
            
69
appendix) including latitude (y), longitude (x), and temperature data 
69
appendix) including latitude (y), longitude (x), and temperature data 
            
70
across 200 myrs at 170 kyr intervals.\r\nDataset_S4.csv: simulation 
70
across 200 myrs at 170 kyr intervals.\r\nDataset_S4.csv: simulation 
            
71
model parameters and diversity summary statistics. Including rate of 
71
model parameters and diversity summary statistics. Including rate of 
            
72
temperature niche evolution (Tev), temperature niche width (TW), 
72
temperature niche evolution (Tev), temperature niche width (TW), 
            
73
divergence threshold (S), Dispersal probability distribution shape 
73
divergence threshold (S), Dispersal probability distribution shape 
            
74
(WeibullShape) and information on number of extinct species, number of 
74
(WeibullShape) and information on number of extinct species, number of 
            
75
extant species, total species, Spearman correlation coefficient 
75
extant species, total species, Spearman correlation coefficient 
            
76
between absolute latitude and species richness 
76
between absolute latitude and species richness 
            
77
(latitude_richness_cor), and diversity in the Neotropics, Indomalaya, 
77
(latitude_richness_cor), and diversity in the Neotropics, Indomalaya, 
            
78
Afrotropics. Also, whether the simulation generated pantropical 
78
Afrotropics. Also, whether the simulation generated pantropical 
            
79
distribution of species (pantropicality_index), or the pantropical 
79
distribution of species (pantropicality_index), or the pantropical 
            
80
diversity disparity (PDD_index). Finally what time step the simulation 
80
diversity disparity (PDD_index). Finally what time step the simulation 
            
81
exited at (0 for complete simulations).\r\nDataset_S5.csv: Net 
81
exited at (0 for complete simulations).\r\nDataset_S5.csv: Net 
            
82
relatedness index (NRI) in three tropical moist forest regions and 
82
relatedness index (NRI) in three tropical moist forest regions and 
            
83
associated p-values for pantropically distributed 
83
associated p-values for pantropically distributed 
            
84
taxa.\r\n\r\nScripts\r\nGen3sis_config_creator.R and 
84
taxa.\r\n\r\nScripts\r\nGen3sis_config_creator.R and 
            
85
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
85
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
            
86
run the simulation experiment.\r\nGLS.R R script to replicate the 
86
run the simulation experiment.\r\nGLS.R R script to replicate the 
            
87
linear modelling analyses.\r\n\r\n",
87
linear modelling analyses.\r\n\r\n",
            
n
88
  "num_resources": 0,
n
88
  "num_resources": 1,
            
89
  "num_tags": 5,
89
  "num_tags": 5,
            
90
  "organization": {
90
  "organization": {
            
91
    "approval_status": "approved",
91
    "approval_status": "approved",
            
92
    "created": "2018-12-01T11:42:44.590217",
92
    "created": "2018-12-01T11:42:44.590217",
            
93
    "description": "Our laboratory aims at understanding and 
93
    "description": "Our laboratory aims at understanding and 
            
94
forecasting the response of biodiversity to landscape changes. We 
94
forecasting the response of biodiversity to landscape changes. We 
            
95
investigate the historical responses of species to past changes such 
95
investigate the historical responses of species to past changes such 
            
96
as plate tectonics or the glaciations of the Quaternary and 
96
as plate tectonics or the glaciations of the Quaternary and 
            
97
contemporary responses to ongoing global changes. We develop spatial 
97
contemporary responses to ongoing global changes. We develop spatial 
            
98
mechanistic models of biodiversity that account for processes such as 
98
mechanistic models of biodiversity that account for processes such as 
            
99
dispersal and biotic interactions.",
99
dispersal and biotic interactions.",
            
100
    "id": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
100
    "id": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
            
101
    "image_url": 
101
    "image_url": 
            
102
ww.ites.ethz.ch/_jcr_content/orgLogo.imageformat.logo.1518520524.jpg",
102
ww.ites.ethz.ch/_jcr_content/orgLogo.imageformat.logo.1518520524.jpg",
            
103
    "is_organization": true,
103
    "is_organization": true,
            
104
    "name": "landscape-ecology",
104
    "name": "landscape-ecology",
            
105
    "state": "active",
105
    "state": "active",
            
106
    "title": "Landscape Ecology",
106
    "title": "Landscape Ecology",
            
107
    "type": "organization"
107
    "type": "organization"
            
108
  },
108
  },
            
109
  "owner_org": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
109
  "owner_org": "3b0fde83-e15c-4f8b-a451-9778f5309a84",
            
110
  "private": false,
110
  "private": false,
            
111
  "publication": "{\"publication_year\": \"2021\", \"publisher\": 
111
  "publication": "{\"publication_year\": \"2021\", \"publisher\": 
            
112
\"EnviDat\"}",
112
\"EnviDat\"}",
            
113
  "publication_state": "",
113
  "publication_state": "",
            
114
  "related_datasets": "",
114
  "related_datasets": "",
            
115
  "related_publications": "",
115
  "related_publications": "",
            
116
  "relationships_as_object": [],
116
  "relationships_as_object": [],
            
117
  "relationships_as_subject": [],
117
  "relationships_as_subject": [],
            
118
  "resource_type": "dataset",
118
  "resource_type": "dataset",
            
119
  "resource_type_general": "dataset",
119
  "resource_type_general": "dataset",
            
t
120
  "resources": [],
t
120
  "resources": [
            
121
    {
            
122
      "cache_last_updated": null,
            
123
      "cache_url": null,
            
124
      "created": "2021-09-15T11:45:27.749059",
            
125
      "description": "Gen3sis_config_creator.R and 
            
126
Gen3sis_config_template.R scripts generate the configurations files to 
            
127
run the simulation experiment.",
            
128
      "doi": "",
            
129
      "format": "R",
            
130
      "hash": "",
            
131
      "id": "a571cd80-2302-4fd8-aa60-2c3176654bb5",
            
132
      "last_modified": null,
            
133
      "metadata_modified": "2021-09-15T11:45:27.723569",
            
134
      "mimetype": null,
            
135
      "mimetype_inner": null,
            
136
      "name": "Gen3sis config creator",
            
137
      "package_id": "b7783edd-a5bc-4854-8e7d-1698afc875b9",
            
138
      "position": 0,
            
139
      "publication_state": "",
            
140
      "resource_size": "{\"size_value\": \"\", \"size_units\": 
            
141
\"kb\"}",
            
142
      "resource_type": null,
            
143
      "restricted": "{\"level\": \"public\", \"allowed_users\": \"\", 
            
144
\"shared_secret\": \"\"}",
            
145
      "size": 3070,
            
146
      "state": "active",
            
147
      "url": 
            
148
71cd80-2302-4fd8-aa60-2c3176654bb5/download/gen3sis_config_creator.r",
            
149
      "url_type": "upload"
            
150
    }
            
151
  ],
            
121
  "spatial": "{\"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [[[5.95587, 
152
  "spatial": "{\"type\": \"Polygon\", \"coordinates\": [[[5.95587, 
            
122
45.81802],[5.95587, 47.80838],[10.49203, 47.80838],[10.49203, 
153
45.81802],[5.95587, 47.80838],[10.49203, 47.80838],[10.49203, 
            
123
45.81802],[5.95587, 45.81802]]]}",
154
45.81802],[5.95587, 45.81802]]]}",
            
124
  "spatial_info": "Switzerland",
155
  "spatial_info": "Switzerland",
            
125
  "state": "draft",
156
  "state": "draft",
            
126
  "subtitle": "",
157
  "subtitle": "",
            
127
  "tags": [
158
  "tags": [
            
128
    {
159
    {
            
129
      "display_name": "GEN3SIS",
160
      "display_name": "GEN3SIS",
            
130
      "id": "7fd8733b-4feb-438b-a363-65cb5ce4b52a",
161
      "id": "7fd8733b-4feb-438b-a363-65cb5ce4b52a",
            
131
      "name": "GEN3SIS",
162
      "name": "GEN3SIS",
            
132
      "state": "active",
163
      "state": "active",
            
133
      "vocabulary_id": null
164
      "vocabulary_id": null
            
134
    },
165
    },
            
135
    {
166
    {
            
136
      "display_name": "MECHANISTIC MODELING",
167
      "display_name": "MECHANISTIC MODELING",
            
137
      "id": "64a80515-5864-4aee-9311-9fa9b13b8b5c",
168
      "id": "64a80515-5864-4aee-9311-9fa9b13b8b5c",
            
138
      "name": "MECHANISTIC MODELING",
169
      "name": "MECHANISTIC MODELING",
            
139
      "state": "active",
170
      "state": "active",
            
140
      "vocabulary_id": null
171
      "vocabulary_id": null
            
141
    },
172
    },
            
142
    {
173
    {
            
143
      "display_name": "PALEOCLIMATE",
174
      "display_name": "PALEOCLIMATE",
            
144
      "id": "5b2c5931-065b-49a9-89a4-b082eaf78e0e",
175
      "id": "5b2c5931-065b-49a9-89a4-b082eaf78e0e",
            
145
      "name": "PALEOCLIMATE",
176
      "name": "PALEOCLIMATE",
            
146
      "state": "active",
177
      "state": "active",
            
147
      "vocabulary_id": null
178
      "vocabulary_id": null
            
148
    },
179
    },
            
149
    {
180
    {
            
150
      "display_name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
181
      "display_name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
            
151
      "id": "c1a2995c-32b5-4bb6-9de7-e1f29e697791",
182
      "id": "c1a2995c-32b5-4bb6-9de7-e1f29e697791",
            
152
      "name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
183
      "name": "PANTROPICAL DIVERSITY DISPARITY",
            
153
      "state": "active",
184
      "state": "active",
            
154
      "vocabulary_id": null
185
      "vocabulary_id": null
            
155
    },
186
    },
            
156
    {
187
    {
            
157
      "display_name": "PLATE TECTONICS",
188
      "display_name": "PLATE TECTONICS",
            
158
      "id": "747956ea-3953-4a5e-b63e-0eb7620dea9e",
189
      "id": "747956ea-3953-4a5e-b63e-0eb7620dea9e",
            
159
      "name": "PLATE TECTONICS",
190
      "name": "PLATE TECTONICS",
            
160
      "state": "active",
191
      "state": "active",
            
161
      "vocabulary_id": null
192
      "vocabulary_id": null
            
162
    }
193
    }
            
163
  ],
194
  ],
            
164
  "title": "Data from: Earth history events shaped the evolution of 
195
  "title": "Data from: Earth history events shaped the evolution of 
            
165
uneven biodiversity across tropical moist forests",
196
uneven biodiversity across tropical moist forests",
            
166
  "type": "dataset",
197
  "type": "dataset",
            
167
  "url": null,
198
  "url": null,
            
168
  "version": "1.0"
199
  "version": "1.0"
            
169
}
200
}